Эта записка, важная в том отношении, что обрисовывает характер писавшего ее, разумеется не могла нисколько облегчить участи Кикина, а только могла произвести еще большее против него раздражение в царе. На двух новых пытках Кикин подтвердил прежние показания, а не те, которые подал в записке, и министры приговорили «учинить ему смертную казнь жестокую ». Ивана Афанасьева приговорили просто к смертной казни. К смертной же казни был приговорен дьяк Федор Воронов, на которого Афанасьев показал, что знал от него о побеге царевича, объявил готовность служить царевичу и дал Афанасьеву цифирь для ведения переписки.
Кикин напрасно боялся, что князь Василий Владимирович Долгорукий уйдет от беды: Долгорукого схватили в Петербурге и в оковах привезли в Москву. Страшный удар, страшное бесчестье готово было поразить знаменитый род, и старший князь Яков Федорович написал Петру: «Премилосердый государь! Впал я злым несчастием моим в ненавистное богу и человекам имя злодейского рода. Утверждаюся сердцевидцем создателем моим, что весь род мой всегда непоколебимо пребывал в верности. В начале царствования твоего, во время богомерзкого бунта, дядя и брат мой злую смерть приняли за истинную верность к державе вашего величества; потом я с троими братьями в Троицком монастыре и всегда противны злу были, не боясь, явно показывали себя в верной службе вашего величества, готовы были всегда умереть; и в том намерении прежде были и ныне пребываем и должны пребывать до смерти нашей. Недавно в поучении некоем явились непристойные слова; когда я их услышал, то, не устрашась и не рассуждая лица сильного, вменится ли то мне за благо, обличил и явно запретил, за что мне в воздаяние обещана, как и слышу, лютая на коле смерть. Вижу ныне сродников моих, впадших в некоторое погрешение, хотя дела их подлинно не ведаю, однако то ведаю, что никогда они ни в каких злохитрых умыслах не были, чему и причина есть: весь мой род обязан всем высокой милости вашего величества. Разве явилась вина их в каких дерзновенных словах? Известно вашему величеству оное дерзновенное состояние и слабость необузданного языка, который иногда с разумом не согласуется; иногда и то, может быть, необузданный язык произносил, чего никогда и в уме не имел человек. Ино есть дело злое, ино есть слово с умыслом и намерением злым, ино есть слово дерзновенное без умыслу и хотя не безвинное, однако не такой достойное мести, какой достойны злодеи, умыслом виновные. Пусть за такое слово будет тяжко одним виновным; а нас бы, безвинных, во время старости нашей те их вины не губили, ибо нам собою всенародного обычая переменить нельзя: порок одного злодея привязывается и к невинным сродникам. Того ради, падая, яко неключимые рабы, молим: помилуй, премилосердый государь, да не снидем в старости нашей во гроб с именем злодейского рода, которое может не только отнять доброе имя, но и безвременно вервь живота пресечь».
Министры (князь Иван Ромодановский, Шереметев, граф Головкин, Мусин-Пушкин, Стрешнев, адмирал Апраксин, князь Петр Прозоровский, Петр Шафиров, Алексей Салтыков, Василий Салтыков) приговорили: «Если бы на князя Василья показывал не царевич, а другой кто-нибудь, то следовал бы розыск; а поверить вполне словам царевича трудно: царевич сам показывал, что князь Василий относительно побега не был его советником и по совету Кикина написано было к князю Василью письмо для того, чтоб набросить на него подозрение. А за дерзкие слова князь Василий заслуживает быть сосланным с лишением чина и имения». Князь Василий подал объяснение: «Я говорил царевичу: письмо подай немедленно (отцу об отречении от престола) и бояться тебе нечего и по требованию отцову хотя б 10 или 20 писем давать надобно: это не такие письма, как между нашею братьею прежде бывали, с сеазами и с неустойкою, и опасаться этого нечего. А может быть, говорил: «Хотя и тысячу писем давай» — того не упомню. А говорил, чтоб его к тому привесть, чтоб то письмо подал, конечно, видя, что царскому величеству и государственному интересу надобно». Долгорукий был сослан в Соликамск.
Учитель Никифор Вяземский в показании своем настаивал, что он уже давно в немилости у царевича: в 1711 году в Вольфенбителе, в герцоговом доме, царевич драл его за волосы, бил палкою и сбил с двора; в 1712 году он хотел его убить до смерти под Штетином, о чем известно князю Меншикову, канцлеру Головкину и другим. Вяземский был сослан в Архангельск.
