Курбатов выбрал неблагоприятное время: царь был в продолжительном отсутствии за границею, и все внимание его было поглощено делами внешними и бегством сына. Только в октябре 1717 года в Петербурге разнесся слух, что Осип Соловьев захвачен в Амстердаме, книги его отобраны и сам он отправлен под стражею в Россию. Известие это поразило его братьев и Меншикова; последний потребовал от своего управителя, Федора Соловьева, чтоб он составил подробный отчет обо всем, находившемся под его ведением. Началось дело, в котором главною уликою были собственноручные письма Соловьевых, полученные Курбатовым от Дьякова; уличенные собственными письмами, Соловьевы повинились. В декабре 1717 года был расстрелян князь Волконский, производивший неправильно следствие над Соловьевыми по прежнему доносу Курбатова. В других воровствах Соловьевых приговорено пытать секретаря их, Рязанова; днем розыска назначено 13 февраля 1718 года. Накануне этого дня, в именины Курбатова, приехали к нему двое канцеляристов Меншикова, братья Артемий и Данила Астафьевы, как будто с поздравлением, а на другой день, 13 числа, другого рода посещение: явился к Курбатову майор гвардии князь Юсупов с солдатами на извощиках, обыскивали весь дом, никого не нашли, дом запечатали со всеми бумагами, приставили караул, а Курбатова с сыном, прислугою и с жившими при нем подьячими посадили в сани и отвезли сперва в Зимний дворец, а оттуда в крепость и поставили перед светлейшим князем. «Где мой секретарь Сергеев и подьячий Каминский? Вчера мои канцеляристы Астафьевы видели их в твоем доме; и зачем ты принял к себе Дьякова?» «Вчера, — отвечал Курбатов, — на обеде и после обеда было у меня много посторонних людей, но Сергеева и подьячего не было, засвидетельствуют все гости». «Для чего ты Дьякова к себе принял? — кричал Меншиков, — он вор, покрал у меня много бумаг, потому и ты стал такой же вор, что вора у себя держишь!» «Которые Дьяков принес мне бумаги о воровстве Соловьевых, — отвечал Курбатов, — те я объявил самому царскому величеству; этими бумагами Соловьевы и обличились; а Дьяков явился к следствию тех дел в канцелярию генерала князя Долгорукого, и этого нам в воровство причитать не следует». Курбатова отпустили, но Дьяков был взят в крепость и посажен, скованный, под крепким караулом. Курбатов в письме к Макарову жаловался: «15 февраля светлейший князь прислал дьяка и велел всякие письма у меня пересмотреть. А у Соловьевых, и по явному обличению, домы, пожитки и письма не описаны и не запечатаны; розыск за тем и остановился, понеже доноситель Дьяков держится скован, а мать его и жена с детьми и людьми держатся из дома светлейшего князя в доме своем за арестом. В то же время светлейший князь брал в крепость и дьяка Воронова и говорил ему: „Ты вороной конь, я тебя такую м… сделаю граненым и разрушу вашу воровскую компанию“. И за таким страхом дело мое остановилось и розыскивать не смеют».
Но розыск мог быть остановлен только на время, в отсутствие царя, который был занят своим делом в страшный для него 1718 год и когда Меншиков мог распоряжаться в Петербурге. Розыск пошел своим чередом, и оказалось, что с Соловьевых следует взыскать в казну 675040 рублей, а имения у них по описи явилось на 407447 рублей, недоставало в платеж 302177 рублей. Но рядом с делом о воровстве Соловьевых тянулось дело и о злоупотреблениях самого Курбатова. В январе 1719 года он писал царю: «Вашим повелением пункты о винах моих написаны; умилосердися, государь, рассмотрев и познав, каковые вины мои, разреши своим милосердием, понеже от печали и мнения не могу излечиться чрез четыре года от болезни моей, и лекаря за тем отказывают, к тому ж и оскудал едва не всеконечно и впал в долги многие, и в Москве домишко мой от непотребных людей моих во всяком разорении, не бывал я в нем с лишком три года; повели отпустить меня к Москве до половины марта месяца; при сем же молю: не благоволи иметь на меня мнения в строении цитадельном семиградские избы (в Архангельске): при мне в три года только в расходе 13000 или 14000 рублев, а чаю, и меньше. Ей-ей, во всем работал вседушевно, но нет мне хвалителей, ибо ни в ком, кроме вас, государя, не искал и того ради от всех оставлен. Еще молю слезно: помилуй, государь, повели мне, бедному, хотя малое что выдать на пропитание, понеже шестой год не получал жалованья ничего, а о работе моей в деле о Соловьевых известно вашему величеству». Курбатову дали отпуск в Москву до 20 марта.
