Сам Выговский давал знать о гетманстве Юрия Хмельницкого; так, он писал к путивльскому воеводе Зюзину: «Если хочешь знать, кто теперь избран в гетманы, то, я думаю, ты знаешь, как еще при жизни покойного гетмана вся старшина избрала сына его пана Юрия, который и теперь гетманом пребывает, а вперед как будет, не знаю; тотчас после похорон соберется рада изо всей старшины и некоторой черни; что усоветуют на этой раде, не знаю. А я после таких трудов великих рад бы отдохнуть и никакого урядничества и начальства не желаю». К Бутурлину в Киев писал Выговский, что польский посол Беневский прислан к ним для хитрости, чтоб отлучить Войско Запорожское от высокой царской руки, но что такой неправде в Войске Запорожском места нет, от царского величества оно во веки веков не отступит.
Зюзин, узнав из письма Выговского о раде, отправил подьячего в Чигирин посмотреть, что там будет делаться. Подьячий приехал в Чигирин 21 августа и тотчас же явился к писарю, Выговский говорил ему: «Царскому величеству я верен во всем, служу великому государю и Войско Запорожское держу в крепости. Как гетмана Богдана похороним, то у нас будет рада о новом гетмане, а мне Богдан Хмельницкий, умирая, приказывал быть опекуном над сыном его, и я, помня приказ, сына его не покину. Полковники, сотники и все Войско Запорожское говорят, чтоб мне быть гетманом, пока Юрий Хмельницкий в возрасте и в совершенном уме будет». Августа 23-го похоронили Богдана в Субботове; 26-го была рада: выбрали гетманом Выговского, дали ему царскую булаву и говорили, чтоб он великому государю служил верно и над Войском Запорожским добрую управу чинил. Выговский отвечал: «Эта булава доброму на ласку, а злому на каранье; потворствовать я никому не буду; Войско Запорожское без страха быть не может». Старшина козацкая, также войты и бурмистры говорили, чтоб новый гетман прочел им всем вслух царскую жалованную грамоту, хотят они знать, на каких волях пожалованы. Гетман прочел грамоту, и все закричали: «Рады великому государю служить вечно!» Подьячий привез Зюзину грамоту от нового гетмана. Выговский, теперь уже Иоанн, а не Иван, писал, что покойный Богдан сына своего и все Войско Запорожское ему в обереганье отдал, а теперь вся старшина и чернь старшинство над Войском ему же вручили и он царскому величеству верно служить будет. Бутурлину Выговский писал: «Ни желания, ни промысла, ни помышления моего о том не было, чтоб быть мне старшим над Войском Запорожским; но, видно, исполняя волю божию, Войско советными голосами возложило на меня не столько уряд, сколько тягость. Надеюсь, что царское величество будет доволен моими услугами».
Между тем, еще не зная о выборе Выговского, государь отправил в Малороссию стольника Кикина объявить Войску, что царское величество, известившись еще от покойного Богдана о неприятельских замыслах хана крымского, посылает на помощь козакам войско свое под начальством князя Григория Григорьевича Ромодановского и Василия Борисовича Шереметева; сверх того, скоро явятся к ним Алексей Никитич Трубецкой и Богдан Матвеевич Хитрово для рады. Мы видели, что говорил Тетеря о жалованье козакам и как проговорился он, что некоторые будут желать непосредственного подчинения Малороссии царю. В Москве не проронили этих слов, и Кикину велено было говорить рядовым козакам: давали ли им при гетмане Богдане во время походов жалованье? И если скажут, что не давали, внушить, что гетман делал это без воли государя, который назначил им на жалованье сбор с городов и поветов малороссийских, и теперь все это велел рассмотреть и указ учинить князю Трубецкому. Кикин должен был также говорить с войтами, бурмистрами и мещанами наедине, что гетмана не стало, а на города малороссийские наступили неприятели, крымский хан и ляхи, да у них же между собою учинилось смятение; царское величество для их обороны послал войско, а для своих государевых дел — князя Трубецкого с товарищами: так они бы ничем не оскорблялись. А если станут говорить: хорошо было бы, если б великий государь для всяких неприятельских приходов и расправных дел изволил быть у них в городах своим воеводам, то отвечать, что все эти дела положены на князя Трубецкого. А если про воевод и не начнут говорить, то Кикину самому начать, чтоб государевым воеводам быть в черкасских знатных городах для того, чтоб тамошним жильцам от полковников и других людей обид и налогов не было. Кикин должен был везде разведывать: кто у черкас начальный человек, кого больше слушают и кого хотят избрать в гетманы, Юрия ли Хмельницкого или кого другого, и нет ли теперь между черкасами на полковников какого рокошу, и если есть — за что? И чего между ними чаять? И захотят ли, чтоб в городах были государевы воеводы?
