Дело затянулось, а вслед за ним новые «водные шумы»: дело царевича Алексея. Петр сильно подозревал рязанского архиерея, который торжественно называл Алексея «единою надеждою»; но ничего преступного не оказалось. Стефан остался с прежним значением, но столкновения с царем не прекращались. В 1718 году Яворский получил указ приехать в Петербург; он думал, что пребывание будет временное, но 16 июля великий государь указал преосвященному Стефану, митрополиту рязанскому, жить в С.-Петербурге, а при нем в первой очереди быть Игнатию, епископу суздальскому, а прочих архиереев из С.-Петербурга отпустить в свои епархии, а по прошествии первой чреды в С.-Петербург архиереям приезжать поочередно против того, как в Москву приезжали. Стефан, недовольный указом, подал царю пункты, на которые получил резкие ответы. 1) «Выехал я из Москвы, — писал Яворский, — на почтовых подводах, не взяв с собою ни ризницы, ни певчих, ни запасов никаких, ни платья, ни келейной рухляди, и для скорого выезда порядка никакого не учинил ни в соборной церкви, ни в приказах, ни в школах, ни в дому своем, чая скорого возвращения; ныне, скитаясь в Петербурге, живу в наемном дворе, далече от церкви и от воды, и в таком дворе, в котором зимою мне, немощному, отнюдь жить невозможно, и ожидаю милостивого отпуска, чтоб зимою совсем собраться и здесь жить вовсе, и о том что великий государь укажет?» Ответ: «О житье здешнем уже за три года сказано, и сам ваша милость на просухе хотел быть, как я с вами прощался на Москве, а зачем в три года не собрался и не распорядился, не знаю, ибо и более того делано, ездил на Украйну для освящения церкви». 2) «Было милостивое слово о дворе, и написано было ко мне рукою монаршескою: приезжай, а двор для тебя будет готов; сего милостивого обещания будет ли исполнение или нет?» Ответ: «Место готово, а построить самому можно, понеже всем архиереям определенное дается, а вам все, как было прежде, еще ж и Тамбовское епископство поддано». 3) «Во многих епархиях архиереев нет». Ответ: «Выбрать на пример и подать роспись; так же и впредь для таких избраний надлежит заранее добрых монахов сюда, в монастырь Невский, привезть, дабы здесь жили, чтоб таких не поставить, как тамбовский и ростовский были; а для лучшего впредь управления, мнится, быть удобно Духовной коллегии, дабы удобнее такие великие дела исправлять было возможно».
В Петербурге Яворский должен был встретиться с человеком, против которого незадолго перед тем действовал как против еретика, встретить товарищем по архиерейству и в приближении у царя. Мы уже упоминали о префекте киевской академии Феофане Прокоповиче, о котором губернатор Голицын отзывался как о, единственном человеке из киевского духовенства, преданном правительству. Этот отзыв и блестящая предика, сказанная Феофаном по поводу «преславной виктории», остановили навсегда на нем внимание Петра, который взял его с собою в Прутский поход. Преобразователь нашел наконец между духовными человека с обширною ученостию, с блестящими дарованиями и вполне сочувствующего преобразованию, и понятно, что, чем сильнее становились столкновения царя с Яворским, тем более сближался он с Прокоповичем. Несмотря на все столкновения с блюстителем патриаршего престола, несмотря на то, что последний провозгласил его достойным отчуждения от церкви, Петр не удалял Стефана, за которым, в его глазах, были достоинства и заслуги. Говорят об уменье Петра отыскивать повсюду способных людей; но как бы ни было велико подобное уменье, все же оно одно недостаточно, потому что способных людей никогда очень много не бывает, и нужно еще другое уменье — уменье сохранять способных людей. Этим уменьем, требующим особенного нравственного величия, также обладал Петр, чему разительным примером служит его поведение относительно Яворского после знаменитой проповеди 17 марта 1712 года. Но если он хотел сохранить Стефана, то понятно, однако, что все сочувствие его обратилось к Феофану. На горизонте явилось новое светило; в Киеве сказана была предика, каких не слыхивали прежде в Москве; и в Москве не могли остаться равнодушными; здесь вследствие долгого управления Стефана его, естественно, окружали люди преданные, которых выгоды были тесно связаны с его выгодами. Что это там явился за человек, что за новый оратор? Приблизился к царю: должно быть, хочет далеко уйти! Молод: двадцатью Тремя годами моложе преосвященного Стефана. Осведомились очень подробно о новом ораторе, разобрали его сочинения и нашли, что еретичествует. А между тем Феофан уже говорит предики в Петербурге, скоро будет архиереем. Стефан внушает благочестивейшему государю, что Феофан «имеет препятие к великому архиерейскому сану, потому что в своем учении не согласен с православною церковию, заражен язвою кальвинскою». Феофан оправдывался; кому рассудить? Противники говорили, что Феофан заражен язвою кальвинскою; Феофан обличал их в католических стремлениях; он пользовался благоприятным временем — судом над царевичем Алексеем, раздражением Петра против архиереев, в которых он замечал сочувствие к царевичу — сочувствие, происходившее от вражды к делу преобразования. Феофан, громя в проповедях врагов царских, в то же время громил и собственных врагов. «Многие мыслят, — говорил он, — что не все люди обязаны повиновением властям, что некоторые исключаются, именно священство и монашество. Это терн, жало змеиное, дух папский, неизвестно как нас коснувшийся; священство есть особое сословие в государстве, а не особое государство в государстве. Дошло до того, что самые бездельные люди пустились в дело, и дело мерзкое и дерзкое; дрожди народа, души дешевые, люди, родившиеся только для поядения чужих трудов, и те восстают на государя своего, на Христа господня! Да вам, когда вы хлеб ядите, надобно было бы удивляться и говорить: откуда мне это».
