Два шага было сделано; оставалось сделать третий, последний. Все было приготовлено: литовская сторона, пораженная бездействием Казимира, безмолвствовала без глав своих; народ начал смотреть на московского князя как на верховного судью; мало того, были в Новгороде люди, которых летописец называет приятелями князя московского; вече молчало. Но оно могло заговорить при первом удобном случае, при первой победе хана Золотой или Казанской Орды, и посадник все еще сидел в суде подле московского наместника; надобно было освободиться и от веча, и от посадника. Приехали двое послов новгородских, Назар Подвойский и Захар, вечевой дьяк, которые в челобитье назвали Иоанна государем, тогда как прежде, «с тех пор как земля их стала, — говорит летописец, — того не бывало, ни одного великого князя государем не называли, а только господином». Летописи не сообщают ясных подробностей, кем собственно и как устроено было это дело. В следующем же месяце (апреля 24) отправились послы из Москвы спросить владыку и весь Великий Новгород: «Какого они хотят государства? Хотят ли, чтоб в Новгороде был один суд государя, чтобы тиуны его сидели по всем улицам, хотят ли двор Ярославов очистить для великого князя?» В некоторых летописях говорится, что послы назвали Иоанна государем по решению владыки, бояр, посадников, но без ведома Великого Новгорода; в других говорится, что новгородцы, услыхав запрос посла московского, пограбили этих посадников и бояр, дворы, доспехи и всю ратную приправу у них отняли; известный нам Захар Овин оговорил другого боярина, Василия Никифорова, будто бы тот во время поездки своей в Москву присягнул там служить великому князю против Новгорода. 31 мая встал мятеж, собралось вече, пришли на Василия Никифорова, взяли его и привели перед народ, который закричал ему: «Переветник! Был ты у великого князя и целовал ему крест на нас!» Василий отвечал: «Целовал я крест великому князю в том, что буду служить ему правдою и добра ему хотеть, а не целовал я креста на государя своего, Великий Новгород, и на вас, своих господ и братий». Его убили без милости, иссекли топорами на части; но потом убили и Захара Овина вместе с братом у владыки на дворе, сына Кузьмина замертво оставили, схватили и двоих других бояр. Луку Федорова и Феофилакта Захарьина, но, приведши на вече, пожаловали, взявши с них присягу, что будут хотеть добра Новгороду. С этого времени новгородцы взбесновались, как пьяные, по выражению летописца, посредничество псковитян отвергли, всякий начал толковать свое, и к королю опять захотели; но послов московских держали шесть недель с честью, с честью и отпустили, давши такой ответ великим князьям: «Вам, своим господам, челом бьем, но государями вас не зовем; суд вашим наместникам на Городище по старине, а тиунам вашим у нас не быть, и двора Ярославова не даем; хотим с вами жить, как договорились в последний раз на Коростыни; кто же взялся без нашего ведома иначе сделать, тех казните, как сами знаете, и мы здесь будем их также казнить, кого поймаем; а вам, своим господам, челом бьем, чтоб держали нас в старине, по крестному целованию». Послы и преданные великому князю посадники отправились в Москву и объявили здесь о новгородских событиях. Иоанн пришел к митрополиту с вестью о клятвопреступлении новгородцев: «Я не хотел у них государства, сами присылали, а теперь запираются и на нас ложь положили». Тоже объявил матери, братьям, боярам, воеводам и по общему благословению и совету вооружился на отступников и крестного целования преступников новгородцев.
