Ногаи пустошили украйны, переправились через Оку, повоевали коломенские, серпуховские, боровские места и приходили даже в Домодедовскую подмосковскую волость. Ратные люди грабили по дорогам, не получая жалованья; сборщики податей, ездя по областям за жалованьем ратным людям, тоже грабили, так что правительство вынуждено было отзывать их и на самих крестьян возлагало обязанность сбирать деньги и привозить их в Москву. Монастыри жаловались на разоренье от литовских людей, просили льгот, старых и новых. Купцы иностранные также жаловались на разоренье, просили льгот, и правительство, чтоб усилить торговлю, исполняло их просьбы, «для иноземства, для бедности и разоренья». В отдаленных городах оказывалось явное сопротивление финансовым мерам правительства: так, нужно было наказать чердынцев, «трех человек, бив батоги, вкинуть на месяц в тюрьму, чтоб им вперед не повадно было ослушаться». Но чердынцы ослушались и прибили сборщика. На Белеозере посадские люди также не хотели платить податей, и когда воеводы велели их поставить на правеж, то они на себе править не дали, велели звонить в набат и воевод хотели побить, после чего сборщики податей являлись в селения уже с вооруженными отрядами. Коломенский воевода писал к государю: «Велено дать посланникам, которые едут в Турцию, 250 человек гребцов; но на яму всех ямщиков десять человек, собрать гребцов не с кого: мы хотели взять с посадских людей, но те нам гребцов не дают, двое из них приходят на нас с шумом и слушаться нас не велят; и из других мест такие же отписки, что денег, запасов и гребцов для посланников собрать нельзя, не с кого, и посланники ждут». Из Рязани архиепископ, духовенство, дворяне и дети боярские били челом: «С тех пор как вор начал называться царским именем, пошли усобицы и войны, наши отчины и поместья разорены до конца, все мы домов своих отбыли и жили с людишками своими в Переяславле, а как земля соединилась, начали приходить татары часто и досталь домишки наши выжгли, людишек и крестьянишек наших остальных перехватали и самих многих нашу братью на пустошах взяли и побили, и теперь татары у нас живут без выходу; приехал к нам твой государев посланник, что едет в Царь-град, живет в Переяславле три недели и нас из подвод и запасов мучит на правеже, а нам взять негде». При таких обстоятельствах новое правительство должно было вести упорную войну с врагами внутренними и внешними. Внутри свирепствовали козаки — надежда тех, которые хотели продолжения Смутного времени. Никанор Шульгин по приказанию собора выступил с казанским войском в поход против Заруцкого, но, узнав об избрании Михаила, остановился в Арзамасе, написав 15 марта в Москву, что не будет продолжать похода по приговору ратных людей, которые издержали свои запасы и более не могут оставаться на службе; в то же время Шульгин извещал собор, что все казанское войско присягнуло Михаилу, а между тем внушал этому войску, что не должно признавать нового царя, который избран без совета с Казанским государством. Никанор надеялся на козаков и, чтоб возмутить их, оставил войско в Арзамасе и отправился в Казань, но здесь не хотели больше козацкого царства, и когда Шульгин приехал в Свияжск, то уже там ждали его послы из Казани, которые объявили ему, что Казань присягнула Михаилу и что ему, Никанору, туда ехать незачем, а чтоб он не вздумал ослушаться, посадили его за приставов. Государь удивился, узнавши, что Никанор за приставами, и послал из Ростова приказ собору разведать, в каком он деле попался? Дело объяснилось, и Шульгина сослали в Сибирь, где он и умер.
