Во второй части регламента излагаются дела, подлежащие Духовной коллегии: ей вменено в обязанность истребить все существующие суеверия; для распространения сведений о законе божием сочинить три книги: о догматах веры, о должностях всякого чина, собрание проповедей св. отец о догматах и должностях. Епископы обязаны иметь в своих домах школы для приготовления священников, обязываются не высоко мыслить о своей чести. Для укрощения весьма жестокой епископов славы запрещено водить их под руки, пока здоровы, кланяться им в землю. «Оные поклонники самохотно и нахально стелются на землю да лукаво, чтоб степень исходатайствовать себе не по достоинству, чтоб неистовство и воровство свое покрыть». В главе о домах училищных, учителях, учениках и церковных проповедниках регламент говорит: «Дурно многие говорят, что учение порождает ереси: наши русские раскольники не от грубости ли и невежества так жестоко взбесновались? Если посмотрим чрез историю, как чрез зрительную трубу, на мимошедшие. века, то увидим все худшее в темных, а не в светлых учением временах». Регламент определил и круг предметов, долженствующих преподаваться в духовных училищах: 1) грамматика вместе с географиею и историею); 2) арифметика и геометрия; 3) логика, или диалектика, ибо это двоименное учение составляет одно; 4) реторика вместе с стихотворным учением или отдельно; 5) физика с присовокуплением краткой метафизики; 6) политика краткая Пуффендорфова, если найдется потребною; 7) богословие. На первые шесть наук полагается по году, на богословие — два года.
Президентом Духовной коллегии, или Синода, был назначен Стефан, митрополит рязанский; за ним по старшинству следовали члены: Феодосий (Яновский) — архиепископ новгородский, Феофан — архиепископ псковский, Петр — архимандрит симоновский, Леонид — архимандрит петровский, Филофей — архимандрит донской, греческий священник Анастасий Кондоиди, Иоанн — протопоп троицкий, Петр — протопоп петропавловский, иеромонах Варлаам Овсянников. Мы знакомы с первым и третьим членами Синода; надобно познакомиться со вторым, потому что еще должны будем с ним встретиться после. Феодосий Яновский, архимандрит новгородского Хутынского монастыря в первых годах века, вовсе не отличался ни образованием, ни талантами, не мог нисколько соперничать в этом отношении ни с Прокоповичем, ни с Яворским; человек энергический, неудержливый в деле и слове, властолюбивый и корыстолюбивый, монах вовсе без призвания к монашеской жизни, Феодосий хотел во что бы то ни стало выдвинуться вперед; он нашел для этого верное средство — подделываться под преобразовательное направление правительства, говорим — подделываться, потому что не считаем себя вправе признавать за Феодосием какие-нибудь сильные убеждения. Петр был рад, что нашел между духовными, между монахами, человека умного, деятельного, распорядительного и вовсе не похожего на большинство своих собратий, человека передового относительно церковных преобразований. В 1710 году Феодосий был переведен в архимандриты основанного Петром в Петербурге Александро-Невского монастыря и чрез пять лет поехал лечиться за границу ! Но пусть он поговорит сам и покажет, какими средствами заискивал расположение царя. В 1719 году Мусин-Пушкин донес государю, что в новгородских церквах по ночам каким-то чудом гудят колокола; Петр поручил Феодосию обстоятельнее разузнать, в чем дело, и тот отвечал ему: «Толкование такое может приложиться: чему бы оное бессловесное гудение человеков учило, может всяк имущий ум рассудить; явь, яко от противника: рыдает, яко прелесть его изгонится от народов российских, первое из кликуш чрез Петра Великого : второе чрез новоприданные в хиротонию архиерейскую от того ж пункты, дабы икон не боготворили и тем ложных чудес не вымышляли; третие из раскольщиков, о которых исправлении прилежное тщание имеет той же Петр. А противник хотя обновит прежнюю свою прелесть, которую прежде, при иконе богородичной на Тихвине, чрез некоего Юрыша и тому подобных прелестников и кликуш в простом народе рассевал, как в той бабской истории обретается, чему последовали суеверные и не простаки. Так, мнится, и ныне при такой же иконе (понеже помянутая в Деревяницком монастыре, в котором оное гудение было, церковь во имя Тихвинской иконы) також-де тщится оную свою прелесть обновить». Любопытно также письмо Феодосия к Петру о причинах, почему у него, Феодосия, так много врагов между духовными и светскими людьми: «Всенижайше доношу вашему величеству мизерный: умножишася, паче влас главы моея, ненавидящия мя туне, а причины, за которые ненавидят, суть сия: из духовных : 1) за приказание духовных дел мимо архиереев в резидующем сем месте; 2) за взятье из Москвы и из других мест доброжительных священиков и дьяконов к с.-петербургским церквам по поданным от меня реестрам; 3) рязанский архиерей за конференцию о поучении его, на которой из духовных был только я, где и приразился, поборая по правде, немало оному; 4) за приписание из Новгородской епархии некоторых монастырей и Сергиева монастыря вотчин к Невскому монастырю; 5) за взятье из домов архиерейских и лучших монастырей, по поданным от меня реестрам, доброжительных иеромонахов и. иеродиаконов, а именно судей, келарей, казначеев, соборных старцев и прочих лучших в Невский монастырь; 6) за перемену тихвинского архимандрита. Из недуховных принципиальных и непринципиальных персон ; 7) за крестовых и прочих волочащихся попов, старцев и стариц, которых перестерегал, чтоб не держали; 8) за раскольников, которых помещики и непомещики знатные защищают, и сами раскольники злоречат; 9) за Ивана Синявина, который во флоте иеромонаху и другому иеромонаху обиду учинил, за которым по должности моей, а по просьбе их просил сатисфакции, где надлежит, которая не токмо не учинена, но враждебно против оных и меня поступают. Из всего поспольства ; 10) за свечи, по церквам всуе жегомыя, о которых священникам приказывано, чтоб чрез потребу не жгли; 11) за пречистые тайны, о которых священникам приказывано, чтоб оных за лекарство аптекарское здравым и больным младенцам не употребляли, но по крещении, причастив единою, оставляли б непричастных до познания добра и зла. И иных причин к помянутой ненависти набралось бы много, но не вместятся на сей бумаге, из которых ненавистников многие вредят и могут вредить всяким злоречием не токмо в народе и между собою, но и пред вашим величеством, и усумневаюся, негли и поврежден давно; того ради, припадая к милосердию вашего величества, прилежно молю: да будет повелено прочее время мизерного моего живота скончать мне в чернеческом безмолвии, да не горшее, что безвинно постражду».
В списке синодальных членов останавливает наше внимание имя греческого священника Анастасия Кондоиди . О своей судьбе он рассказывает сам в челобитной к царю об увеличении содержания: «Будучи в Константинополе, получал я годового оклада по 2000 талеров: 500 как проповедник патриаршества и 1500 как второй переводчик Оттоманской Порты. Но по склонности к православной вере стал я служить вашему царскому величеству, и когда об этой службе узнано, то я не только лишился годового оклада, имения и обещанной епархии, но если бы патриарх не ухоронил меня в своем погребе в продолжении 26 суток, то предан был бы и смерти, как случилось с товарищем моим, капитаном Франциском Греком, которого поймали и посадили на кол. Будучи лишен имения, я нахожусь в нужде, и между всеми синодскими членами нет никого беднее меня; для пропитания своего, одеяния, содержания верейки (лодки), сухопутного поезда и служителей; для убрания двора, как прилично синодской особе, шестьюстами рублями в год исправиться никак нельзя».