Геннадий ревностно взялся за дело и даже отказался почитать местных святых. Он постоянно стал находить отличия в верованиях новгородцев и своих. Друзьям в Москву он писал, что «Новгород с Москвою не едино православие». Четко поняв свою задачу, новый архиепископ решил искоренить крамолу. В данном случае он действовал по аналогии с великокняжеским наместником боярином Яковом Кошкиным, устраивавшим массовые казни по подозрению в заговоре против своей особы.
В 1488 г. Геннадий написал Ивану III о попах, которые не почитали иконы и весьма скептически отзывались о церковной организации. Однако, вопреки ожиданию, великий князь весьма прохладно отнесся к доносу на так называемых еретиков. Ему уже было известно, что они выступают против церковных богатств и ее земельных владений, которые представлялись Ивану III «лакомым куском». Поэтому объявленные еретиками попы Алексей и Денис были взяты в Москву и поставлены служить в кремлевские храмы. Здесь их взгляды нашли понимание среди образованной верхушки московского общества. Наиболее ярым их приверженцем стал государев дьяк Фёдор Курицын и даже великокняжеская сноха Елена, прозванная Волошанкой.
Однако Геннадий не сложил своего оружия. Он стал рассылать послания видным иерархам об опасности еретических верований и добился в 1490 г. созыва собора «на еретики». Во время разбирательств духовные судьи пришли к мнению, что еретики отрицают Троицу, божественную сущность Христа и его матери, иконы, крест и все связанные с ними догматы. Более того, вероотступники считали, что церковь и духовенство не нужны, поскольку сам человек — Церковь, сам может жить по 10 заповедями и «творить благие дела».
Получалось, что новые еретики были как бы последователями старых, т. е. стригольников. Поэтому Собор осудил еретиков и разрешил Геннадию наказать их по своему усмотрению. Тот не придумал ничего лучше, чем повторить обряд католической инквизиции: еретиков одели в шутовские одежды, посадили на лошадей задом на перед, надели на головы колпаки из бересты с надписью: «Се есть сатанино воинство», а потом колпаки подожгли. После такого наказания многие священнослужители умерли.
В Москве же новгородские просветители продолжали действовать. Они познакомили общественность с сочинением античных философов «Мудрость Меандра», с «Логикой» арабского ученого Аль-Газали, с астрологическим трактатом «Шестокрыл» и сочинениями других философов древности. Под их влиянием Фёдор Курицын написал «Лаодикийское послание», в котором проводил мысль о свободе воли, о важности грамотности и образованности для человека. Он осуждал грубые суеверия и «мирослужение», под которым подразумевал сребролюбие и низменные человеческие чувства.
Следует отметить, что умственные искания новгородских просветителей поддерживал даже митрополит Зосима, не веривший в некоторые церковные догматы. Но в 1494 г. ему пришлось оставить митрополию, возможно, не по своей воле. Иван III понял, что конфликт с церковью может существенно подорвать его авторитет и власть. Поэтому вскоре он охладел к просветителям и решил поддержать ортодоксальных церковников.
В конце 1504 г. в Москве вновь собрался церковный собор. Воинствующие церковники во главе с новым митрополитом Симоном и волоцким игуменом Иосифом потребовали смертной казни для тех, кого они объявили еретиками. С согласия великого князя на льду реки Москва построили клетку, в нее заключили Фёдора Курицына и двух его единомышленников и сожгли. Несомненно, что подобная казнь была предложена архиепископом Геннадием, который полагал, что образцом борьбы с еретиками должна стать испанская инквизиция.
Хотя с умственными исканиями начала века в Москве, казалось, было покончено самым варварским способом, они в дальнейшем не прекратились. Русские люди еще долгое время пытались осмыслить свое место в новом государственном образовании, его роль и значение во всемирно-историческом процессе и т. д. Но все это проявилось уже позднее, при сыне Ивана III и его внуке.
Сам Иван III очень интересовался историей своей династии, и, свергнув Ордынское иго, хотел занять высокое место в иерархии европейских государей. Поэтому в инструкции послу Ю. Д. Траханистову, направленному к императору Священной Римской империи Фридриху в 1489 г., он подробно охарактеризовал свою власть. Во-первых, поскольку он владеет многими землями, то государем считается великим, во-вторых, обладает по Божьей воле самовластием и делает то, что хочет, в-третьих, он наследник своих прародителей, которые были в любви и приятельстве с римскими императорами.