22 октября 1475 года Иоанн выехал из Москвы в Новгород, миром, но со многими людьми; в Вышнем Волочке встретил его посол от владыки Феофила с дарами, но тут же встретили его и жалобщики, какой-то Кузьма Яковлев с товарищами; отсюда до самого Новгорода по всем станциям встречали его новгородские чиновники с подарками, начиная от подвойского до посадников, и между ними опять жалобники многие. За 90 верст до города встретил князя владыка Феофил, воевода новгородский, князь Василий Васильевич Шуйский и посадник степенный Ананьин со многими другими духовными, боярами и житыми людьми: владыка поднес две бочки вина, все остальные — по меху вина, и все были угощены обедом. Проведя месяц в дороге, 21 ноября Иоанн въехал в Новгород, встреченный посадниками, житыми людьми, множеством народа, и стал на Городище; владыка прислал двух чиновников своих распоряжаться доставкою съестных припасов ко двору великокняжескому; но великий князь не велел брать от них кормов и осердился на владыку, зачем прислал людей непригожих к делу, незначительных; владыка просил прощения чрез бояр, велел отпускать припасы наместнику своему, и тогда великий князь нелюбье отложил и пожаловал, велел брать кормы; владыка в день приезда бил челом Иоанну, звал его к себе обедать; но великий князь не пожаловал, не поехал и на другой день позвал к себе на обед владыку, посадника степенного, старых посадников, тысяцких и многих знатных людей; в тот же день нашло к нему множество жалобников, новгородцев и уездных людей; одни пришли просить приставов, чтобы не быть ограбленными от ратников, пришедших с великим князем, другие пришли с жалобами на свою же братию, новгородцев. «Потому что, — говорит летописец, — земля эта давно уже в своей воле жила, о великих князьях небрегла и не слушала их, и много зла было в ней: убийства, грабежи, домам разорение напрасное; кто кого мог, тот того и обижал».
23 ноября въехал Иоанн в город (крепость), где был встречен владыкою со всем духовенством, как приказал сам великий князь. В этот день он слушал обедню у св. Софии и обедал у владыки, причем получил дары: три постава сукон, 100 корабельников (червонцев), зуб рыбий да на проводях две бочки вина. На другой день пошли к великому князю с челобитьем, дарами и жалобами разные люди, а на третий явились главные жалобщики — две улицы, Славкова и Никитина, да братья Полинарьины — и жаловались в присутствии владыки, старых посадников, других бояр и житых людей. Иоанн сказал владыке и посадникам: «Ты, богомолец наш, и вы, посадники, объявите отчине нашей, Великому Новгороду, чтобы дали на этих обидчиков своих приставов, как я дал на них своих, потому что я хочу дело рассмотреть; и ты бы, богомолец мой, и вы, посадники, тогда у меня были: хочется мне обиженным управу дать». Новгородцы дали своих приставов, и в воскресенье 26 ноября обидчики и обиженные все стали перед великим князем на Городище в присутствии Феофила и старых посадников; начался суд, и было решено, что жалобы справедливы. Тогда великий князь велел взять обвиненных, главных посадить за приставами, товарищей их отдать на поруку крепкую, в 1500 рублях; архиепископ взял их на поруку. В то же время Иоанн выслал от себя вон и велел схватить Ивана Афанасьева с сыном за то, что советовали Новгороду отдаться за короля.
Прошел день, другой; на третий явился на Городище владыка и посадники бить великому князю челом от Великого Новгорода, чтобы пожаловал, смиловался, велел освободить посаженных бояр и отдать их на поруку. Великий князь челобитья не принял и сказал: «Известно тебе, богомольцу нашему, и всему Новгороду, отчине нашей, сколько от этих бояр и прежде зла было, а нынче, что ни есть дурного в нашей отчине, все от них; так как же мне их за это дурное жаловать?» В тот же день посадник Ананьин с тремя главными товарищами скованные были отправлены в Москву. Спустя несколько времени пришел опять Феофил с посадниками и многими другими людьми бить челом о помиловании тех товарищей Ананьина, которые даны были на поруку; это челобитье великий князь принял, велел только взыскать с виноватых 1500 рублей истцовых убытков да свои судные пошлины (свою вину). По окончании этих дел, с 4 декабря, начались пиры у знатнейших новгородцев для великого князя и продолжались до 19 января: каждый хозяин дарил гостя ковшами золотыми, деньгами, мехами, рыбьими зубьями, сукнами, ловчими птицами, вином, лошадьми. Те посадники и тысяцкие, которые не успели дать пиров для великого князя, подносили ему дары, какими хотели дарить на пирах; из купцов и житых людей не остался ни один, который бы не пришел с дарами, даже и молодые (незначительные) люди многие были у него с дарами и челобитьем; новоизбранный степенный посадник Фома Андреевич Курятник вместе с тысяцким поднесли ему 1000 рублей от всего Великого Новгорода. Во время пиров приехал шведский посол с просьбою о продолжении перемирия; великий князь пожаловал, велел владыке и Новгороду заключить с шведами перемирие по старине и с честью отпустил посла. При всех этих распоряжениях Иоанновых ни один из старых обычаев, ни одно из старых условий не были нарушены: перемирие с соседним государством было заключено владыкою и Новгородом, но с ведома и по приказанию князя; по жалобе новгородцев Иоанн судил, сменил и наказал посадника, ибо имел право верховного суда над всеми, имел право сменять чиновников, объявив только их вину; при этом Иоанн выполнил в точности старинный обычай: давши на обличенных своих приставов, требовал, чтобы Новгород дал также и своих; он заточил осужденного посадника и его товарищей в Москву, но и это была старина: Владимир Мономах, Святослав Ольгович заточали на юг бояр новгородских, и после в договорах это право не было отнято у князей. Иоанн не нарушил ни в чем старины, но давно уже новгородцы отвыкли от нее, ибо в продолжение многих веков великие князья не пользовались своими правами, а новгородцы, пользуясь настоящим, забыли и о прошедшем и о будущем.
Месяц ехал великий князь из Москвы в Новгород; гораздо скорее возвратился из Новгорода в Москву, ибо не был задерживаем на пути: 26 января выехал он из Новгорода, 8 февраля был уже в Москве. И здесь соблюдено было условие старинных договоров: «Когда, князь, поедешь в Новгород, тогда тебе дары брать по постояниям (станциям); когда же поедешь из Новгорода, тогда дара тебе не надобно». В марте приехал в Москву владыка Феофил с боярами просить об освобождении заточенных новгородцев; Иоанн угостил владыку, но из заточенных не отпустил ни одного. Между тем многим понравилось искать защиты от обид на суде великокняжеском; ждать Иоанна, когда он опять приедет в Новгород, было долго, и вот забыли старинное условие: «На Низу новгородца не судить»; стали брать приставов и являться в назначенный срок в Москву на суд. В начале 1477 года приехал посадник Захар Овинов за приставом великокняжеским со многими новгородцами — одним отвечать, на других искать. Вслед за Овиновым приехали другие бояре и многие житые люди, также поселяне, монахини, вдовы и все обиженные, многое множество, искать удовлетворения в обидах и отвечать на жалобы других. «Этого не бывало от начала, — говорит летописец, — как земля их стала и как великие князья пошли от Рюрика на Киеве и на Владимире; один только великий князь Иван Васильевич довел их до этого».