Услыхав об этих вооружениях, новгородцы послали старосту одной из своих улиц в Москву бить челом об опасной грамоте для своих послов; но великий князь велел опасчика задержать в Торжке и, несмотря на осеннее время, спешил двинуть отовсюду многочисленные полки к Новгороду: 30 сентября послал он туда складную грамоту, а 9 октября выехал сам из Москвы, оставя здесь по-прежнему сына. Через десять дней великий князь стоял в Торжке; здесь ждали его два посланца новгородских с челобитьем об опасных грамотах, ждали его и два боярина новгородских, братья Клементьевы, с челобитьем о принятии в службу — верное предвещание для успеха! Пробыв четыре дня в Торжке, Иоанн выступил далее на Вышний Волочек, а отсюда пошел между Мстою и Яжелбицкою дорогою, и в то же время по разным другим дорогам двигались сильные полки московские, тверские, татарские. Прежде, когда Иоанн ходил в Новгород миром, на станциях являлись к нему знатные новгородцы с подарками; теперь они являлись к нему с челобитьем о принятии в службу; так, приехали к нему посадник Тучин, житый человек Савельев. Опасчиков, найденных в Торжке, великий князь велел вести с собою и, только будучи уже во 125 верстах от Новгорода, у Спаса на Еглине, велел им явиться пред себя и дал опасную грамоту. Но если великий князь спешил походом, то новгородцы спешили миром и, не дожидаясь прежних двух опасчиков, выслали третьего; Иоанн объявил ему, что опас уже дан, а сам уже между тем на Полинах, в 120 верстах от Новгорода, урядил полки, как быть в большом полку или в великокняжеском, как в передовом, как в правой и левой руке, и отпустил войска к Новгороду с приказанием занять Городище и монастыри, чтоб новгородцы не сожгли их. Находясь в 50 верстах от Новгорода, у Николы в Тухоле, Иоанн послал приказ псковичам идти на Новгород ратью с пушками, пищалями, самострелами, со всею приправою, с чем к городу приступить, стать на устье Шелони и дожидаться дальнейших приказаний. В 30 верстах от Новгорода, на Сытине, 23 ноября явились к Иоанну владыка Феофил с посадниками и житыми людьми и стали бить челом: «Господин государь князь великий Иван Васильевич всея России! Ты положил гнев свой на отчину свою, на Великий Новгород, меч твой и огонь ходят по Новгородской земле, кровь христианская льется, смилуйся над отчиною своею, меч уйми, огонь утоли, чтобы кровь христианская не лилась: господин государь, пожалуй! Да положил ты опалу на бояр новгородских и на Москву свел их в свой первый приезд: смилуйся, отпусти их в свою отчину, в Новгород Великий». Великий князь не отвечал послам ни слова, но позвал их обедать. На другой день ходили они к брату великокняжескому Андрею Меньшому с подарками, чтоб просил брата за Новгород, и потом пришли к великому князю с просьбою, чтоб пожаловал, велел с боярами поговорить; великий князь выслал к ним троих бояр на говорку. Послы предложили им такие условия, чтоб великий князь ездил в Новгород на четвертый год и брал по 1000 рублей; велел бы суд судить наместнику своему и посаднику в городе, а чего они не управят, тому бы сам князь великий управу чинил, когда приедет на четвертый год, а чтоб позвов на Москву не было; чтоб князь великий не велел своим наместникам владычных судов судить и посадничьих; чтоб великокняжеские подданные в тяжбах своих с новгородцами судились пред наместником и посадником в городе, а не на Городище.
Вместо ответа великий князь велел воеводам своим придвинуться к Новгороду, занять Городище и подгородные монастыри и, получив весть, что приказание его исполнено, велел сказать послам: «Сами вы знаете, что посылали к нам Назара Подвойского и Захара, вечевого дьяка, и назвали нас, великих князей, себе государями; мы, великие князья, по вашей присылке и челобитью послали бояр спросить вас: Какого нашего государства хотите? И вы заперлись, что послов с тем не посылывали, и говорили, что мы вас притесняем. Но кроме того, что вы объявили нас лжецами, много и других ваших к нам неисправлений и нечести. Мы сперва поудержались, ожидая вашего обращения, посылали к вам с увещаниями; но вы не послушались и потому стали нам как чужие. Вы теперь поставили речь о боярах новгородских, на которых я положил опалу, просили, чтоб я их пожаловал, отпустил; но вы хорошо знаете, что на них бил мне челом весь Великий Новгород как на грабителей, проливавших кровь христианскую. Я, обыскавши владыкою, посадниками и всем Новгородом, нашел, что много зла делается от них нашей отчине, и хотел их казнить; но ты же, владыка, и вы, наша отчина, просили меня за них, и я их помиловал, казнить не велел, а теперь вы о тех же виноватых речь вставляете, чего вам делать не годилось, и после того как нам вас жаловать? Князь великий вам говорит: „Захочет Великий Новгород бить нам челом, и он знает, как ему нам, великим князьям, челом бить“.