Все было сказано. Перед Петром не был сын неспособный и сознающий свою неспособность, бежавший от принуждения к деятельности и возвратившийся с тем, чтоб погребсти себя в деревне с женщиною, к которой пристрастился. Перед Петром был наследник престола, твердо опиравшийся на свои права и на сочувствие большинства русских людей, радостно прислушивавшийся к слухам о замыслах, имевших целью гибель отца, готовый воспользоваться возмущением, если бы даже отец и был еще жив, лишь бы возмутившиеся были сильны. Но этого мало: программа деятельности по занятии отцовского места уже начертана: близкие к отцу люди будут заменены другими, все пойдет наоборот, все, что стоило отцу таких трудов, все, из-за чего подвергался он таким бедствиям и наконец получил силу и славу для себя и для государства, все это будет ниспровергнуто, причем, разумеется, не будет пощады второй жене и детям от нее. Надобно выбирать: или он, или они; или преобразованная Россия в руках человека, сочувствующего преобразованию, готового далее вести дело, или видеть эту Россию в руках человека, который с своими Досифеями будет с наслаждением истреблять память великой деятельности. Надобно выбирать; среднего быть не может, ибо заявлено, что клобук не гвоздем будет к голове прибит. Для блага общего надобно пожертвовать недостойным сыном; надобно одним ударом уничтожить все преступные надежды. Но казнить родного сына! Сначала Петр в Москве был склонен снисходительно смотреть на сына; в нем видно было желание оправдать Алексея через обвинение других. Царь говорил Толстому: «Когда б не монахиня, не монах и не Кикин, Алексей не дерзнул бы на такое неслыханное зло. Ой, бородачи! многому злу корень — старцы и попы; отец мой имел дело с одним бородачом, а я — с тысячами. Бог — сердцеведец и судья вероломцам. Я хотел ему блага, а он всегдашний мой противник». Толстой отвечал: «Кающемуся и повинующемуся милосердие, а старцам пора обрезать перья и поубавить пуха». «Не будут летать скоро, скоро!» — сказал на это Петр.
Но в Петербурге после показаний Афросиньи и новых признаний царевича расположение переменилось. Тяжко было положение Петра при страшном выборе: «Страдаю, а все за отечество, желая ему полезное; враги пакости мне деют демонские; труден разбор невинности моей тому, кому дело сие неведомо, бог зрит правду». Петр не решился на выбор, не решился быть судьею в собственном доме, особенно когда он дал сыну обещание простить его; он созвал знатнейшее духовенство, министров, сенаторов, генералитет и дал им 13 июня следующее объявление; духовенству: «Понеже вы ныне уже довольно слышали о малослыханном в свете преступлении сына моего против нас, яко отца и государя своего, и хотя я довольно власти над оным по божественным и гражданским правам имею, а особливо по правам российским (которые суд между отца и детей и у партикулярных людей весьма отмещут), учинить за преступление по воле моей, без совета других; однакож боюсь бога, дабы не погрешить: ибо натурально есть, что люди в своих делах меньше видят, нежели другие в их. Також и врачи: хотя б и всех искуснее который был, то не отважится свою болезнь сам лечить, но призывает других. Подобным образом и мы сию болезнь свою вручаем вам, прося лечения оной, боясь вечной смерти. Ежели б один сам оную лечил, иногда бы, не познав силы в своей болезни, а наипаче в том, что я с клятвою суда божия письменно обещал оному своему сыну прощение и потом словесно подтвердил, ежели истинно скажет. Но хотя он сие и нарушил утайкою наиважнейших дел, и особливо замыслу своего бунтовного против нас, яко родителя и государя своего; но, однакож, дабы не погрешить в том, и хотя его дело не духовного, но гражданского суда есть, которому мы оное на осуждение беспохлебное чрез особливое объявление ныне же предали, однакож мы, желая всякого о сем известия и воспоминая слово божие, где увещевает в таких делах вопрошать и чина священного о законе божии, как написано во главе 17 второзакония, желаем и от вас, архиереев, и всего духовного чина, яко учителей слова божия, не издадите каковый о сем декрет, но да взыщете и покажете о сем от св. писания нам истинное наставление и рассуждение, какого наказания сие богомерзкое и Авессаломову прикладу уподобляющееся намерение сына нашего по божественным заповедям и прочим св. писания прикладам и по законам достойно. И то нам дать за подписанием рук своих на письме, дабы мы, из того усмотря, неотягченную совесть в сем деле имели. В чем мы на вас, яко по достоинству блюстителей божественных заповедей и верных пастырей Христова стада и доброжелательных отечествия, надеемся и судом божиим и священством вашим заклинаем, да без всякого лицемерства и пристрастия в том поступите». Объявление светским особам разнилось от приведенного только окончанием: «Прошу вас, дабы истиною сие дело вершили, чему достойно, не флатируя (или не похлебуя) мне и не опасаясь того, что ежели сие дело легкого наказания достойно, и, когда вы так учините осуждением, чтоб мне противно было, в чем вам клянуся самим богом и судом его, что в том отнюдь не опасайтеся, також и не рассуждайте того, что тот суд ваш надлежит вам учинить на моего, яко государя вашего, сына; но, несмотря на лицо, сделайте правду и не погубите душ своих и моей, чтоб совести наши остались чисты в день страшного испытания и отечество наше безбедно!»
