В то время как западная сторона переменила гетмана, на восточной по-прежнему продолжалась борьба между искателями гетманства, борьба, ведшаяся доносами в Москву. Самко бил челом, чтоб государь отставил его от старшинства, потому что нежинский полковник его слушаться не хочет и наносы на него наносит; жаловался, что в Малороссии трое гетманов, кроме него еще Золотаренко и Брюховецкий: последний самовольно прислал своих козаков в города и в полках берет стации; Самко просил уволить его от гетманства и дать оборонную грамоту, чтоб на него и на имение его наступать не смели и никаких обид не делали. Самко жаловался и на князя Ромодановского, просил, чтоб на его место был прислан другой боярин, потому что Ромодановский, не слушая его советов, тратит войско, слушается только Мефодия и Золотаренка, генеральной рады не собирает, отчего смута и своевольство, ибо он, Самко, как гетман несовершенный, распоряжаться не может. «Мефодий и Васюта, — продолжает Самко, — отговариваются от рады отсутствием запорожцев: но у нас всегда, по стародавным правам, гетманов выбирали в городах без запорожцев, потому что Войско Запорожское одно, выходящие из Запорожья должны по своим полкам расходиться. Теперь орда нас заперла и множество людей побила; а на Преображеньев день под самыми Лубнами татары, напавши на табор нежинский, многих побили, сам полковник, табор оставя, наперед ушел в Лубны. Все это приключилось оттого, что епископ и Васюта отвели князя Ромодановского от совета с нами, в поле, в безхлебие вывели; неопытные в делах войсковых, епископ и Васюта были виновниками потери славы и людей. А я, вашего царского величества верный слуга, хотя и уничижен ими, загоны все из-за Днепра вывел и в Переяславль пришел в целости. Умоляю, милосердый государь, вели князю Ромодановскому или кому-нибудь другому собрать полки козацкие, чтоб больше, как бедные овцы без пастыря, не ходили и не гинули, но при своих вольностях стояли бы за веру православную, а теперь и сами не знаем, за что погибаем?» Относительно Юрия Хмельницкого Самко извещал, что он посылал к нему каневского полковника Лизогуба уговаривать покориться государю; но Хмельницкий велел расстрелять посланного в Чигирине и с ним вместе многих других каневцев, черкасцев, корсунцев, которые начали было радеть государю. За это Самко велел порубить 10 человек пленных поляков, «потому что мы, — писал он в Москву, — никакого добра от ляхов не ищем». Потом Хмельницкий дал знать Самку, что слагает с себя гетманство и идет в монахи.
Самко жаловался на Мефодия за то, что епископ этот вместе с Золотаренком советовали Ромодановскому медлить созванием рады; а Мефодий писал царю, что Самко не поехал на раду сам и другим запретил; полковники нежинский и черниговский отговорились дальностью пути и тревожным состоянием страны; иные полковники, боясь Самка и глядя на Золотаренка, не поехали. Брюховецкий писал, что Самко — изменник, потому что хулит московские серебряные копейки, велел спалить суда, которыми царь пожаловал Войско низовое, Кодак уступил татарам, Кременчук, сговорись с Хмельницким, сжег; верных государю людей отослал к Хмельницкому, который, по его письмам, переказнил их. А тут еще церковная усобица: митрополит Дионисий Балабан послал к константинопольскому патриарху с жалобою, что Мефодий изгнал его и силою похитил митрополичий престол посредством мирской власти. По просьбам Балабана и Хмельницкого патриарх выдал на Мефодия проклятие, которое Балабан переслал в Киев, отчего здесь произошло сильное волнение между духовными и мирскими людьми. Мефодий просил царя ходатайствовать у патриарха о снятии проклятия.
