В Москве напрасно очень беспокоились. Конотопское дело было явлением случайным, не могшим иметь никаких важных последствий.
Хан, который один давал силу Выговскому, ушел в Крым, оставивши в Малороссии только 15000 человек орды; войско, которое могла дать Выговскому Польша, было ничтожно: каких-нибудь 1500 человек! И тщетно ждал он подкреплений от короля. Выговский возвратился в Чигирин, не могши взять на дороге Гадяча; из Чигирина он выслал было козаков западной стороны и татар под начальством брата своего Данила, но это войско 22 августа было поражено наголову московскими войсками, вышедшими из Киева. В каком состоянии находилась в это время Малороссия, лучше всего видно из донесения королю Яну-Казимиру обозного коронного Андрея Потоцкого, начальствовавшего вспомогательным польским отрядом при Выговском: «Не изволь ваша королевская милость ожидать для себя ничего доброго от здешнего края! Все здешние жители (т.е. жители западной стороны Днепра) скоро будут московскими, ибо перетянет их к себе Заднепровье (восточная сторона), а они того и хотят и только ищут случая, чтоб благовиднее достигнуть желаемого. Они послали к Шереметеву копию привилегий вашей королевской милости, спрашивая: согласится ли царь заключить с ними такие же условия? Одно местечко воюет против другого, сын грабит отца, отец — сына. Страшное представляется здесь Вавилонское столпотворение! Благоразумнейшие из старшин козацких молят бога, чтоб кто-нибудь — или ваша королевская милость, или царь — взял их в крепкие руки и не допускал грубую чернь до такого своеволия».
Восточная сторона перетянула. Здесь, как скоро Выговский удалился с татарами в Чигирин, переяславский полковник Тимофей Цецура объявил себя за Москву, перебил тех немногих, которые были за Выговского, и дал знать об этом в Путивль князю Трубецкому. 30 августа киевский воевода Шереметев писал государю, что полковники — переяславский, нежинский, черниговский, киевский и лубенский — добили челом и присягнули. На западной стороне Днепра, заслышав о движениях Цецуры, козаки начали собираться и рассуждать, оставаться ли им в подданстве королевском или бить челом государю московскому. Выговский находился в самом печальном положении; многие из близких людей советовали ему пуститься в степи и уйти к хану. Андрей Потоцкий понял, какая беда начнет грозить Польше, если еще турки вмешаются в борьбу за Украйну, и уговорил Выговского переехать из Чигирина к нему в обоз, расположенный на Гребенках, недалеко от Белой Церкви. Скоро все козаки отстали от Выговского, собрались около молодого Юрия Хмельницкого, в числе десяти тысяч человек, и стали на Германовке. Брат Выговского, Данила, женатый на родной сестре Юрия, Елене Богдановне, соединился также с шурином своим. Шереметев писал Хмельницкому, чтоб он отступил от изменников и соединился с верными козаками восточной стороны; 5 сентября Хмельницкий отвечал, что он и все Войско Запорожское хочет служить великому государю. И сентября была у козаков рада: Иван Выговский приехал к ним, показывал и читал гадячские условия, подтвержденные уже на сейме, уговаривал козаков оставаться под королевскою рукою, но вследствие этих уговоров едва успел убежать в польский стан; козаки кричали, что у короля в подданстве быть не хотят, хотят быть под государевою рукою. 13 сентября Хмельницкий с своим войском двинулся на Расаву для соединения с стоявшими там полками — Чигиринским, Уманьским и Черкасским; Иван Выговский и Потоцкий следовали за ним; козаки говорили, что на Расаве будет большая рада, где изберут в гетманы Юрия Хмельницкого, а Выговского убьют. В двадцатых числах Потоцкий с Выговским остановились под Хвостовом, а Хмельницкий на Взенье, близ Белой Церкви, и козаки прислали к Потоцкому с просьбою, чтоб уговорить Выговского сложить булаву на раде. Потоцкий отправил козацких посланников с бранью, но вслед за ними приехали к Выговскому каневский полковник Лизогуб и миргородский Грицко Лесницкий с требованием, чтоб он через них переслал Войску булаву и бунчук, просили о том же и Потоцкого, утверждая, что Войско хочет остаться верным королю. После продолжительных переговоров Выговский наконец объявил Потоцкому, что для сохранения мира готов отдать бунчук и булаву, но с тем условием, чтоб Войско Запорожское оставалось верным королю. Лизогуб и Лесницкий дали слово, что это условие будет выполнено, и он отправил булаву и бунчук с братом своим Данилою. Лизогуб, Лесницкий и Данила встретили Войско на дороге, потому что оно двинулось уже к польскому стану, чтоб страхом принудить Потоцкого оставить Выговского. Когда бунчук и булава, присланные последним, внесены были в раду, то Войско тотчас отдало их Хмельницкому, громко желая ему счастливого гетманства.