1 июня 1718 года Феофан был посвящен в епископы псковские. Когда приехал в Петербург Яворский, Петр поручил Мусину-Пушкину свести с ним Феофана, и между обоими архиереями произошло примирение, по крайней мере видимое.
Царь уже объявил, что «для лучшего управления мнится быть удобно Духовной коллегии». Яворский не разделял этого мнения царского; Феофан разделял его, и потому он должен был принять на себя составление регламента для новой коллегии. Современники передавали следующий разговор Петра с Феофаном. Петр: Скоро ль наш патриарх поспеет (регламент)? — Феофан: Скоро, я дошиваю ему рясу. — Петр: А у меня шапка для него готова. В январе 1721 года издан регламент Духовной коллегии, исправленный и дополненный царем; регламент был издан при таком манифесте: «Между многими, по долгу богоданные нам власти, попечениями о исправлении народа нашего и прочих подданных нам государств, посмотря и на духовный чин и видя в нем много нестроения и великую в делах его скудость, не суетный по совести нашей возымели мы страх, да не явимся неблагодарны вышнему, аще толикая от него получив благопоспешества в исправлении как воинского, так и гражданского чина, пренебрежем исправление чина духовного. И когда нелицемерный он, судия, воспросит от нас ответа о толиком нам от него врученном приставлении, да не будем безответны. Того ради образом прежних как в Ветхом, так и в Новом завете благочестивых царей, восприяв попечение о исправлении чина духовного, не видя лучшего к тому способа, паче соборного правительства (понеже в единой персоне не без страсти бывает; к тому ж не наследственная власть, того ради вящше не брегут), уставляем Духовную коллегию, т.е. духовное соборное правительство, которое, по следующим зде регламенте, имеет всякие: духовные дела управлять».
В первой части регламента излагаются причины учреждения коллегии: 1) коллегиальное правление способнее для исследования истины, чем единоличное; 2) приговор соборный имеет более силы, чем приговор одного лица; 3) дела скорее решаются;4) нет места пристрастию, коварству, лихоимному суду; 5) коллегиум свободнейший дух в себе имеет к правосудию; 6) от соборного правления нельзя опасаться отечеству мятежей и смущения, какие происходят от единого правителя духовного, ибо простой народ не ведает, как различается власть духовная от самодержавной, но, великою высочайшего пастыря честию и славою удивленный, помышляет, что такой правитель есть второй государь, самодержцу равносильный или еще и больше его, и что духовный чин есть другое и лучшее государство; так сам собою народ умствовать привык: что же, когда приложатся плевелные разговоры властолюбивых духовных лиц и к сухому хворосту огонь подложат? Простые сердца так мнением этим развращаются, что не столько смотрят на самодержца своего, сколько на верховного пастыря, и когда услышат между ними распрю, то все более духовному, чем мирскому, правителю сочувствуют, хотя слепо и пребезумно, за духовного ратовать и бунтовать дерзают и льстят себя, окаянные, что по самом боге поборают и руки свои не оскверняют, но освящают, хотя бы и на кровопролитие устремились. Такому в народе мнению очень рады бывают коварные люди, враждующие на своего государя: увидав ссору государя с пастырем, они пользуются этим случаем, чтоб под видом церковной ревности поднять руки на помазанника божия, и на такое же беззаконие, как на дело божие, подвигают простой народ. Что же, если и сам пастырь, надменный о себе таким же мнением, спать не захочет? Трудно сказать, какое бедствие может произойти отсюда.