Еще одним новшеством стало то, что удельные князья полностью потеряли свою самостоятельность. Они были обязаны служить и подчиняться государю. Князья Рюриковичи и Гедиминовичи, хотя и заняли в придворной иерархии первое место, но все больше и больше стали сливаться с боярством. Лишь наиболее знатные из них считались служилыми князьями и сохраняли при великом князе некоторую независимость и достаточно высокое положение. Например, долгое время князь И. Ю. Патрикеев, из рода Гедиминовичей, считался московским наместником и главой правительства. Князь В. Д. Холмский, потомок тверских князей, даже смог жениться на великокняжеской дочери Феодосии. Но если при деде и отце Ивана III даже дети боярские могли служить тому, кому хотели, то отныне никто не имел права покидать по своему усмотрению великокняжескую службу. Ослушников ждало суровое наказание. Уже с 1474 г. стала вводиться практика крестоцелования. Она заключалась в том, что служилый князь или боярин давал на себя крестоцеловальную запись, в которой обязывался служить государю и великому князю до самой своей смерти. Поручителями по нему выступали церковные иерархи и представители знати. В случае измены их поручника они обязывались заплатить крупный штраф Ивану III. Получалось, что такие записи превращали служилых людей в кабальных холопов великого князя.
Не только сами удельные князья потеряли независимость, но их дворы в случае необходимости должны были сливаться с великокняжескими. Главным совещательным органом при государе оставалась Боярская дума. Но число бояр существенно возросло. В нее влились князья присоединенных земель. Из них назначались наместники в крупные города, главные воеводы. Непосредственно при Иване III находилась Ближняя дума, состоящая из четырех бояр. Став государем, он еще не вознес себя не небывалую высоту и часто устраивал совместные пиры со своими боярами.
Изменение статуса великого князя сказалось и на его дворе. Растет число обслуги, среди которой появляются новые должности: постельничего, постельного дьяка, занимавшихся охраной и обустройством постельных покоев, сокольничего и ясельничего. Первый ведал ловчими птицами, второй — кормом для лошадей.
Некоторые исследователи (С. М. Соловьёв и другие) предполагают, что при Иване III появились первые приказы: Разрядный, Холопий, Житный.
Однако в источниках сведений о них нет. Возможно, существовали лишь определенные лица, занимавшиеся формированием войска, сбором продовольствия для великокняжеского дворца. Несомненно, должна была быть служба, ведавшая сбором налогов, т. е. казна. Ведь в виде дани они собирались с конца XIII в. Известно, что сбор налогов осуществлялся по территориям называвшимися четвертями. Их было четыре: Московская, Владимирская, Новгородская и Рязанская. Со всех земель центральных областей собирался единый налог — по полгривны с сохи. Однако размер сохи был разным: хорошей земли — 800 четвертей, средней — 1000, худой — 1200. В городах соху составляли несколько дворов, при этом учитывался достаток их владельца. Так, средних дворов входило в два раза больше, чем лучших, а младших — в четыре раза больше. Это было сделано для того, чтобы облегчить тяжесть налогов для беднейшего населения.
Кроме посошного обложения, налогами и пошлинами облагались все торговые операции по купле и продаже товара, осуществляемые в крупных городах.
В итоге казна великого князя собиралась не только в Москве, но и в Твери, где этим занимался дворецкий, в Новгороде — наместник, а также на Белоозере и в Вологде. Доходы великого князя были неизмеримо больше, чем у его предков.
Определенные изменения произошли и в армии. Для широкомасштабных походов Ивана III прежние старшая и младшая дружины уже были недостаточны. Полков становится пять: Большой, Правой и Левой руки, Передовой, Сторожевой. Общее число воинов в них могло достигать 180 000 человек (во время стояния на Угре). Во время отдельных походов численность войска колебалась от 20 000 до 40 000. Рост войска произошел как за счет новых владельцев поместий — детей боярских, так и за счет обязательной воинской повинности. В некоторых местностях с четырех сотен жители обязаны были поставлять в войско одного воина на коне, в других — с десяти сотен.
На воинскую службу принимали также «охотчих» людей, представителей купеческого сословия, казаков и даже татар, состоящих на службе у татарских царевичей. Все это свидетельствует о том, что старое дружинное начало формирования войска начинает отмирать.