В журналах и протоколах Сената мы не найдем тех известий и подробностей, какие находим в записке Екатерины. Из них видим, что со дня вступления на престол до 1 сентября, когда императрица отправилась в Москву для коронации, она присутствовала в Сенате 15 раз. В первый раз ее присутствие записано 1 июля. В это заседание Сенат доложил императрице, что 27 июня получен им был указ бывшего императора о построении к будущей кампании 1763 года девяти или по крайней мере шести кораблей и о забрании для того всех лесов, чьи бы то ни были; Сенат представил, что от этого произойдет обывателям разорение; для такого чрезвычайного строения и особенно вооружения денег и людей нет, да и нужды в таком строении не признается. Екатерина не велела исполнять этот указ, равно как и другие: указ 27 же июня, чтоб не делать отсрочек платежам в банки, и указ 24 мая об учреждении банковых билетов. На другой день, 2 июля, Екатерина также присутствовала в Сенате и отменила все нововведения, сделанные в полках в царствование Петра III; 4 июля вышло распоряжение, чтоб гетман малороссийский граф Разумовский имел в команде все пехотные полки, около Петербурга расположенные, и гарнизоны Петербургский и Выборгский, а графу Бутурлину иметь команду над полками кавалерийскими, около Петербурга стоящими.
6 июля Екатерина вошла в Сенат в начале одиннадцатого часа и объявила подписанный ею манифест с обстоятельным описанием своего восшествия на престол. «Отечество вострепетало, — говорилось в манифесте, — видя над собою государя и властителя, который всем своим страстям прежде повиновение рабское учинил и с такими качествами воцарился, нежели о благе вверенного себе государства помышлять начал». Следуют обвинения Петра III в том, что он неприлично вел себя при гробе покойной императрицы: «Радостными глазами на гроб ее взирал, отзываясь притом неблагодарными к телу ее словами». Потом «коснулся перво всего древнее православие в народе искоренять своим самовластием, оставив своею персоною церковь Божию и моление, так что когда добросовестные из его подданных, видя его иконам непоклонение и к церковным обрядам презрение или паче ругательство, приходя в соблазн, дерзнули ему о том напомянуть с подобострастием в осторожность, то едва могли избегнуть тех следствий, которые от самовольного, необузданного и никакому человеческому суду не подлежащего властителя произойти бы могли. Потом начал помышлять о разорении и самих церквей и уже некоторые и повелел было разорить самым делом; а тем, которые по теплоте и молитве к Богу за слабым иногда здоровьем не могли от дому своего отлучаться, вовсе закон предписал никогда церквей Божиих в домех не иметь. Презрел он и законы естественные и гражданские: ибо, имея он единого Богом дарованного нам сына, при самом вступлении на престол не восхотел объявить его наследником престола, оставляя самовольству своему предмет, который он в погубление нам и сыну нашему в сердце своем положил, и вознамерился или вовсе право, ему преданное от тетки своей, испровергнуть, или отечество в чужие руки отдать, забыв правило естественное, что никто большего права другому дать не может, как то, которое сам получил. Законы в государстве все пренебрег, судебные места и дела презрел и вовсе об них слышать не хотел, доходы государственные расточать начал вредными государству издержками; из войны кровопролитной начинал другую безвременную и государству Российскому крайне бесполезную, возненавидел полки гвардии, освященным его предкам верно всегда служившие, превращать их начал в обряды неудобоносимые. Армию всю раздробил такими новыми законами, что будто бы не единого государя войско то было, но чтоб каждый в поле удобнее своего поборника губил, дав полкам иностранные, а иногда и развращенные виды, а не те, которые в ней единообразием составляют единодушие». Относительно отречения Петра III в манифесте сообщены некоторые подробности: «Он два письма одно за другим к нам прислал: первое чрез вице-канцлера нашего кн. Голицына, в котором просил, чтоб мы его отпустили в отечество его Голстинию, а другое чрез генерал-майора Мих. Измайлова, в котором сам добровольно вызвался, что он от короны отрицается и царствовать в России более не желает, где притом упрашивает нас, чтоб мы его отпустили с Лизаветою Воронцовою да с Гудовичем также в Голстинию. И как то, так и другое письмо, наполненные ласкательствами, присланы были несколько часов после того, что он повеление давал действительно нас убить, о чем нам те самые заподлинно донесли с истинным удостоверением, кому сие злодейство противу живота нашего препоручено было делом самим исполнить». Манифест оканчивался обещанием: «Наше искреннее и нелицемерное желание есть прямым делом доказать, сколь мы хотим быть достойны любви нашего народа, для которого признаваем себя быть возведенными на престол: то таким же образом здесь наиторжественнейше обещаем нашим императорским словом узаконить такие государственные установления, по которым бы правительство любезного нашего отечества в своей силе и принадлежащих границах течение свое имело так, чтоб и в потомки каждое государственное место имело свои пределы и законы к соблюдению доброго во всем порядка, и тем уповаем предохранить целость империи и нашей самодержавной власти, бывшим несчастием несколько испроверженную, а прямых верноусердствующих своему отечеству вывести из уныния и оскорбления». По прочтении этого манифеста императрица «изволила Прав. Сенату отдать в конверте бывшего императора Петра III своеручное и за подписанием его об отрицании от правительства Российским государством удостоверение в оригинале, повелевая оное, прочтя и запечатав всем сенаторам своими печатьми, хранить в Сенате, которое тогда ж в собрании Прав. Сената читано и гг. сенаторами запечатано».