Прошло два года; дело приходило к окончанию, но не так оно оканчивалось, как бы хотелось Курбатову. В марте 1721 года он написал царю: «Весть бог, что я пред вашим величеством ничто же лукавное по совести моей пред богом учинил и ничего тайно и умышленно казны вашея не похитил, а работал вам, государю единому, всем сердцем и душею, о чем не неизвестно вашему величеству. А ныне в канцеляриях, по немилости господ судей, штрафуюся так тяжко, якобы совершенно виновный, и положили на меня штрафов и других денег с 20000 рублев, в том числе по делу Шустовых, о котором известно вашему величеству и за которое я пожалован, и по делу в корабельном строении, за что я всемилостивейше был обнадежен, и выданное мне в московской ратуше и в губернии жалованье правят и сего единого произыскивают, что хотя малое какое мне присмотреть погрешение, и не токмо к великому штрафу, но и к самому бедству склоняют, а верных моих работ не только не упоминают, но и ни во что вменяют и к выписке оправданий моих вписывать не велят, а которое оправдание было и вписано и подписано моею рукою, и то вычеркивают и доношений моих к оправданию не приемлют. Умилися, государь, не допусти меня погубить им напрасно, повели все о мне дела из их канцелярий для собственного вашего рассмотрения собрать в Кабинет или в Коммерц-коллегию. А ежели я по вашему богоподобному рассмотрению явлюся виновен тяжко, то уже не прошу милости, от всего мя повели обнажить имения и пустить нага, точию за прежде показанную мною государственную пользу и верность молю соблюсти живот мой, понеже и так от печали в болезни моей чаю умереть вскоре. О всемилостивейший государь! изволь ведать, как погибают, на вас, единого, уповающии, как я, бедный, всю мою надежду и упование имел на вас, государя единого, не имея посторонних дядек, и того ради ныне погибаю напрасно. А ежели я ныне погибну напрасно, не без сожаления потом будет о мне вашего, государева, понеже я, бедный, при помощи божией не бесплоден явился в государствии вашем».
Вскоре после этого письма, летом 1721 года, Курбатов умер до решения своего дела. Суд в канцелярии генерал-майора Матюшкина по приговору штаб— и обер-офицеров решил, что надобно взыскать с Курбатова 16000 с лишком рублей. Большая часть этой суммы, именно с лишком 12000 рублей, причиталась за взятые им из казны без указу деньги; остальное — за передаточное без торгу подрядчикам из-за взяток; взяток оказалось на 1085 рублей, при этом 15 дел не было решено за справками по разным губерниям.
Начет на Курбатова был ничтожный в сравнении с громадным начетом на светлейшего князя. Петр обещал ему сложить часть штрафа, и он писал ему в 1718 году: «Понеже, ваше величество, по превысокой своей ко мне милости изволили обещать в нынешних штрафах пред другими мне польготить, того ради всепокорно прошу о милостивом того обещания исполнении, как вам бог обо мне на сердце положит. Собственный мой полк (о котором вашему величеству известно, что я ни для чего иного, но с единой своей ревности набрал и вооружил) ныне по указу вашему раскосован, и оных солдат велено зачесть мне за рекрут моих деревень: прошу вашего величества, дабы в то ж число заменить драгун и солдат, которые во время нужды взяты к дому моему из полков и из рекрут, которых ныне на лице 150 человек, да матросов 4 человека, кои взяты из новгородских дворян; да в Копорье и Ямбурге из стрельцов торопецких и великолуцких 300, итого 454 человека; да с начала того полка по раскосование издержано моих собственных денег как на вооружение, так и на прочие полковые расходы и на дачу жалованья 19156 рублей, и о сих деньгах прошу, дабы милостиво были мне возвращены или зачтены. Понеже ваше величество неоднократно милостивым вашим словом обнадеживать изволили, ежели какая в пользу государственную учинится прибыль, то из нее дана будет десятая часть: а под моим правлением в канцеляриях и в здешней губернии учинено прибыли и приложено в повсягодный сбор 476849 рублей да по особливым моим прошлой зимы вашему величеству поданным пунктам учинено прибыли у соли 100000 рублев, а ежели доброе будет смотрение, то и еще прибудет: и по тому вышепомянутому вашему обещанию всепокорно прошу о милостивом награждении. Все губернаторы каждый из своей губернии всякое довольство имел, а иные, сверх того, и денежным жалованьем снабдены, а я с самого того времени, как по вашей милости в губернаторы пожалован, т.е. от 1702 года, губернаторского жалованья никакого не имел, а трудов моих в здешней губернии сколько было, о том также небезызвестно, ибо и все прочие губернии пример от нас брали; а что с здешней губернии за меня изошло, и то все до последней деньги на мой счет положено: и того ради требую в том милостивого призрения; если же чего не изволите мне зачесть и что по тем моим счетам на мне останется, то да изволите повелеть платить мне погодно, дабы можно было исправиться, не допустя себя до бесконечной нужды. Притом чаю, ваше величество изволите милостиво припомнить, что во время нужных случаев по вашим особливым изустным повелениям немалые от меня дачи были, а особливо во время бытности в Жолкве, когда господа поляки, по отречении королевском от короны, на обе ноги хромали, то, лаская их, истинно из-под платья собольи меха выпарывая, также и прочими вещами их дарил; и чтоб порядочную тому записку иметь, то как могло б статься, сами извольте рассудить, к тому ж нимало мне на ум не прихаживало, чтоб в том счет иметь; и для того и прочие многие в пришествии ваши к армии и в другие случаи как деньгами, так и лошадьми, каретами и прочими вещами и всякими припасами, также и во время генеральных, вашему величеству известных, банкетов бывшие расходы уничтожал, все свое за ваше почитая, чего и ныне воспоминать и на счет ставить не хочу, но во всем на вашу превысокую отеческую ко мне милость полагаюсь и о милостивейшем на меня в том призрении всепокорно прошу».