В таких смутах проходил 1662 год. Зимою нечего было думать о созвании рады, имевшей прекратить эти смуты, и потому 19 декабря отправлен был из Москвы в Малороссию стольник Ладыженский с объявлением, что весною должна быть непременно рада, на которую обязаны все явиться, а для прекращения неудовольствий на зиму Ладыженский должен был объявить Брюховецкому, стоявшему в Гадяче, чтоб он шел на зиму к себе в Запорожье, а весною приходил опять для рады. Это требование сильно не понравилось Брюховецкому; он отвечал Ладыженскому: «Не дождавшись государева указа и полной рады, в Запороги мне появиться нельзя, свои козаки меня убьют тотчас, зачем я столько людей водил и, не дождавшись рады, пришел. Самко заказ делает в городах крепкий, чтоб в Запорожье никто не ходил и запасов не пропускал; а если надо мною Самко или козаки что сделают, то Запорожье смятется и в городах будет замятия большая. По сношениям с Самком Юраска Хмельницкий многих за Днепром полковников и козаков казнил, которые великому государю добра хотели; а чернь вся и теперь хочет поддаться великому государю; когда выберется гетман всеми вольными голосами, пункты закрепятся и черным людям в поборах легче будет, то за Днепром, смотря на это, черные люди поддадутся великому государю». Ладыженский, по наказу, повторял царское требование; Брюховецкий расплакался: «Рад я государю служить и голову за него положить; но выгреб я с козаками в судах, у козаков лошадей нет, живучи здесь многое время, пропились все донага, зимою идти нельзя, тотчас меня убьют свои козаки; да и Самко великому государю не верен, на дороге меня убьет, как Выговский Барабаша, и если надо мною что случится, то, говорю тебе сущую правду, вся Украйна смутится и Запорожье отложится. Если государь весною полной рады учинить не велит, то я извещаю, что Самко поддастся королю: для этого Юраска Хмельницкий и гетманство сдал Павлу Тетере по родству. Чего прежде у нас никогда не бывало, нынче гетман, полковники и начальные люди все города, места и мельницы пустопорозжие разобрали по себе, всем владеют сами своим самовольством и черных людей отяготили поборами так, что в Цареграде и под бусурманами христианам такой тягости нет. Когда будет полная черная рада и пункты все закрепятся, то все эти доходы у гетмана, полковников и начальных людей отнимут, а станут эти доходы собирать в государеву казну государевым ратным людям на жалованье: поэтому-то наказный гетман и начальные люди полной черной рады и не хотят». 14 января 1663 года у Брюховецкого с его козаками был круг; в кругу козаки кричали, что они наги и бесконны и пешком им в Запорожье никак идти нельзя; а еще накануне, 13-го числа, Брюховецкий написал царю такую грамоту: «Мы, все Войско Запорожское, с великою охотою ради бы указ твой исполнить, но не можем, потому что время зимнее; теперь на зиму из Запорожья в города за хлебом приходят, а не из городов идут в Запорожье; притом же путь туда из Гадяча дальный, с полтораста миль; а за порогами никаких городов нет, ни сеют, ни орут, только отсюда из городов хлеб добывают, и то разве саблею. Умилосердись, государь праведный, не дай погибнуть головам нашим от безбожных изменников, изволь несколько полков ратных людей к нам прислать, а в городах позволь быть нам до полной рады».
В Гадяче Ладыженский нашел и епископа Мефодия, который был совершенно на стороне Брюховецкого и говорил московскому посланнику те же речи, что и тот, так же толковал об измене Самка; приехали полковники — полтавский, миргородский и зенковский — и подтвердили слова Брюховецкого и Мефодия. Ясных доказательств измены Самковой представить не могли и потому внушали, что Юрий Хмельницкий Самку племянник, а Самкова сестра за Павлом Тетерею, которому Хмельницкий сдал гетманство, и как только Самко сделается совершенным гетманом, то непременно изменит. Рассказывали, что Беневский с ханом все пункты положил и хан к королю приказывал, чтоб черкасам для прелести жаловал большие почести, хотя бы кого и в краковские воеводы пожаловал, только бы всех черкас обратил к себе; а когда все черкасы будут под властью короля, то он будет их мало-помалу сжимать и приведет их в свою волю; для этого он и прислал Павла Тетерю и велел ему принять гетманство у Юраски Хмельницкого. В Гадяче Ладыженский узнал, что Золотаренко сблизился с Самком и согласился на избрание его в гетманы; московского посланника известили, что Золотаренко все свое имение перевез из Путивля в Нежин. «По этому их верность знать можно, — толковали Ладыженскому, — пока Золотаренко с Самком не еднался, до тех пор государю и прямил, а теперь имение свое все из Путивля перевез, чтоб у него ничего в старых государевых городах не было». Мефодий говорил Ладыженскому: «Мне по государеву указу ехать в Киев нельзя, не смею, потому что Самко государю не прочит, хочет изменить, а меня велит погубить; государь бы пожаловал, до полной рады велел мне жить в Гадяче».