С другой стороны, псковичи, узнавши, что новгородцы жгут их пограничные волости, выезжая из Вышгорода, осадили это место, начали бить пушками, стрелами стрелять, примет приметывать. Первый день новгородцы крепко оборонялись, но на другой день, видя, что у них нет ни запасов, ни воды, вышли со крестами на заборало и начали говорить осаждающим: «В чем вы изобижены, то ведает государь наш и ваш, князь великий, и Великий Новгород; а вы бы над нами свое милосердие показали, мы же вам животворящий крест целуем», — и отдали весь псковский полон, даже стрелы, собравши их на городе или кругом заборал. Псковичи челобитье их приняли, кровь их пощадили, отступили от городка и занялись опустошением пограничных мест верст на 50 и больше. Не так был счастлив другой полуторатысячный отряд псковичей, собранный из охочих людей, которые отправились на север: за рекой Лютой, притоком Плюсы, ударили на них врасплох новгородцы и разбили наголову; но скоро весть о Шелонском поражении заставила победителей бежать с места победы.
Великий князь получил весть о победе, когда стоял в Яжолбицах, в 120 верстах от Новгорода; отсюда он двинулся к югу и стал против Демона, который сдался князю Верейскому, заплативши сто рублей окупа; от Демона Иоанн пошел к Русе и вступил в нее 24 июля; он ждал послов новгородских с челобитьем, потому что еще из-под Демона отпустил в Новгород гонца, ириезжавшего за опасной грамотой, но вместо того получил весть, что Новгород волнуется по-прежнему. Несмотря на Шелонское поражение, несмотря на то, что здесь литовская сторона лишилась предводителей своих, взятых в плен, несмотря на то, что гонец, посланный к Казимиру для понуждения его садиться поскорее на коня за Новгород, возвратился с печальной вестью, что магистр ливонский не пропустил его через свою землю (если магистру не нравилось господство московского князя над Новгородом, то еще более должно было не нравиться господство литовского князя по тогдашним отношениям обоих орденов к Казимиру), несмотря на все это, когда в Новгороде узнали, что Иоанн в Русе, то встал сильный мятеж, сторожа заняли стены и башни, переменяясь день и ночь, а люди по-прежнему разделились: одни хотели за Москву, а другие — за Литву. Узнав об этом, Иоанн сильно рассердился и велел казнить Борецкого с тремя другими знатнейшими пленниками. «Вы за короля задаваться хотели», — сказал он им. Новгородцы приготовились защищаться, пожегши все посады около города, казнили переветника Упадыша, который с своими единомышленниками пять пушек железом заколачивал; но скоро увидали, что сопротивление не может быть продолжительно: хлеб вздорожал, рожь исчезла на торгу, можно было найти пшеничный хлеб, да и того мало. Тогда потребители ржаного хлеба поднялись на потребителей пшеничного, укоряя их за то, что они привели великого князя на Новгород; это значило, что московская сторона взяла верх, и вот нареченный владыка Феофил с старыми посадниками и житыми людьми поехал бить челом великому князю, который стоял уже при устье Шелони, на Коростыне. Феофил сначала обратился с челобитьем к князьям, боярам и воеводам, чтоб просили за Новгород братьев великокняжеских, а чтоб эти просили уже самого великого князя; митрополит из Москвы также писал, что если новгородцы придут с челобитьем, то чтоб великий князь утолил свой гнев. Иоанн принял новгородское челобитье, велел перестать жечь и пленить и дал мир Новгороду по старине; но за новгородскую проступку взял 15000 рублей деньгами в отчет, а серебром в отвес, кроме того, что передано было братьям великокняжеским, князьям, боярам, воеводам московским за ходатайство. В договоре, заключенном по старине, новгородцы обязались: «За короля и за великого князя литовского, кто на Литве ни будет, от вас великих князей (Иоанна и сына его) нам, вашей отчине Великому Новгороду, мужам вольным, не отдаться никакою хитростью и быть нам от вас неотступными ни к кому; князей нам у великого князя литовского на пригороды не просить и не принимать князей из Литвы в Великий Новгород. А на владычество нам выбирать по своей старине; ставиться же нашему владыке у гроба св. Петра-чудотворца в Москве у вас, великих князей, и у вашего отца митрополита, какой митрополит у вас в Москве ни будет; а в другом месте, кроме Москвы, нам владыки нигде не ставить».
