При таком трудном положении русского духовенства во второй половине XVII века, в эпоху народного поворота на новый исторический путь, вместо поддержки с разных сторон — удары. Так, сильный удар нанесло ему Никоново дело. По-видимому, перед началом трудного времени история хотела дать духовенству могущественного вождя, который бы помог ему сдержать напор неблагоприятных обстоятельств и выйти с победою из борьбы. В самом деле, со времен митрополита Алексия русская церковь никогда еще не была в таком выгодном положении касательно значения своего верховного пастыря, как во времена Никона. Молодой, мягкий по природе, благочестивейший не по одному титулу, царь вполне подчиняется энергическому патриарху. Но это самое положение, это обилие материальных мирских средств и заключает в себе причину падения Никона, который, как человек плоти и крови, не выдержал искушения, прельстился предложением царств и пал. Никон позволил себе принять роковой титул «великого государя», т.е. главного хозяина, главного правителя страны, титул, не могший иметь никакого отношения к значению патриарха; титул, прямо указывавший на двоевластие, на то, что два хозяина в доме, и влекший необходимо к столкновению между ними, тем более что Никон по природе своей не мог быть только титулярным великим государем. Патриаршество, высокое духовное значение стало для Никона на втором плане, он бросился на мирскую власть, захотел быть настоящим великим государем, столкнулся необходимо с другим великим государем, настоящим, законным, и проиграл свое дело, потому что стал в видимо для каждого незаконное положение. Поведение Никона с минуты отречения представило ряд скандалов, ронявших все более и более бывшего патриарха, который совершенно потерял из виду церковь, патриаршество и хлопотал только о том, чтоб ему, Никону, если нельзя возвратить вполне все прежнее, то по крайней мере удержать как можно больше из своего прежнего значения, из прежних материальных выгод; но в каком бы печальном состоянии ни находилось общество, все же оно не могло не оттолкнуться от человека, который великое общественное дело совершенно превратил в личное. Никон проигрывал свое дело тем, что вел борьбу с Алексеем Михайловичем, которого благочестие и благоговейное уважение к церковным властям было хорошо всем известно, и тем сильнее бросалась в глаза печальная противоположность между мягкостию представителя светской власти и жестокостью представителя власти духовной, архиерея, монаха, который скорее всякого воеводы готов был давать чувствовать свою власть и силу. Таким образом, вторая половина XVII века представила явление совершенно обратное тому явлению, какое мы видели во второй половине XVI века. Тогда произошло также столкновение между представителями светской и духовной власти, и, по-видимому, победа осталась на стороне первого; но это было только по-видимому. Поведение св. Филиппа, его мученичество за самое святое право пастыря церкви, право сдерживать силу, не допускать ее до насилий, были великим торжеством для русской церкви и ее верховного пастыря, ибо высшая степень могущества, до которого может достигать духовная власть по своей природе, — это святость, это мученичество вследствие исполнения своей обязанности полагать душу за овцы, а низшая ступень, до которой может ниспасть представитель светской власти, — это мучительство, мучительство над праведником. Никон по своей природе не умел понять этого великого явления, смотрел на него не духовными глазами: его поражало и раздражало видимое низложение представителя духовной власти представителем светской, он не понимал, что победил здесь тот, кто спас свою душу, погубивши ее. При таком непонимании сущности дела Никону хотелось, как он думал, поправить его и заставить царя Алексея Михайловича послать к гробу св. Филиппа умилостивительную грамоту, просить прощение за Иоанна Грозного. Перенося мощи св. Филиппа из Соловок в Москву, Никон хотел их сделать щитом для себя, но в какой борьбе и с кем? Он не понимал, что по характеру своему был более похож на Иоанна Грозного, чем на Филиппа, был более похож на мучителя, чем на жертву, и что тишайший Алексей Михайлович не был вовсе похож на Грозного.
Недуховные стремления Никона были особенно вредны в то время, когда ввиду страшного переворота нужно было собрать нравственные силы духовенства и дать ему достойное вооружение для разного рода опасных встреч. Чтобы поддержать значение духовенства, нужно было стать в челе движения, совершавшегося без спросу с кем бы то ни было, нужно было начать преобразования в церкви; но эти преобразования нельзя было ограничить требованиями большего порядка во внешнем богослужении, рассылкою нескольких благонамеренных указов, причем посылались указы и о том, чтоб перекрещивать православных белорусов; церковь требовала преобразований другого рода. Нужно было соединять духовенство, разделявшееся на черное, властвующее, и белое, подчиненное, соединять любовными, благодушными отношениями властвующего к подчиненному; нужно было всеми силами противодействовать утверждению в духовном управлении системы кормления, чтобы на подчиненное духовенство не смотрели как только на тяглое, обязанное кормить начальствующих, чтоб эти начальствующие не заражались властелинским, воеводским духом и чтоб подьячие их не были похожи на воеводских подьячих. К несчастью, не только мелочной Иосиф, но и преемник его Никон по характеру своему не был способен мягко и благодушно относиться к подчиненным, уважать в них высокость пастырского сана и поднимать их этим самым уважением. Послышались сильные жалобы на Иосифа и Никона, что они переменили прежнее благодушное обращение патриархов со священниками, перестали обращать внимание на их положение, отдали их на жертву своему ненасытному дьяку, этому Кокошилову, приобретшему такую печальную известность в Москве: священник должен был дарить не только Кокошилова и жену его, но и слуг, иначе просителя и на двор не пускали. В областях то же самое: в большие праздники подчиненным нужно было обдарить более сорока лиц, приближенных к архиерею: казначея, приказного, двух дьяков, шестерых подьячих, стряпчего, дворецкого, житника, ключника, ризничего, чашника, гвоздаря, придельного попа и дьякона, архиерейских келейников, казначейского келейника, пономарей и звонарей, приказного сторожа, воротного сторожа, протопопа с братиею, подьяконов, иеромонахов, иеродьяконов. Мы теперь не можем объяснить, каким образом в этот список даримых попали две женщины, и одна с двумя сыновьями, из которых каждого должно было дарить; про то знали современники. Для священника двери патриаршего дома были заперты, не смел он прийти к патриарху, поговорить о важных делах, касавшихся его служения, испросить разрешения недоумений, а для мирян, для женщин двери были отворены. Мы не можем отвергать этих жалоб на том основании, что они шли от защитников Иосифовского исправления книг, ибо жалобщики соединяют Никона с Иосифом, упрекают Никона за то, что он подражал Иосифу. По удалении Никона наступило в церкви продолжительное междупатриаршие, которое также должно было иметь вредные последствия для духовенства в такое важное для него время. Знаменитый Кокошилов остался с прежним значением, и жалобы на него не прекратились. В 1661 году били челом на него патриаршие дети боярские: «Обогатясь многою домовою казною, начал ныне принимать в патриарший дом племянников своих и богатить их, а нас изгоняет и губит; принял он в патриарший дом племянника своего и отпустил его на две десятины лучшие, а прежде на те десятины посылываны мы на жалованье, человека по два и по три, а иные десятины, на которых десятильничья доходу собирается побольше, Кокошилов берет за себя. Покупил себе многие вотчины и на Москве большие дворы. Делает это, надеясь на свою мочь, что сидит в патриарших приказах, обрався зятьями своими и друзьями». Наконец, соблазн Никонова дела был вреден православной церкви в борьбе ее с расколом; раскольники получили возможность говорить: «Аще Никон, наставник ваш, правый путь вам обрете, то почто его изгнасте? Когда ученицы на учителя своего ратуют? Аще ли Никон враг богу и богородице и святым его и вам, то почто его пестрые законы держите?»