В Украйне действительно начинался рокош, но шел он не снизу, а сверху. Присоединение к Москве было делом народного большинства, и большинство это до сих пор не имело никакой причины раскаяться в своем деле. Другой взгляд был у меньшинства, находившегося наверху: для этого меньшинства, для войсковой старшины и особенно для шляхты соединение с шляхетским государством, с Польшею, имело более прелести. Представителем этого меньшинства был именно шляхтич Выговский, сделавшийся теперь, по избранию меньшинства , гетманом. Уже и Богдану, привыкшему, во время борьбы с Польшею, распоряжаться произвольно, тяжело было подчинение Московскому государству, столь ревнивому к правам своим; уже Богдану тяжело было извертываться пред послами великого государя, требовавшими неуклонного исполнения обязательств. Но старого Богдана за его славу и заслугу щадили в Москве; будут ли щадить Выговского? Последний имел основания решать этот вопрос отрицательно и давно уже устремлял свои взоры на запад, к шляхетскому государству, где сулили ему блестящее, независимое положение, сенаторство. Многие из старшин, прельщенные теми же выгодами, были на стороне Выговского. Но прямо, немедленно объявить себя против Москвы и соединиться с Польшей было нельзя: Польша была слаба, не оправилась еще от тяжелых ударов, нанесенных ей Москвою и Швециею, не могла она собственными силами защитить Выговского и товарищей его от мщения царского; притом же войско и народ были против подданства Польше; надобно было сначала хитрить и опереться на какой-нибудь другой союз, действительнее польского, и Выговский обратился к хану крымскому, союз с которым так много помог Хмельницкому в начале борьбы его с Польшей. Мы видели, какой сильный гнев возбудило в Крыму известие о подданстве Малороссии московскому царю. Явно помогая польскому королю против козаков, подданных царских, хан не прерывал сношений с Москвой, брал подарки по-прежнему, менялся послами, но послы его твердили: «Царское величество велел бы донских козаков унять, чтоб они крымскому юрту убытков не чинили и на море не ходили; а если царь донских козаков унять не велит и станут отказывать по-прежнему, будто донские козаки у него, государя, в непослушаньи, то у хана есть в степи ногайских татар, вольных людей немало, и они также Московскому государству убытки чинить станут. Царское величество в титуле своем пишет Великую и Малую Русь; у крымского хана Малая Русь была под рукою лет с 7 или 8, но хан Малою Русью не писался, а ныне бог ведает, за кем та Малая Русь будет. Прежде с крымскими послами и гонцами хаживали многие люди, а после это отговорено, и ходят теперь с послами немногие люди: чтоб царское величество указал и теперь людям ходить по-прежнему». Хан писал царю: «В вашей грамоте написано не по-прежнему: „восточной и западной и северной страны отчичь и дедичь, наследник и обладатель“. Таких непристойных титулов предки ваши не писывали: где Москва? Где восток? Где запад? Между востоком и западом мало ли великих государей и государств? Можно было это знать и не писаться всей вселенной отчичем, дедичем и обладателем; так лживо и непристойно писать непригоже!» Когда послы Выговского явились в Крым с объявлением, что новый гетман откладывается от царя московского, то хан не знал, верить или не верить такой радости; ближний человек его, Сефергазы-ага, в разговоре с московским посланником Якушкиным сказал: «Писарь Иван Выговский, узнав, что хан Магмет-Гирей сбирается