Петр простил Феодосия, но тот скоро забыл беду. Когда после коронации Екатерины рассуждали, как поминать ее на ектениях, Феодосий сказал: «Какова та молитва будет, что по указу молиться». Но скоро пришла другая беда: на Феодосия подан был донос в расхищениях: в 706 году Новгородской епархии архиерейские и монастырские вотчины взяты были в ведение в новгородскую приказную палату, а архиерею и в монастыри велено давать указное; но в 707 году по прошению митрополита Иова и властей его епархии теми вотчинами велено им владеть по-прежнему, за что платишь каждый год по 11000 рублей; они же, Иов и власти, обещали скот и хлеб, что у них за расходами будет оставаться, отдавать в государеву казну; но этих денег епархия не платила. Кроме того, подан был донос на судью новгородского архиерейского дома Андроника в денежном и хлебном похищении и во взятках. Петр велел Толстому исследовать дело, но умер. У Феодосия спала гора с плеч. Страшного Петра не было более; на его престоле сидела женщина, боявшаяся, что непрочна на престоле, боявшаяся приверженцев великого князя. Феодосий разнуздался, не скрывал своей радости, что Петра нет более, и все резче и резче высказывался против новых порядков, против унижения духовной власти перед светскою. 12 апреля Феодосий в карете подъехал к мосту, который находился перед домом императрицы; часовой остановил лошадей, объявив, что не велено пропускать в экипажах далее моста. Феодосий вышел из кареты в страшном гневе, махал тростью и говорил: «Я сам лучше светлейшего князя». То же повторяли за ним и служки его, браня часового дураком. Вошедши в переднюю, он обратился к дежурному офицеру: «Зачем меня не пускают; мне при его величестве везде бывал свободный вход; вы боитесь только палки, которая вас бьет, а наши палки больше других; шелудивые овцы не знают, кого не пускают». Дело осталось без последствий. 20 апреля приехал к Феодосию камер-юнкер сказать ему именем императрицы, что на другой день должна быть в Петропавловском соборе панихида по усопшем государе. «Мы готовы, — отвечал Феодосий и стал жаловаться на свою обиду. — Я и впредь опасаюсь ездить ко двору ее величества, чтоб и впредь также не обругали часовые, разве пришлют да неволею велят взять». «Если вам такая обида, то надобно просить милости государыни императрицы», — сказал камер-юнкер. «Так же было и при императоре, — отвечал Феодосий, — не пропустили меня в Адмиралтейство, и за то я не получил никакой сатисфакции, хотя и просил; а теперь я и искать не хочу». На другой день после панихиды обер-гофмейстер Олсуфьев подошел к Феодосию с приглашением к императорскому столу. «Мне быть в доме ее величества не можно, понеже я обесчещен», — отвечал Феодосий. Обер-гофмейстер два раза повторял приглашение; Феодосий отвечал: «Разве изволит прислать нарочного, чтоб проводили». Нарочного не прислали, и Феодосий не был на обеде.
На другой день, 22 апреля, явился во дворец Феофан Прокопович и от имени других синодальных членов донес императрице, что Феодосий часто говорил непристойные слова. Вследствие этого донесения 25 числа в доме канцлера графа Головкина собрались генерал-адмирал граф Апраксин и граф Толстой, к которым явились два архимандрита из синодальных членов и подали письменный донос о непристойных словах Феодосия. Он говорил про императрицу: «Будет трусить, мало только подождать». После сам Феодосий так объяснял эти слова: «Был разговор со псковским (Феофаном Прокоповичем) о трактаменте сенаторов в доме ее величества на святой неделе, а синодских членов на том трактаменте не было, и те речи говорил от глупости, а не от злобы, что станет трусить в такой силе, что ныне задабривают сенаторов, чтоб добре дела управляли, а, сохрани бог, когда в них какое несогласие к добру общему будет, тогда духовных станут задабривать, чтоб увещевали к согласию добра общего. А что мало только подождать — говорил от слов, которые слышал, что будто цесарь намерен тайно прислать в Россию с деньгами, которыми бы склонять здешних министров в свою партию».
