Таким образом и прекращение распри между искателями гетманства не обещало продолжительного спокойствия в Малороссии; а между тем Польша оправилась, войско получило жалованье, Мы уже упоминали, что в Белоруссии и Литве война продолжалась очень неудачно для Москвы. Осенью 1661 года Хованский вместе с Ординым-Нащокиным потерпел новое поражение при Кушликах от литовского войска, бывшего под начальством Жеромского; из 20000 русских не более тысячи спаслось в Полоцк вместе с Хованским и раненым Нащокиным; Литва хвалилась, что потеряла только человек около 40 убитыми и взяла множество пленных, в том числе сына Хованского; девять пушек, знамена, образ богородицы, бывший с Нащокиным при Валиесаре и которым так дорожили и царь и воевода, достались победителям.
Потеряны были Гродно, Могилев, самая Вильна. В этой столице Литвы сидел воеводою стольник князь Данила Мышецкий только с 78 солдатами. Сам король осадил Вильну и отправил к Мышецкому литовского канцлера Паца и подканцлера Нарушевича с требованием сдачи, обещая для воеводы и всех ратных людей свободный выход к московским границам с казною и со всем имением. Мышецкий отвечал, что сдаст город, если король позволит ему распродать весь хлеб и соль и даст ему под его пожитки 300 подвод. Король не согласился на распродажу хлеба и соли и обещал дать воеводе только 30 подвод. Тогда Мышецкий объявил, что хотя все помрут, а города не сдадут. Король велел своему войску готовиться к приступу. Узнавши об этом от перебежчика, Мышецкий велел у себя в избе, в подполье, приготовить 10 бочек пороху и хотел, зазвавши к себе в избу всех солдат, как будто бы для совещания, запалить порох. Но солдаты проведали об этом умысле, схватили воеводу, сковали и выдали королю. Когда его привели к Яну-Казимиру, то он не поклонился: король, видя его гордость, не захотел с ним говорить сам, а выслал канцлера Паца спросить его, какого он хочет милосердия? «Никакого милосердия от короля не требую, а желаю себе казни», — отвечал Мышецкий. Его желание было исполнено; перед казнью читали сказку, что Мышецкого казнят не за то, что он был добрый кавалер и государю своему служил верно, города не сдал и мужественно защищался, но за то, что он был большой тиран, много людей невинно покарал и, на части рассекши, из пушек ими стрелял, иных на кол сажал, беременных женщин на крюках за ребра вешал, и они, вися на крюках, рождали младенцев. Перед смертию осужденный написал духовную, которую потом один монах доставил в Москву: «Память сыну моему, князю Ивану Даниловичу Мышецкому, да жене моей, княгине Анне Кирилловне: ведайте о мне, убогом: сидел в замке от польских людей в осаде без пяти недель полтора года, принимал от неприятелей своих всякие утеснения и отстоялся от пяти приступов, а людей с нами осталось от осадной болезни только 78 человек; грехов ради моих изменили семь человек: Ивашка Чешиха, Антошка Повар да Сенька подьячий — и польским людям обо всем дали знать. От этого стала в замке между полковниками и солдатами шаткость большая, стали мне говорить шумом, чтоб город сдать; я склонился на это их прошенье, выходил к польским людям на переговоры и просил срока на один день, чтоб в то время, где из пушек разбито, позаделать; но пришли ко мне начальные люди и солдаты все гилем, взяли меня, связали, заковали в железа, рухлядь мою пограбили всю без остатка, впустили польских людей в замок, а меня выдали королю и просили казнить меня смертию, а сами все, кроме пяти человек, приняли службу королевскую. Король, мстя мне за побитие многих польских людей на приступах и за казнь изменников, велел казнить меня смертию». Приговор был исполнен поваром княжеским; тело казненного похоронено в Духовом монастыре. После в Вильне рассказывали, что многие люди видели, как обезглавленный воевода расхаживал около своей могилы.
