Василий III объявил себя и главой Боярской думы, и главнокомандующим над всеми вооруженными силами в стране (раньше великий князь возглавлял только свою дружину). Высшей судебной инстанцией становится великокняжеский суд. От имени государя издаются законы, касающиеся всех жителей государства, а не только владений самого великого князя. Удельные князья теряют право вести самостоятельную внешнюю политику. Она — прерогатива верховного правителя. Роль удельных князей сводится лишь к тому, чтобы быть помощниками старшего брата и исполнять его волю.
После присоединение западнорусских земель при дворе великого князя оказалась прослойка служилых князей литовского происхождения (Мстиславских, Одоевских, Глинских, Воротынских, Бельских, Трубецких и других), которые сохраняли наследственные вотчины и занимали особое положение, т. е. помогали великому князю только тогда, когда это соответствовало их собственным интересам. Например, в походах на Казань они могли не участвовать, но с польско-литовским королем биться были обя-заны. Некоторые из них, в частности Василий Шемячич, владели огромными территориями и сохраняли полунезависимое положение. Но великий князь лишь формально считал его союзником. На самом деле он стремился к тому, чтобы полностью подчинить себе и лишить земельных владений. При Василии III процесс ликвидации самостоятельности служилых князей только начался, завершен он был уже его сыном Иваном Грозным.
Хотя при Василии III к Русскому государству было присоединено много земель, единого целого они еще не составили. На это указывает отсутствие одинакового налогового обложения. Например, в Новгородской земле единицей обложения была обжа, в Перми — лука, в Пскове — выть, на Севере — маленькая сошка и т. д. Кроме того, новгородский владыка и наместник имели право самостоятельных дипломатических сношений с Ливонией и Швецией. Управлялись вновь включенные земли также отдельно, самостоятельными дворцами во главе с дворецкими. Существовали должности новгородского дворецкого, тверского, рязанского, дмитровского и углицкого. Великорусскими землями ведал большой дворецкий, который по своим функциям не смешивался с остальными. Это территориальное управление, как рудимент прежней раздробленности русских земель, сохранялся достаточно долго и стал особенностью формирующегося государственного аппарата.
При Василии III существенно возрос двор, при этом иерархия среди служащих обозначилась более четко. Важнейшим чином стал конюший, затем — дворецкий. Оба вошли в Боярскую думу и заняли в ней первые места. Далее шли: окольничие, оружничий, ясельничий, сокольничий, ловчий, постельничий. Последний считался ниже чинов, связанных с охотой, поскольку Василий III имел к этому виду развлечений особое пристрастие.
Существенно возрастает роль казначеев и печатников. Если раньше в их ведении была лишь великокняжеская казна, то со временем они стали ведать и общегосударственными вопросами. Характерно, что на должность казначея при Василии назначались преимущественно выходцы из Византии, греки Траханиотовы и Ховрины-Головины. При них сильно разросся аппарат чиновников (дьяков), занимавшихся управленческими вопросами. Обычно дьяками становились грамотные люди из поповского сословия или из холопов (служилых людей князей и бояр).
На местах крупные города управлялись наместниками, которые назначались великим князем из числа наиболее знатных князей и бояр. Фактически города отдавались им в кормление, т. е. они вершили там суд, собирали всевозможные налоги, часть которых шла им в карман. Помощниками наместников были городовые приказчики, которые осуществляли административно-финансовую деятельность.
Василию III удалось полностью подчинить церковь своим интересам. При нем митрополит Даниил во всем поддерживал светскую власть, поскольку великий князь помогал ему бороться и расправляться с нестяжателями, критиковавшими Церковь за стремление к обогащению.
Таким образом, Василий не только внес существенный вклад в развитие Русского централизованного государства, но и начертал своему преемнику дальнейшую программу действий по укреплению и расширению его границ. Сыну предстояло окончательно ликвидировать самостоятельность удельных и служилых князей, сформировать госаппарат, упорядочить свод законов, который был еще достаточно рыхлым, расширить границы и на запад, и на восток, и даже на юг, где сохранялись остатки некогда грозной Золотой Орды.