14 февраля 1721 года новоучрежденный Синод обратился к царю за разрешением следующих вопросов: 1) В церковных служениях, где прежде возносилось патриаршее имя, надобно ли вместо него возносить именование правительствующего духовного собрания в такой форме: «о святейшем правительствующем собрании, честном пресвитерстве» и проч.? Титул святейшего будет присвояться только целому собранию, а никому в частности. Царь отвечал: возносить о святейшем Синоде или о святейшем правительствующем Синоде. 2) При сношениях с Сенатом и коллегиями каким образом письменное обхождение иметь? Прежде на патриаршее имя указов ниоткуда не присылалось, Духовная же коллегия имеет честь, силу и власть патриаршескую или еще большую, потому что собор. Ответ: в Сенат ведением и за подписью всех, а в коллегии — так, как из Сената пишут, и за подписью только секретарскою. 3) На праздные епархии в духовном собрании избирать ли в архиереи и по доношению царскому величеству к поставлению и к местам определять ли? Ответ: выбирать по две персоны, а которую определим, посвящать. 4) Определенного в Хинское (Китайское) государство иеромонаха Иннокентия Кунчицкого архиереем иркутским нерчинским для близости к оному государству посвятить ли и для удобнейшего обхождения от Сибирской епархии его отделить ли? Ответ: в архиереи посвятить, но лучше б без титула городов, понеже сии города порубежные к Хине: чтоб иезуиты не перетолковали инако и бедства б не нанесли. 5) Патриаршие, архиерейские и монастырские вотчины, которые сборами и правлением ведомы были в Монастырском приказе, водной Духовной коллегии ведать ли, того ради что оные от гражданских управителей пришли в скудость и пустоту, а Духовная коллегия присягою обязалася как в верности, так и в искании интереса царского величества против прочих коллегий не меньше; а в регламенте духовном положено, что такое правление надлежит до Духовной коллегии? Ответ: быть по сему.
Резолюциею о возношении именования одного Синода не был доволен президент Стефан Яворский. Он подал мнение: «Преосвященнейшие иерархи и прочие отцы святии и братия! Понеже вольный голос должны имети все члены коллегии, то дайте и мне вольный голос, который таков есть: мне видится, что в ектениях и возношениях церковных явственных можно обоя вместити, например так: о св. православных патриарсех и о св. правительствующем Синоде. Какой в тем грех? Какой убыток славы и чести св. российскому Синоду? Кое безместие и непристойность? Паче же богу приятно и народу велми угодно было бы. В главе 6 регламента написано: ежели дела сумнительные и какого изъяснения требуют, чтоб не скоро спешить вершением, но по изобретению дела и обстоятельству наперед докладывать и справиться, откуда надлежит. Понеже убо сия тако глаголют, то сие дело требует последнего решения и определения от самые превысочайшие всем коллегиям и всему государству главы. А что помета манаршеская написана на первый пункт доношения, от сего то только дается знати, как нарицатися имать коллегиум духовный в молитвах, а об отставке патриархов от возношения ничего не говорится». Подписано: «Стефан, недостойный митрополит, старец немощный». Но Синод не согласился с президентом на таком основании: «У самих греков нет обычая возносить имена патриаршие вне епархии или власти патриаршей. Чего ж нам еще больше? На греков смотрим, от греков чину и обычаю учимся, не изобидим их, имени патриаршего не поминая, когда и сами они не поминают; и в России после патриархов российских никакого другого патриарха, ни вообще имен патриаршеских не поминали».
Святейший правительствующий Синод тотчас после учреждения своего столкнулся с правительствующим Сенатом и разными сильными особами. Синод подал жалобу царю. «Изволил ваше величество установить духовное соборное правительство с такою властию, что всем, и духовным и мирским людям, указов его во всем под великим наказанием слушать и быть ему в действиях своих важну и сильну. Но в самом начале его действий являются уничтожение и противность, а именно: передано нам дело князь Долгорукого с Салтыковым, и мы послали к князю Ив. Фед. Ромодановскому, чтоб отправил в Синод содержащихся в Преображенской канцелярии под арестом дворовых людей Салтыкова, послан указ вашего величества за руками всех коллегиатов; но этот вашего величества указ Ромодановским уничтожен и не только требуемого исполнения лишен, но как не важный прислан к нам обратно. Если это оскорбление останется без сатисфакции, то и прочим еще большая подастся к презрению смелость и данная духовному правительству власть не будет иметь достойного действия и очень будет не важна. По пунктам, собственною вашего царского величества рукою определенным, церковные вотчины должны быть в управлении духовном, как были в Монастырском приказе, а теперь, по определению Сената, велено им и служителям их быть под судом Юстиц-коллегии. По всемилостивейшему определению вашего величества духовное правительство от прочих коллегий отменено, равно как Сенат, и ежели быть по сенатскому ныне определению, то оным вотчинам и их служителям прежнее от мирских властей утеснение будет». На это Петр отвечал собственноручно: «Определю по приезде, а однако ж видится, что инако нельзя, понеже ведение вотчин у вас определено для поборов и между ими расправы и тому подобного, дабы в лучшем охранении были; а чтоб с посторонними случающимся делам всем быть у вас, чаю, невозможно, понеже при таких делах казни и наказания бывают, чего вам подписывать невозможно, а одному светскому вручить нельзя; другое, что столько будет хлопот, что настоящего вашей должности дела управить будет неколи, которое и без иных дел великих трудов и времени требует, к тому ж крестьяне и служители суть равные, где бы ни были».
Далее Синод просил: «В сенатском приговоре определено, что быть в Синоде тем секретарям и подьячим, которые не у дел, вследствие чего определяются такие, которые уже к делам не годны и которыми не только такого важного и великого дела, но и легчайших дел управлять невозможно. В том же сенатском приговоре определено, чтоб Синод довольствовался дьяками и подьячими Монастырского и Патриарших приказов, архиерейскими и знатных монастырей; но из этих мест лучшие приказные люди разобраны уже давно к делам в коллегии и в губернии, оставлены только негодные». На это Петр отвечал: «Которые (секретари и подьячие) против сего желаются, и что оные ни в Сенате, ни в коллегиях, но у других дел, и таковых без спору отдать в Синод духовной».
Синод просил: «Духовные персоны, до определения духовного правительства, по разным касающимся до них делам браны были в разные канцелярии и приказы; а отныне, дабы вашего величества всемилостивейшим указом повелено было, что бы до духовных персон ни касалось, по оговорам, производить следствия о том в духовном правительстве, пока кто-нибудь из них не должен будет подвергнуться розыску гражданского суда, дабы иногда безвинные не страдали с злодеями в темницах. А ежели какая-нибудь духовная персона взята будет в явном злодействе, то следовать в гражданском суде и только для снятия чина присылать в духовное правительство по-прежнему». На это был ответ: «На которых оговор какой будет (кроме тяжких государственных дел) в каком партикулярном злодеянии, таких отсылать к Синоду, против сего пункта силы, пока оные до гражданского суда приличны будут, а самим не брать в коллегии или где инде и не держать, и должен каждый челобитчик в злодеянии на духовных нигде инде бить челом, токмо в Синоде, сие разумеется о брани, бою, краже и прочих тому подобных дел, а не о тех, который тяжебные дела, к которым сами себя духовные привязали, яко какая покупка, промыслы, откупы, торги и прочее тому подобно, еже где определено, всем там и на духовных бить челом, например в иностранных торгах в Коммерц-коллегии, во внутренних торгах и промыслах, откупах в Камер-коллегии и прочее тому подобное».