Смоленский воевода князь Петр Долгорукий, извещая государя об успехе, одержанном князем Данилою Борятинским над поляками при Благовичах (в Могилевском уезде), прибавляет: «В Быхове хлебных запасов ничего нет, ратные люди едят траву и лошадей». В самом Смоленске на рынках не было хлебного привоза, потому что уездные люди, обмолотивши хлеб, ссыпали его в ямы, а солому жгли и никто не вез хлеба на продажу в город. Царь должен был грозить им за это жестоким наказанием безо всякой пощады. Грозя смоленским уездным людям наказанием за укрывательство хлеба, царь приказывал пустошить вконец другие уезды, не имея другого средства вредить усиливающемуся неприятелю. Так, в сентябре он послал указ Долгорукому отправить ратных людей в уезды Дубровинский, Оршанский, Копысский, Шкловский, Могилевский, Кричевский с тем, чтоб они забрали жителей, хлеб и скот, а сено и солому жгли без остатку, чтоб польским людям в зимнее время пристанища не было. Ратные люди исполнили охотно этот царский указ в надежде обогатиться добычею. Они подошли под Копыс, разбили неприятеля, сделавшего на них вылазку из этого города. Ходить на приступы было запрещено, чтоб не тратить людей, в которых чувствовался большой недостаток. Желая постращать жителей Копыса и принудить их к сдаче без бою, воевода Толочанов велел пускать в город гранаты, от которых загорелось два двора. Тут солдаты, ударив в барабаны, закричав ясаком, пошли на приступ. Толочанов бросился к полковникам, крича, что на приступы ходить не велено; полковники отвечали, что солдаты пошли без их приказания, самовольно. Тогда воевода отправил полковников Вильяма Брюса и Николая фон Залена отвести солдат от города, послал с полковниками есаулов и дворян; но полковники, возвратясь из-под города, объявили, что солдаты их не послушали, поручиков и дворян перебили, полковника Брюса ранили по руке, фон Залена кирпичом в голову. Приступ не удался, солдаты были перебиты и переранены. Толочанов спрашивал возвратившихся с приступа, зачем они пошли без приказания? Те отвечали: «Нам обухов не перетерпеть, мы всеми полками скажем, что нам велели идти полковники и начальные люди». Если слышались частые жалобы из Малороссии на побеги ратных людей, то в Белоруссии было то же самое: из отряда майора Дурова убежало 35 человек, у полковника Жданова 57, налицо осталось 564; у стрелецкого головы Колупаева не пошло на службу из Москвы 46 человек, ушло 128, налицо 209; у полковника Дефрома убежало 226 солдат, налицо 330 и т.д. Борисов еще с 1660 года находился в осаде; в 1662 году воевода его Кирилла Хлопов писал, что ратные люди беспрестанно бьют челом о соли, а ему дать им нечего и он боится, чтоб от них не сделалось чего-нибудь дурного, потому что они сильно скучают и изменяют, начали перебегать к польским людям. Смоленский воевода князь Петр Долгорукий доносил, что у него пороху и фитилю нет. В мае месяце из Кобрина вышел полковник Статкеевич с тем, чтоб стянуть литовские отряды, находившиеся в Полоцком, Витебском, Борисовском и Минском поветах, идти с ними в Оршу и стеречь, чтобы осажденные в Быхове и Борисове не получали из Москвы подкреплений и запасов; узнав, что из Смоленска к Быхову идут московские ратные люди с денежною казною и запасами, Статкеевич послал свое войско перенять их. В пяти верстах от Чаус, между реками Пронею и Басею, поляки Статкеевича встретились с русскими, бывшими под начальством иностранца, генерал-майора Вильяма Друмонта: в упорном бою 15 знамен старой королевской пехоты были истреблены все до одного человека, конницу победители топтали на 15 верстах и взяли в плен 70 человек. Но этот частный успех но мог переменить общего хода дел в пользу Москвы. Поляки знали, что пехота начинает перебегать из московских полков вследствие скудного жалованья, получаемого медными деньгами; что для предупреждения побегов солдат и стрельцов в Смоленске не пускают за городские стены; что иностранные офицеры недовольны опять вследствие плохого жалованья медными деньгами и насильственною задержкою в России; что солдаты бегут из самой Москвы и из полков украинских, бегут в степи и в Сибирь; что в Москве сам царь лично два раза упрашивал войско не покидать службы; что большая половина смоленской шляхты склоняется на сторону королевскую; что в самой Москве по причине медных денег дороговизна, голод и возмущения. В Литве, в местечке Виленах, в это время находилось 242 русских чиновных пленника, в том числе один стольник (князь Петр Иванович Хованский), 3 полковника, 2 стрелецких головы, 4 подполковника, 7 ротмистров, 2 майора, 8 капитанов, 15 поручиков, 11 прапорщиков, 103 человека дворян и детей боярских. Так как их содержали очень дурно, то царь считал своим долгом посылать к ним деньги, что еще увеличивало военные расходы: так, в начале 1662 года роздано было пленным в Литве 836 золотых червонных да взаймы, для нужды и голоду, дано 82 золотых. Кроме того, были пленные у короля, Чарнецкого и других сенаторов.