Одновременно с этим розыском шел другой. Капитан-поручик гвардии Григорий Скорняков-Писарев был отправлен 4 февраля в суздальский Покровский монастырь, где жила инокиня Елена, бывшая царица Евдокия Федоровна. Посланный застал инокиню в мирском платье и в церкви на жертвеннике нашел таблицу, по которой поминали вместе с царем Петром благочестивейшую и великую государыню Евдокию Федоровну. Скорняков-Писарев повез Евдокию в Москву и дал знать о необходимости схватить Абрама Лопухина, князя Семена Щербатого и суздальского протопопа Андрея Пустынного, которые могли показать «многое воровство». Видя беду, Евдокия написала еще с дороги повинную царю: «Всемилостивейший государь! В прошлых годах, а в котором не упомню, по обещанию своему пострижена я была в суздальском Покровском монастыре в старицы и наречено мне был имя Елена. И по пострижению в иноческом платье ходила с полгода; и не восхотя быть инокою, оставя монашество и скинув платье, жила в том монастыре скрытно, под видом иночества, мирянкою. И то мое скрытие объявилось чрез Григорья Писарева. И ныне я надеюсь на человеколюбивые вашего величества щедроты. Припадая к ногам вашим, прошу милосердия, того моего преступления о прощении, чтоб мне безгодною смертию не умереть. А я обещаюся по-прежнему быти инокою и пребыть в иночестве до смерти своей и буду бога молить за тебя, государя. Вашего величества нижайшая раба, бывшая жена ваша Авдотья».
Монахини Покровского монастыря показали, что к бывшей царице ездил юродивый Михайла Босой, привозил от царевны Марьи Алексеевны деньги и подарки; он же привез ей известие об уходе царевича и пророчествовал, что Евдокия будет взята к Москве. Босой показал, что пророчествовал спроста, об уходе царевича узнал от царевны Марьи, которая говорила, что за границею ему будет лучше, проживет, как в раю, а здесь бы его постригли. Монахиня Маремьяна показала: «Мы не смели говорить царице, для чего она монашеское платье сняла? Она много раз говаривала: „Все наше, государево; и государь за мать свою что воздал стрельцам, ведь вы знаете, а и сын мой из пеленок вывалился“». Маремьяна показала на любовную связь Евдокии с присланным в Суздаль для солдатского набора Степаном Глебовым. Глебов показал: «Как я был в Суздале у набора солдатского, тому лет с восемь или с девять, в то время привел меня в келью к бывшей царице духовник ее Федор Пустынный, и подарков к ней чрез оного духовника прислал я и сшелся с нею в любовь. И после того, тому года с два, приезжал я к ней и видел ее: и я к ней письма посылал о здоровье, и она ко мне присылала ж». Евдокия написала собственною рукою: «Я с ним блудно жила в то время, как он был у рекрутского набора, в том и виновата». Сын Глебова показал, что отец был в дружбе с епископом Ростовским Досифеем, с ключарем Федором Пустынным и с ризничим Петром. Последний показал: «Когда царское величество изволил сочетаться законным браком, приходил к нему в Суздаль поддьякон Иван Пустынный и, смеяся, говорил: „Вот бывшая царица все чаяла, что государь ее возьмет и будет она по-прежнему царицею с пророчества епископа Досифея; когда он был архимандритом (новоспасским в Москве), принес к ней две иконы и велел ей пред ними класть по нескольку сот поклонов; а Досифей от тех икон будто видел видение, что она будет по-прежнему царицею, и от того она чуть не задушилась, поклоны кладучи“». Досифей показал, что после объявления брака царя с Екатериною Алексеевною приезжал к нему Глебов и говорил: «Для чего вы, архиереи, за то не стоите, что государь от живой жены на другой женится?» Глебов, кроме любовной связи с Евдокиею, ни в чем не признавался. С Досифея сняли епископский сан; на соборе перед архиереями он сказал: «Посмотрите, и у всех что на сердцах? Извольте пустить уши в народ, что в народе говорят; а на имя не скажу». На пытках Досифей, теперь уже расстрига Демид, признался, что поминал Евдокию царицею, как и другие, пророчествовал царице и царевне Марье Алексеевне, желал смерти Петра и воцарения сына его. Певчий царевны Марьи Алексеевны Журавский показал, что Досифей приезжал к царевне и рассказывал о своих видениях, будто государь скоро умрет и будет смущение, пророчествовал, что государь возьмет бывшую царицу и будут у них два детища. Журавский, уведомляя Лопухина о возвращении царевича из-за границы, прибавил о царевне Марье: «Точию снедает ее милостивое сердце от воздыханий всенародных печаль». Журавский показал, что слышал, как царевна говорила Абраму Лопухину о великих податях, о продолжительной войне, о разорении народном; как говорила о царевиче: «Хорошо сделал, что ушел; там ему жить лучше». Журавский оговорил известную нам княгиню Настасью Голицыну, что она переносила вести из государева дома и тужила о возвращении царевича. Абрам Лопухин признался, что желал смерти Петра и воцарения Алексея.