Новгородцы начали переговоры с великим князем, еще не зная о другом своем несчастье: в Двинской области воевода их, князь Василий Шуйский, имея двенадцатитысячный отряд войска, встретился на берегах Двины с устюжским великокняжеским воеводою Образцом и вятчанами, у которых было менее 4000 войска: жаркая битва продолжалась целый день, секлись, схватывая друг друга за руки; двинский знаменщик был убит, знамя подхватил другой, убит был и этот, подхватил и третий, наконец убили и третьего, знамя перешло в руки москвичей, и двиняне дрогнули; князь Шуйский спасся бегством, раненый; новгородский летописец складывает вину поражения на двинян, говорит, что они не тянули по князе Шуйском. С другой стороны, вологодский воевода князя Андрея Васильевича Меньшого повоевал Кокшенгу. Заключая договор по старине, Иоанн возвратил Новгороду его заволоцкие владения, но при этом был сделан строгий перебор, и новгородцы должны были отдать все волости великокняжеские и ростовских князей, захваченные ими прежде и в последнюю войну. Таким образом, многие волости разделились пополам между Москвою и Новгородом, например Емец, Матигоры, Кур-остров, Чухчелема, Ухть-остров, Лисичь-остров; другие, которые прежде мы видели за Новгородом, отошли все к Москве без раздела, например Колмогоры, Ненокса, Уна и проч. Вся земля Новгородская, говорит летописец, до самого моря была пожжена и попленена, потому что опустошали ее не одни те войска, которые были с великим князем или его братьями, но изо всех земель московских ходили толпы за добычею в новгородские волости. Беды не прекратились и по отходе великокняжеских войск: жители Русы, бежавшие в Новгород во время войны, теперь отправились домой по Ильменю; но поднялась страшная буря и потопила их: погибло 90 учанов и 60 малых судов, в одном месте нашли 120 трупов. И не тут только природа объявила себя против Новгорода, за Москву; опасения, что трудно будет идти под Новгород летом по причине многих вод и болот, на этот раз не оправдались; как нарочно, лето было знойное, от мая до сентября не упало ни капли дождя; не было нигде преграды московским ратникам, которые гнали скот по болотам и местам, прежде непроходимым.
1 сентября возвратился Иоанн в Москву: того же 1471 года в декабре приехал туда нареченный владыка новгородский Феофил и был посвящен; Феофил просил свободы новгородским пленникам, и великий князь исполнил его просьбу; отправил и наместников своих в Новгород по-прежнему. Казалось, что все уладилось, но так могло казаться только: долговременное отсутствие великих князей, долговременная невозможность для них заниматься внутренними делами Новгорода ослабили, привели в забвение, но не уничтожили прав их здесь; теперь же великий князь московский получил возможность дать силу этим правам. При ослаблении власти княжеской вследствие постоянной борьбы многих князей-соперников образовались стороны, также постоянно боровшиеся между собою; богатый боярин, имевший средства платить многочисленным вечникам, мог отважиться на все, мог отважиться вооруженною рукою мстить за свои оскорбления; иногда целые улицы, целые концы враждовали друг с другом, стоя за то или другое лицо, за того или другого чиновника гражданского; сила решала спор; предводитель восторжествовавшей стороны достигал должности посадника и в этом звании позволял себе мстить тем гражданам, тем улицам, тем концам, которые были против него. Что оставалось побежденным и слабым? Молчать и ждать благоприятных обстоятельств, ждать усиления своей стороны, которое подаст им возможность собраться на вече, низложить соперников и поступить с ними по их же примеру. В таком состоянии находились дела, когда великий князь был далеко, а наместников мало слушались. Но теперь, когда великий князь хотел и мог восстановить свое старинное значение верховного судьи, теперь стороне угнетенной не нужно было долго дожидаться удобного случая к низложению врагов своих: она могла отдать свое дело на решение великого князя. Посадник степенный Василий Ананьин с 18 другими боярами своей стороны, наехавши с многочисленным отрядом на две улицы, Славкову и Никитину, людей переграбил и перебил, многих даже до смерти, имения взял на тысячу рублей. В то же время староста Федоровской улицы Памфил вместе с двумя боярами, которые участвовали и в нападении на две упомянутые улицы, ударил на двор двух братьев, бояр Полинарьиных, людей у них перебил, имения пограбил на 500 рублей. Любопытно, что между виновниками этих насилий встречаем имена известных врагов Москвы: это обстоятельство может навести на мысль, что здесь действовали также и причины политические, что на эту борьбу должно смотреть как на продолжение борьбы двух сторон — литовской и московской. В нападении на Славкову и Никитину улицы участвовали: Селезневы — Матвей и Яков, которых брат Василий был казнен вместе с Димитрием Борецким; Андрей Телятев и Моисей Федоров; Павел Телятев и Яков Федоров были также схвачены в Шелонской битве и отосланы в Коломну; Афанасьевы, которых Иоанн, как увидим впоследствии, считал самыми жаркими приверженцами Литвы; наконец, в числе вельмож, на которых были поданы жалобы и которые были обвинены Иоанном, видим Федора Исакова Борецкого. Но если сообщники степенного посадника Ананьина были приверженцами Литвы, то можно заключить, что и сам посадник не был доброжелателем Москвы. Как бы то ни было, обиженные посадником и его товарищами послали жаловаться на них в Москву. Псковский летописец говорит, что житые и младшие люди сами призвали великого князя, потому что обижали их посадник и великие бояре, не знавшие над собою суда; но мы не можем принять этого известия без ограничения: кроме борьбы сословий тут мы видим и борьбу сторон, ибо между врагами Ананьина и товарищей его встречаем не одних житых и младших граждан, но также бояр Полинарьиных.