Но того же 6 июля случилось событие, которое потребовало нового манифеста: пришло известие о смерти бывшего императора в Ропше, смерти насильственной. «Я нашла императрицу, — говорит Дашкова, — в совершенном отчаянии; видно было, под влиянием каких тяжких дум она находилась. Вот что она мне сказала: „Эта смерть наводит на меня невыразимый ужас; этот удар меня сокрушает“». 7 июля был издан манифест: «В седьмой день после принятия нашего престола всероссийского получили мы известие, что бывший император Петр III обыкновенным, прежде часто случавшимся ему припадком гемороидическим впал в прежестокую колику. Чего ради, не презирая долгу нашего христианского и заповеди святой, которою мы одолжены к соблюдению жизни ближнего своего, тотчас повелели отправить к нему все, что потребно было к предупреждению следств из того приключения, опасных в здравии его и к скорому вспоможению врачеванием. Но, к крайнему нашему прискорбию и смущению сердца, вчерашнего вечера получили мы другое, что он волею всевышнего Бога скончался. Чего ради мы повелели тело его привезти в монастырь Невский для погребения в том же монастыре, а между тем всех верноподданных возбуждаем и увещеваем нашим императорским и матерним словом, дабы без злопамятствия всего прошедшего с телом его последнее учинили прощание и о спасении души его усердные к Богу приносили молитвы. Сие же бы нечаянное в смерти его Божие определение принимали за промысл его божественный, который он судьбами своими неисповедимыми нам, престолу нашему и всему отечеству строит путем, его только святой воле известным».
На другой день после издания этого манифеста, 8 июля, в собрании Сената встал и начал говорить сенатор Никита Ив. Панин: «Известно мне, что ее и. в-ство намерение положить соизволила шествовать к погребению императора Петра III в Невский монастырь; но как великодушное ее в-ства и непамятозлобивое сердце наполнено надмерною о сем приключении горестию и крайним соболезнованием о столь скорой и нечаянной смерти бывшего императора, так что с самого получения сей нечаянной ведомости ее в-ство в непрерывном соболезновании и слезах о таковом приключении находится; то хотя я, почитая за необходимый долг, обще с г. гетманом графом К. Г. Разумовским и представляли, чтоб ее в-ство, сохраняя свое здравие, по любви своей к Российскому отечеству для всех истинных ее верноподданных и для многих неприятных следств изволила б намерение свое отложить; но ее в-ство на то благоволения своего оказать не соизволила, и потому я за должное признал потом Прав. Сенату объявить, дабы весь Сенат по своему усердию к ее в-ству о том с рабским своим прошением предстал». «Сенат, уважа все учиненные г. сенатором Паниным справедливые изъяснения, тотчас пошел во внутренние ее в-ства покои и раболепнейше просил, дабы ее в-ство шествие свое в Невский монастырь отложить соизволила, и хотя ее в-ство долго к тому согласия своего и не оказывала, но напоследок, видя неотступное всего Сената рабское и всеусерднейшее прошение, намерение свое отложить благоволила». Петр III был погребен в Александро-Невском монастыре.