Между тем 5 сентября Трубецкой выступил из Путивля в черкасские города, и везде в этих городах принимали его с торжеством; полковники и поспольство при пушечной стрельбе присягали на верную службу великому государю. 27 числа подошел Трубецкой к Переяславлю: полковник Тимофей Цецура со всем полком встретил его за пять верст от города; протопоп Григорий, священники со крестами, мещане, войт, бурмистры, радцы, лавники и вся чернь — за городом. Пошли в церковь, отпели молебен; после молебна Трубецкой объявил переяславцам милость великого государя, что пожаловал, велел им быть под своею высокою рукою по-прежнему, прав и вольностей их нарушать не велел, а что были они от него отступны, и он вины им отдал: так они бы, видя премногую милость, великому государю служили верно. Переяславцы били челом и обещали быть под рукою великого государя навеки неотступно. Тут раздалась стрельба из всего наряду, что только было в Переяславле.
На другой день боярин отправил грамоту к Юрию Хмельницкому, чтобы он, помня милость царскую к отцу своему и к себе, служил великому государю верно, привел в подданство заднепровские полки; послана увещательная грамота за Днепр ко всей старшине и черни с обнадеживанием, что они останутся при прежних своих правах и вольностях. 1 октября приехали в Переяславль от Хмельницкого и всех полковников полковник Петр Дорошенко и изо всех полков сотники с листами и объявили боярину, что гетман и все Войско рады быть в подданстве у великого государя при прежних правах и вольностях. Боярин обнадежил их государевою милостью, дал им жалованье и отпустил с приказом, чтоб гетман, обозный и полковники для дел государевых ехали к нему в Переяславль без опасения, а если опасаются, то пусть оставят в залог отправляющегося вместе с Дорошенком посланца Владыкина. Но Владыкин возвратился с тремя полковниками и привез ответ, чтоб сам боярин ехал за Днепр к Терехтемировскому монастырю. Трубецкой отказал; тогда полковники потребовали, чтоб боярин по крайней мере отправил к ним в Войско товарищей своих, а если не отправит, то Хмельницкий с полковниками в Переяславль не поедут. Тут же полковники подали боярину четырнадцать статей, на которых быть им в царском подданстве; в статьях говорилось, чтоб, кроме Киева, воевод не посылать ни в какие города и чтоб московские войска, которые будут присылаться на помощь, находились под гетманским начальством. Царское величество не принимает из Войска Запорожского никаких листов без ведома гетманского и всей старшины, без подписи руки гетманской и приложения печати войсковой. Гетман должен быть один для всех полков по обеим сторонам Днепра. Чтоб избрание гетмана было вольное как для старших, так и для меньших, чтоб, кроме войсковых людей, никого при избрании не было; по избрании отправляются к царскому величеству послы за подтверждением, в котором не может быть отказа. Всех иностранных послов вольно принимать, отсылая только списки с привезенных ими грамот к царскому величеству. Чтоб при заключении мира с окольными землями, а особенно с ляхами, татарами и шведами, были комиссары от Войска Запорожского с вольными голосами. Духовенство малороссийское остается под властию константинопольского патриарха; избрание духовных властей по-прежнему остается вольное. Вольно каждому основывать школы и монастыри.