Шульгин надеялся на козаков, и козаки еще не теряли надежды: у них оставался Заруцкий. Опустошивши Михайлов, Заруцкий ушел в Епифань, оставив в Михайлове своего воеводу; но 2 апреля михайловцы миром схватили этого воеводу, посадили за пристава, козаков вольных перехватали и посажали в тюрьму и дали знать об этом в Зарайск и Переяславль Рязанский, прося помощи. Вскоре после этого два козака прибежали из Епифани в Каширу и в расспросе сказывали: «Побежало их от Заруцкого детей боярских и козаков человек с двести, зато к Заруцкому пришло черкас человек с триста; Заруцкий хочет идти в Персию, а Марина с ним идти не хочет, зовет его с собою в Литву, у козаков был об этом круг, и многие козаки хотят обратиться к государю». Потом приехали в Каширу четырнадцать человек козаков и объявили, что у Заруцкого 2500 козаков, кроме новоприбыльных черкас, и что он сказал своему войску поход на Украйну. Получив эти вести, бояре, князь Мстиславский с товарищами, 13 апреля решили идти из Москвы на Заруцкого воеводе князю Ивану Одоевскому с воеводами — из Михайлова, Зарайска, Владимира, Суздаля и других городов; но в то же время боярам дали знать, что Заруцкий убежал из Епифани, выграбил Дедилов, сжег Крапивну, хочет идти на Тулу. Царь отвечал на эти донесения боярам, чтоб они всякими мерами промышляли, над Заруцким поиск учинили и с литовскими людьми ему сойтись не дали. Князь Одоевский выступил из Москвы 19 апреля; в мае дали знать в Москву, что Заруцкий приступал к Ливнам и оттуда пошел к Лебедяни, вследствие чего князю Одоевскому в Тулу был послан приказ идти со всеми людьми на Заруцкого в Донков и к Лебедяни. Одоевский выступил из Тулы, и скоро пришла от него весть, что он сошелся с Заруцким у Воронежа, бился с ним два дня без отдыха и побил наголову, наряд, знамена, обоз взял, языков многих схватил, коши все отбил, и Заруцкий с немногими людьми побежал в степь, за Дон, к Медведице. Так доносил воевода, но летописец говорит, что воеводы Заруцкому ничего не сделали, что он побил множество воронежцев и ушел к Астрахани. Некоторые козаки не хотели следовать в степь за Заруцким и пришли с повинною в Москву, говоря, что вслед за ними будут и другие их товарищи; царь простил их и послал под Смоленск.
Между тем воевода Одоевский с товарищами писал к козакам на Волгу, что «их атаманскою и козачьею службою, радением и дородством Московское государство очистилось и учинилось свободно; и ныне ваша братья, атаманы и козаки, многие по вере христианской поборают, врагов и разорителей доходят и Литовскую землю воюют; а в великих государствах государя нашего строится все доброе, всякие люди пришли в познанье и между собою учинились в любви, в совете и соединении; только теперь от всего Московского государства отлучася, в одной Астрахани ведомый вор и желатель крови христианской, черкашенин Ивашка Заруцкий с Маринкою заводят воровство и смуту». Воеводы увещевают козаков, чтоб они не приставали к Заруцкому и к люторке-еретице Маринке, а шли бы в сход к ним, воеводам, и промышляли с ними вместе над ворами: «А чем будете вы скудны, то знайте, — с нами государев запас, вино, денежная казна и сукна есть, ничем скудны не будете». Воеводы писали и к жителям Астрахани с увещанием оставить Заруцкого: «Сами ведаете, какое ныне у вас в Астрахани зло учинил: кровь многую православных христиан пролил, окольничего и воеводу, князя Ивана Дмитриевича Хворостинина, и иных многих без милости побил, на которых прежде и смотреть не смел он, злодей Ивашка черкашенин безверник: а Маринка, люторка-еретица, о разлитии крови христианской не жалеет, то себе в похвалу ставят, от истины на ложь соблазняют, и с персидским шахом ссылаются, великого государя нашего искони вечную отчину. Астраханское царство, и в ней всех вас, православных христиан, шаху отдать хотят, желая великого государя нашего и его великие Российские государства с Абасом шахом ссорить».
Возбуждая против Заруцкого волжских козаков, московское правительство возбуждало против него и орду Ногайскую, извещая князя ее Иштерека, что Заруцкий выпустил в Астрахани из тюрьмы врага его, мурзу Джан-Арслана. Посланы были грамоты и к донским козакам вместе с царским жалованьем, сукнами, селитрою, свинцом, зельем и запасами; духовенство во имя православия увещевало донцов, чтоб немедленно шли в Северскую землю против литовских людей, за что получат благословение от бога и славу от людей. Донцы приняли с честию московских посланников, извещавших и об избрании нового царя, обрадовались царскому имени, в звоны звонили, молебны пели, из наряда стреляли, били батогами нещадно одного из своих, который объявил, что калужский вор жив, обещались служить и прямить Михаилу точно так же, как и его предшественникам, но отказались идти в Северскую землю на литовцев. Желая мира с турками, правительство требовало от донцов, чтобы они прекратили свои поиски над Азовом; козаки обещали быть в мире с азовцами, но до тех пор только, пока русские послы возвратятся из Константинополя, и требовали от царя жалованья, денег, сукон, запасов, чтоб было чем им прокормиться и одеться во время мира с Азовом. Царь должен был согласиться на это условие, обещал и больше, послав на Дон знамя. «И вам бы с тем знаменем, — говорится в царской грамоте, — против наших недругов стоять, на них ходить и, прося у бога милости, над ними промышлять, сколько милосердый бог помощи подаст; к нам, великому государю, по началу и по своему обещанью службу свою и раденье совершали бы, а наше царское слово инако к вам не будет».