С горечью вспоминал Иван, что бояре кормили его с братом, «яко иностранных или яко убожайшую чадь». В итоге мальчики постоянно ощущали нехватку одежды и обуви и даже голодали.
С особенным пренебрежением относились к юному государю и его младшему брату Юрию князья Шуйские. Они, видимо, помнили, что их предок князь Андрей Александрович на иерархической лестнице был выше Даниила Московского, родоначальника московских князей. Заходя в комнату к играющим детям, князья не кланялись им и не оказывали ни малейшего почтения. Развалившись на лавке и положив ноги на постель Василия III, они молча наблюдали за мальчиками. Никто из них никогда не говорил добрых слов сиротам, не стремился хоть немного их приласкать.
Будущий царь рос в атмосфере жестокости, притворства, ненависти и лютой зависти. Естественно, это не могло не сказаться на его характере, общечеловеческих представлениях и самосознании. Он рано понял, что власть возносит человека на небывалую высоту и позволяет распоряжаться людскими судьбами по его собственному усмотрению. Но в одиночку добиться многого нельзя — надо окружать себя единомышленниками и защитниками.
В детстве Ивану пришлось пережить немало трагических событий, которые также повлияли на его характер. Вот одно из них. Митрополит Иоасаф, обеспокоенный судьбой государства и юного государя, пытался примирить враждующие боярские партии. В январе 1542 г., во время мятежа Шуйских, он хотел организовать крестный ход с участием великого князя Ивана. Мальчика разбудили рано утром и отвели в собор, где началась Божественная литургия. Но это не остановило мятежников. Они сначала схватили близкого к Ивану князя Петра Щенятева, потом с шумом набросились на митрополита. В его келью даже полетели камни.
Митрополит был вынужден спасаться бегством и укрыться на подворье Троицкого монастыря. Но и там его не оставили в покое. Толпа молодых детей боярских набросилась на него, порвала одежду и чуть не убила. Дело кончилось тем, что по решению Боярской думы, контролируемой Шуйскими, Иоасафа сослали на Белоозеро.
В сентябре следующего года вспыхнул новый боярский мятеж. На заседании Боярской думы, в присутствии Ивана и нового митрополита Макария, князь А. М. Шуйский со своими сторонниками набросились на боярина Ф. Воронцова. Его обвинили в дурном влиянии на государя. Боярин был основательно избит и чуть было не лишился жизни. Только заступничество Макария спасло Воронцова. При этом пострадал и сам митрополит: Ф. Головин наступил на край длинной мантии пастыря, и та порвалась.
Все эти безобразные сцены разыгрывались на глазах у юного Ивана IV. Они не могли не повлиять на него. В возрасте 13 лет он приказал псарям затравить собаками ненавистного Андрея Шуйского. С этого времени «почали бояре от государя страх имети и послушание». В ближайшее окружение государя вошли его родственники — дядя М. В. Глинский и бабка Анна Глинская. Они посоветовали Ивану расправиться со всеми мятежниками. Ф. Шуйского, Ф. Головина, князя И. Кубенского сослали, А. Бутурлину отрезали язык, были наказаны и многие другие знатные лица. Бояре поняли, что их самовольству и самоуправству пришел конец. Иван же всю оставшуюся жизнь стал ревностно оберегать от любых посягательств свое право распоряжаться судьбами государства и подданных. С этого времени его кредо было — безграничная самодержавная власть.
Систематическим образованием Ивана IV никто не занимался. Под началом матери и дядьки-наставника, с пяти лет, он был обучен грамоте, затем изучил книги Священного Писания. Восполнять пробелы в знаниях ему пришлось самому. Большая библиотека отца и деда была в этом отношении хорошим подспорьем. Особенно привлекали юношу книги по истории государств, о военных походах. Идеалом стали великие деяния и завоевания древних римлян. Им ему хотелось подражать.
Для себя юный государь сделал главный вывод — во всех делах, связанных с управлением страной, он должен разбираться сам и не полагаться на советников. В противном случае он не сам будет править, а более знающие люди будут это делать за него. Поэтому Иван тщательно овладевал военным искусством, изучал государственное устройство других стран, дипломатию, историю Руси, своих предков и т. д. Большую помощь в этом ему оказывал опытный и начитанный книжник митрополит Макарий. Еще в бытность в Новгороде он собрал хорошую библиотеку и готовился к созданию многотомного энциклопедического труда — Четей-Миней.