идти на запорожских черкас войною за их воровство и грубость, присылал в Крым гонцов своих сказать, что он, писарь, сделался гетманом и у московского государя в подданстве быть не хочет, хочет быть в подданстве у Магмет-Гирея; но хан его словам не верит, потому что черкасы люди непостоянные». Якушкин возражал, что Сефергазы-ага напрасно называет черкас ворами, воровства их нигде не бывало. Но, сделав это возражение, Якушкин не оставил, однако, без внимания слова Сефергазы-аги и осведомился у преданного Москве князя Маметши-Сулешова, зачем приезжали гонцы от Выговского? Сулешов рассказал все подробно: гонцы приезжали с предложением союза, какой был у козаков с крымцами при Богдане Хмельницком: Выговский просил, чтоб по заключении союза хан шел вместе с ним разорять Запорожье, потому что московский царь посылает запорожцам жалованье и наущает их на него, Выговского. Хан отправил к Выговскому князя Караша для заключения союза, и Выговский объявил посланному настоящую причину, по которой он отложился от Москвы: московский государь посылает к ним в черкасские города воевод, а он, гетман, у воевод под началом быть не хочет, хочет черкасскими городами владеть сам, как владел ими Богдан Хмельницкий. Вследствие этого хан велел объявить Якушкину, что он готов дать шертную грамоту, но такую, какие давались царю Михаилу Феодоровичу, без упоминания о черкасах, потому что запорожские черкасы люди вольные, на мере еще не стали и у царского величества еще не утвердились. Такой шерти московский царь не мог принять, и если хан заключал союз с изменившими царю козаками малороссийскими, то в Москве, разумеется, не имели более побуждений удерживать донских козаков от войны с бусурманами. Еще в мае 1657 года донцы писали царю: «В твоих государевых грамотах к нам писано, чтоб нам с турским и с крымским ханом никакого задора не чинить; и мы твоего царского повеленья не преслушались, с азовцами помирились. Но они души свои потеснили, в миру и в правде своей не устояли, твою вотчину, Черкасский городок, у нас хотели за миром и за душами взять, приходили к нам на приступ с приметом, и мы долгое время от них в осаде сидели и отсиделись, а приходили к нам от хана крымского многие мурзы с таманцами, черкесами горскими, кабардинцами, малыми ногаями, темрюцкими и азовцами; да и теперь слухи приходят, что хан хочет быть к нам сам со многими умыслами и на похвальбе, хочет твою государеву вотчину запустошить, столповую реку Дон и верхние городки». Донцы не остались в долгу, и летом того же года посланники царские в Крыму были свидетелями, как они вошли в устье Алмы, чтоб запастись водой, бились с татарами, которые не хотели давать им воды, жгли деревни. Татары были в ужасе, тем более что хан ушел в поход; они ежечасно ждали нового нападения козаков, покопали глубокие ямы и на ночь сажали туда невольников; ямы закладывали досками и сами спали на этих досках, боясь, чтобы невольники не убежали к козакам. Осенью донцы писали царю, что уже целый год не приезжают к ним торговые люди из украйных городов, из Ельца, Воронежа, Белгорода и Валуек, хлебных запасов, пороху и свинцу купить негде, помирают голодной смертью. «А мы, холопи твои, служим тебе с воды да с травы, а не с поместий и не с вотчин». В марте 1658 года великий государь пожаловал, велел послать к ним тысячу рублей денег, тысячу рублей за хлебные запасы, пушечных запасов тридцать пуд, зелья пушечного пятьдесят пуд. У донцов окончательно развязались руки.