Тогда Онуфрий, епископ черниговский, предложил средство к соглашению епископов, а именно: предложил поставить нового митрополита главою св. Климента по примеру греков, которые ставили рукою св. Иоанна. Епископы согласились, и Клим был посвящен. Один только Нифонт новгородский упорствовал до конца, за что терпел гонение от Изяслава, а от патриарха получил грамоты, где тот прославлял его и причитал к святым; и в нашей летописи Нифонт называется поборником всей Русской земли. Вообще летописец в этом деле принимает сторону Нифонта против Изяславова нововведения; быть может, здесь замешивались и другие отношения: летописец говорит, что Нифонт был дружен с Святославом Ольговичем; понятно, что в самом Новгороде сторона, приверженная к Мстиславичам, неприязненно смотрела на Нифонта, и летописец дает знать, что многие здесь говорили про него дурно. Когда по смерти Изяслава Юрий Долгорукий получил старшинство, то сторона, стоявшая за право патриарха, восторжествовала: Клим был свергнут и на его месте был прислан из Царя-града митрополит Константин I. Первым делом нового митрополита было проклясть память покойного князя Изяслава; но этот поступок не остался без вредных следствий для русской церкви и для самого Константина. Когда, по смерти Долгорукого, сын Изяслава Мстислав доставил киевский стол дяде Ростиславу, то требовал непременно свержения Константина за то, что последний клял отца его; со своей стороны, дядя его, Ростислав, не хотел восстановить Клима, как неправильно избранного; наконец, для прекращения смуты князья положили свести обоих митрополитов и послать к патриарху за третьим; патриарх исполнил их желание и прислал нового митрополита, грека Феодора. Несмотря на восстановление права патриарха присылать в Киев от себя митрополита, великие князья не отказывались от права принимать только таких митрополитов, которые были им угодны. Так, в 1164 году великий князь Ростислав Мстиславич возвратил назад митрополита Иоанна, присланного патриархом без его воли; много труда и даров стоило императору убедить Ростислава принять этого Иоанна; есть известие, что великий князь отвечал императорскому послу: «Если патриарх без нашего ведома вперед поставит в Русь митрополита, то не только не приму его, но и постановим однажды навсегда — избирать и ставить митрополитов епископам русским с повеления великого князя».
После неудачной попытки освободить русского митрополита из-под власти константинопольского патриарха, видим неудачную попытку к освобождению Северной Руси от церковного влияния Южной, к освобождению владимирского епископа из-под власти киевского митрополита. В летописи встречаем известие, что Андрей Боголюбский хотел иметь для Владимира-Залесского особого митрополита и просил об этом константинопольского патриарха, но тот не согласился. Князь покорился решению патриарха, но не хотел покориться ему епископ Феодор, не хотел подчиниться киевскому митрополиту на том основании, что он поставился в Константинополе от самого патриарха, и когда князь Андрей стал уговаривать его идти в Киев для получения благословения от митрополита, то Феодор затворил церкви во Владимире. Андрей послал его насильно в Киев, где митрополит Константин II, грек, решился неслыханною строгостию задавить попытку северного духовенства к отложению от Киева: Феодора обвинили всеми винами и наказали страшным образом. Вот самый рассказ летописца об этом: «В 1172 году сотворил бог и св. богородица новое чудо, в городе Владимире: изгнал бог и св. богородица Владимирская злого, пронырливого и гордого льстеца, лживого владыку Федорца, из Владимира от св. Богородицы церкви златоверхой, и от всей земли Ростовской.
Нечестивец этот не захотел послушаться христолюбивого князя Андрея, приказывавшего ему идти ставиться к митрополиту, в Киев, не захотел, но, лучше сказать, бог не захотел его и св. богородица, потому что когда бог захочет наказать человека, то отнимает у него ум. Князь был к нему расположен, хотел ему добра, а он не только не захотел поставления от митрополита, но и церкви все во Владимире затворил и ключи церковные взял, и не было ни звона, ни пения по всему городу и в соборной церкви, в которой чудотворная матерь божия, — и ту церковь дерзнул затворить, и так разгневал бога и св. богородицу, что в тот же день был изгнан. Много пострадали люди от него: одни лишились сел, оружия, коней, другие обращены были в рабство, заточены, разграблены, и не только простые люди, но и монахи, игумены, иереи; немилостивый был мучитель: одним головы рубил и бороды резал, другим глаза выжигал и языки вырезывал, иных распинал по стене и мучил немилостиво, желая исторгнуть от них имение: до имения был жаден как ад. Князь Андрей послал его к митрополиту в Киев, а митрополит Константин обвинил его всеми винами, велел отвести на Песий остров, где ему отрезали язык, как злодею еретику, руку правую отсекли и глаза выкололи, потому что хулу произнес на св. богородицу… Без покаяния пробыл он до последнего издыхания. Так почитают бесы почитающих их: они довели его до этого, вознесли мысль его до облаков, устроили в нем второго Сатаниила и свели его в ад… Видя бог озлобление кротких людей своих Ростовской земли, погибающих от звероядного Федорца, посетил, спас людей своих рукою крепкою, мышцею высокою, рукою благочестивою царскою правдивого, благоверного князя Андрея. Это мы написали для того, чтоб вперед другие не наскакивали на святительский сан, но пусть удостоиваются его только те, кого бог позовет». Из приведенного места летописи видно, что лежит в основе обвинения: бесы вознесли мысль Феодора до облаков и устроили в нем второго Сатаниила."Мы написали это, — говорится в заключении, — дабы вперед никто не смел наскакивать на святительский сан». Во сколько преступления Феодора преувеличены теми, которые могли желать обвинить его всеми винами, — теперь решить трудно; для историка это явление особенно замечательно как попытка епископа Северной Руси отложиться от киевского митрополита.