18 июня духовенство представило свое рассуждение: выписавши примеры и правила из Ветхого и Нового заветов относительно обязанности детей к родителям, оно заключило: «Вся же сия превысочайшему монаршескому рассуждению с должным покорением предлагаем, да сотворит господь, что есть благоугодно пред очима его: аще по делом и по мере вины восхощет наказати падшего, имать образцы, яже от Ветхого завета выше приведохом; аще благоизволит помиловати, имать образ самого Христа, который блудного сына кающегося восприят; жену, в прелюбодеянии яту и камением побиения по закону достойную, свободну отпусти, милость паче жертвы превознесе. Милости, рече, хощу, а не жертвы. И усты апостола своего рече, милость хвалится на суде. Имать образец и Давида, который гонителя своего сына Авессалома, хотяше пощадети, ибо вождям своим, хотящим на брань противу Авессалому изыти, глаголаше: пощадите ми отрока моего Авессалома. И отец убо пощадети хотяше, но само правосудие божие не пощадило есть того. Кратко рекше: сердце царево в руце божии есть. Да изберет тую часть, а може, рука божия того преклоняет».Подписались: Стефан, митрополит Рязанский; епископы: Феофан псковской, Алексий сарский, Игнатий суздальский, Варлаам тверской, Аарон корельский; два греческих митрополита: ставропольский Иоанникий и фиваидский Арсений; четыре архимандрита, два иеромонаха. Было ясно, что духовенство указывало на прощение, выставляя тут пример наивысший, пример спасителя; но духовенство не заблагорассудило ничего сказать насчет обещания, данного царем сыну, тогда как на основании этого обещания царевич возвратился, и Петр именно указывал на обещание свое, требуя очищения совести.
Светские чины, приглашенные определить наказание, хотели уяснить для себя преступление. Им нужно было прежде всего удостовериться, действительно ли Алексей виновен в возмутительных замыслах против отца-государя. Для этого царевич 17 июня приведен был из крепости (где уже содержался с 14 июня) в Сенат. Здесь Алексей показал, что цесарский резидент Плейер писал к имперскому вице-канцлеру графу Шёнборну в Вену: призывал его, Плейера, Абрам Лопухин и спрашивал, где обретается ныне царевич и есть ли об нем ведомость. Причем объявил: за царевича здесь стоят и заворашиваются уже кругом Москвы, потому что об нем разных ведомостей много. Плейерово письмо было приложено к письму графа Шёнборна к царевичу; Алексей, прочтя письмо, сжег его, и когда говорил Афросинье о вестях от Плейера, то об Абраме Лопухине промолчал. Потом царевич объявил, что надеялся на чернь, слыша от многих, что его в народе любят, именно от сибирского царевича, от Дубровского, Никифора Вяземского и от духовника Якова, который ему говаривал, что его в народе любят и пьют про его здоровье, называют его надеждою российскою. Потом, отведя в сторону князя Меншикова, Шафирова, Толстого и генерала Бутурлина, царевич сказал им: «Я имел надежду на тех людей, которые старину любят так, как Тихон Никитич (Стрешнев); я познавал их из разговоров, когда с ними говаривал, и они старину хваливали; а больше ему в том подали надежду слова князя Василья Долгорукого: „Давай отцу своему писем отрицательных от наследства, сколько он хочет“; к тому же говорил мне, что я умнее отца моего и что отец мой хотя и умен, только людей не знает, а я умных людей знать буду лучше. На архиерея рязанского надеялся по предике, видя его склонность к себе. А о Петербурге пьяный говаривал: „Когда зашли далеко в Копенгаген, то чтоб не потерять, как Азова“.
19 июня Алексея пытали: дано ему 25 ударов. Он объявил: на кого он в прежних своих повинных написал и пред сенаторами сказал, то все правда, ни на кого не затеял и никого не утаил. При этом дополнил, как был у него в Петербурге духовник его Яков Игнатьев и на исповеди он сказал ему, Якову: «Я желаю отцу своему смерти»; и духовник отвечал: «Бог тебя простит; мы и все желаем ему смерти». Также, будучи теперь в Москве, духовнику своему Варлааму на исповеди сказал, что отцу своему в повинных сказал не все и желал отцу своему смерти. Варлаам отвечал: «Бог тебя простит; а надобно тебе отцу своему правду сказать». Яков Игнатьев на пытке подтвердил слова царевича. Абрам Лопухин показал: «Сошедшись с Плейером на дороге, я спросил его, где теперь царевич, не у вас ли? Плейер отвечал: „В Цесарии, у нас“. Я сказал: „Чаю, царевича не оставят там; а у нас много тужат об нем, и не без замешания будет в народе“. И те слова сказал я со слов казанского ландрата Акинфиева, который говорил: „Может быть, что цесарь его не оставит; а в народе многие об нем сожалеют, и правда, у нас нанизу, в народе, будет не без замешания“. Сибирский царевич говорил мне: „По отъезде царевича отсюда в чужие края были здесь слезы превеликие: князь Яков Федорович Долгорукий так по нем плакал, что затрясся“. Когда я был в доме вице-адмирала Крейца и пришла ведомость, что царевич у цесаря, то вице-адмирал, пожав мне руку, сказал: „Там ему будет не худо“. Князь Иван Львов, бывши у меня в доме, радовался, что царевич отъехал к цесарю. „Там, — говорил Львов, — сыскал он место изрядное, и цесарь его не оставит; если б мне был случай отлучиться отсюда, я бы его там сыскал“. Князь Иван Львов показал: „В доме Абрама Лопухина был я по призыву пять или шесть раз, и о царевиче разговаривали, когда еще не было слуха об отъезде его к цесарю. Абрам говорил: „Поехал царевич к отцу, что отец с ним будет делать?“ Я отвечал: „Что с ним делать? Будет по-прежнему в полку поручиком“. „Не постригут ли его там?“ — спросил Абрам. Я рассмеялся: „Кому там его постригать? И монастырей там нет“. „Не убили б его; безлюдно едет“, — сказал Абрам. Я отвечал: „Там не только такой знатной персоне, но, когда и я езжал на почтах один, страху не было““.