Архимандриты донесли, что недавно в синодской палате Феодосий говорил по поводу штата: «Никто духовным недоброжелательны, все уклонишася вкупе, какого тут благословения божия ожидать? Воистину скоро гнев божий снидет на Россию, и, как станет междоусобие, тут-то увидят все, от первых и до последних!» При этих словах стал он швыкать и руками посечение показывать. Говорил в Синоде же: «Государь старался ниспровергнуть это духовное правительство и для того нас утеснял штатом и недачею жалованья, а теперь смотрите: мы все живы, а он умер, его нет». Когда ему объявили, что государыня приказала синодальным членам собраться на служение панихиды по покойном императоре, то он, поднявши глаза к небу, говорил: «Боже милостивый, какое тиранство! Чего церковь дождалась? Мирская власть повелевает духовной молиться, это слову божию весьма противно: апостол Павел молит христиан молиться за царя, а не принуждает; служить буду: боюсь, чтоб в ссылку не сослали; только услышит ли бог такую молитву?» Приводя известие из 3-й книги Царств о болезни сына царя Иеровоама, говорил, что бог за грехи отца не пощадил и грудного младенца, и не только одно дитя, но и всю фамилию искоренил. Ярославскому архимандриту Кондоиди сказал: «Видал ты такой суд божий, что как он (Петр) хотел учинить штат духовный, то и умре?»
Подали доносы и другие члены Синода. Тверской архиепископ Феофилакт Лопатинский писал, что Феодосий постоянно бранился, всякого чина русских людей называл безумными, нехристями, хуже турок и всяких варваров, атеистами, идолопоклонниками. Синодский обер-прокурор Болтин показал, что Феодосий особенно сердит был на сенаторов, называл их гонителями духовенства; сравнивал, по выражению Болтина, «злато с блатом», Петра Великого с царем Иваном Грозным, а расстриженного монаха Варлаама Овсянникова, бывшего синодского обер-секретаря, с Филиппом митрополитом, говорил, что Петра умертвил бог за расстри-жение этого Варлаама. В разные времена то защищал Петра, обвиняя во всем сенаторов, то делал выходки против покойного императора; говорил: «Его величество желал все делать доброе, да не допускают сенатори; ей-ей, святая христианская душа, да наговорщики не допускают за злобу от сенаторей на Синод за отнятие попов и что у них церкви (домовые) запечатаны и тем всю их гордыню пресекли. Доколе будет тиранство над церковию, дотоле добра надеяться невозможно и суеверие не искоренится, понеже пастыри ни в чем не могут иметь воли, а в церкви монархии нет и никакой не бывало; какие мы управители? никто нас не слушает». В другой раз говорил о Петре: «За воинские дела не для чего его хвалить: воевал он от младенческой своей охоты и из тщеславия, а не для государственной пользы. Излишняя его охота к следованию тайных дел показует мучительское его сердце, жаждущее крови человеческой. Он делает указы и переделывает, как человек непостоянный или неблагорассудный, без всякого резона. Бывало, Филипп Пальчиков придет к государю и наговорит ему того, что он всю ночь уснуть не может; также наговорщики его и уморили. Был государь великой амбиции, глубоких и беспокойных замыслов: новые одни за другими дела заводил, сего дня задумал великое дело, завтра еще больше затеет; с наговоров бездушных людей и доносителей о всех духовных и светских особах начал иметь, как о неверных себе, худое мнение и подозрительство и обо мне также, никому не верил, только молодым своим придворным и злосовестным людям, для чего и тайных имел шпионов, которые над всеми надзирали и так иногда смущали его, что ночью спать не мог; для того подозрения всех боялся, за не очень важные слова повелевал казнить смертью, а можно было и без такого кровопролития в словах подлых людей и во всем положиться на промысл божий. Я по се время всегда думал, что мне от его рук кончина жития будет; это размышление во мне родилось от того, как я еще в молодых летах приехал в Москву с шляхтою смоленскою, приведены были в палату и пожалованы к руке; кланялся я царю Ивану Алексеевичу, и ничего; а как пришел к руке царя Петра Алексеевича, тогда такой напал на меня страх, что едва не упал и колена затряслись; с этого времени всегда рассуждал, что мне от той руки и смерть будет». Говорил: «Иерусалим и прочие святые места отдал бог варварам-туркам, отняв у христиан за их суеверие, что они поклоняются гробу господню: того ж надеяться и Русскому государству, идолопоклонствующему суевериям. Кабинет — раскольщикам прибежище и заступление. Сколько людей переказнено, а воровство не убывает, совесть в людях незавязанная, надобно обучать чрез школы, и от того познают бога и что есть грех, только без денег сего сделать нельзя, а инструмент железный невелика диковинка, дать две гривны».