Попытка эта не удалась: митрополит киевский продолжал поставлять епископов во все епархии русской церкви, которых было 15 в описываемое время; но как великие князья киевские позволяли константинопольскому патриарху присылать к ним митрополитов только с их согласия, так и князья других волостей не позволяли киевскому митрополиту назначать епископов в их города по собственному произволу: так, например, когда в 1183 году митрополит Никифор поставил епископом в Ростов грека Николая, то Всеволод III не принял его и послал сказать митрополиту: «Не избрали его люди земли нашей, но если ты его поставил, то и держи его где хочешь, а мне поставь Луку, смиренного духом и кроткого игумена св. Спаса на Берестове». Митрополит сперва отказался поставить Луку, но после принужден был уступить воле Всеволода и киевского князя Святослава и посвятил его в епископы Суздальской земли, а своего Николая, грека, послал в Полоцк; к грекам, как видно, не были вообще очень расположены, что замечаем из отзыва летописца о черниговском епископе Антонии: «Он говорил это на словах, а в сердце затаил обман, потому что был родом грек». Таким образом, избрание епископов не принадлежало исключительно митрополиту; но как же происходило это избрание? В Новгороде при избрании епископа в совещании участвовали: князь, игумены, софьяны (люди, принадлежавшие к ведомству Софийского собора), белое духовенство (попы); в случае несогласия бросали жребий, и избранного таким образом посылали к митрополиту на поставление; вот летописный рассказ об избрании владыки Мартирия: «Преставился Гавриил, архиепископ новгородский; новгородцы с князем Ярославом, с игуменами, софьянами и с попами стали рассуждать, кого бы поставить на его место: одни хотели поставить Митрофана, другие — Мартирия, третьи — грека; начались споры, для прекращения которых положили в Софийской церкви на престоле три жребия и послали с веча слепца вынуть их; вынулось Мартирию, за которым немедленно послали в Русу, привезли и посадили во дворе св. Софии, а к митрополиту послали сказать: поставь нам владыку. Митрополит прислал за ним с великою честию, и пошел Мартирий в Киев с лучшими мужами, был принят с любовию князем Святославом и митрополитом и посвящен в епископы». В других областях выбор зависел большею частик) от воли князя; так, читаем в летописи, что по смерти белгородского епископа Максима великий князь Рюрик поставил на его место отца своего духовного Адриана, игумена выдубицкого. Как старались иногда князья об избрании епископов, указывает место из письма епископа Симона к печерскому монаху Поликарпу: «Пишет ко мне княгиня Ростиславова, Верхуслава, хочет поставить тебя епископом или в Новгород, на Антониево место, или в Смоленск, на Лазарево место, или в Юрьев, на Алексеево место: пишет, что если понадобится для этого раздать и тысячу гривен серебра, то не пожалеет». Как при избрании епископов имели влияние то народ, то князь, так точно восстание народа или неудовольствие князя могли быть причинами низложения и изгнания епископов; мы видели пример, как однажды в Новгороде простой народ выгнал владыку Арсения, потому что на дворе долго стояла теплая погода; при этом слышались обвинения, что Арсений выпроводил предшественника своего, владыку Антония в монастырь, а сам сел на его место, задаривши князя; это обвинение указывает на сильное влияние князя при избрании епископа даже в Новгороде; с другой стороны, Всеволод III не хочет принять епископа Николая, потому что не избрали его люди земли Суздальской; Ростислав Мстиславич в своей грамоте говорит, что он привел епископа в Смоленск, сдумав с людьми своими. В 1159 году ростовцы и суздальцы выгнали своего епископа Леона; но по другим известиям, виновником изгнания был князь Андрей Боголюбский который возвратил потом изгнанного и снова изгнал.