Синод просил: «О требованиях духовного правительства в Сенате бывает доклад как о партикулярных делах по реестру, от чего происходит в духовных делах замедление и остановка: просим, чтоб дела духовного правительства предлагались к резолюции немедленно, мимо реестра». Ответ: «О духовных делах надлежит прежде всех коллегийских дел, первые по наших указах слушать и решить, а что касается до внешних дел, то по реестру с прочими яко партикулярные».
Сенат рассердился на Синод за подачу царю этих пунктов; он писал в своем ведении Синоду: «Велено подьячим в Синоде быть, которые не у дел, к тому же определено взять Монастырского и Патриарших приказов, архиерейских и знатных монастырей дьяков и подьячих, ведая, что тех мест помянутыми служителями удовольствоваться могут; а те, которые требованы из Синода по реестру, поименно, не определены для того, чтоб тех дел, у которых они обретаются, не остановить к повреждению интереса; и если бы тем определением духовный правительствующий Синод был и недоволен, и о том бы надлежало опять писать в Сенат, не трудя тем царское величество».
Получив от царя позволение взять секретарей и подьячих, которые хотя и у дел, но не в коллегиях, Синод взял к себе канцеляриста Корнышова, который находился при постройках на Котлине-острове. Но постройками заведовал Меншиков; не давши знать в Синод, он велел схватить Корнышова и привести на Котлин-остров, где избил его жестоко. «Такими неумеренными поступками, — писал Синод царю, — благорассудно уставленное от вашего величества духовное собрание, которое всем повелено почитать за важное и сильное правительство, уничтожено». На первых же порах Синод должен был жаловаться на астраханского губернатора Волынского, который взял насильно в астраханском Троицком монастыре каменные кельи, где жили старцы, и поместил в них канцелярии, велел взять шесть келий кладовых и положил в них свою кладь, приказал сломать монастырские каменные ворота, караульную каменную келью, деревянную конюшню и разбросать монастырские оградные заборы, наконец, отрезал монастырскую землю под площадь».
Деятельность новоучрежденного Синода высказывалась не в одних этих спорах: он разослал, указ, чтоб священники отвращали своих прихожан от богопротивного обычая обливать водою и купать в реках и прудах тех, которые не бывают у заутрени на св. неделе, причем иногда люди тонут, обливаемые спросонья и с похмелья, лишаются ума; наконец, тут же воспоминается мерзкий идол Купало. Мы видели, что во второй половине XVII века русская церковь перестала смотреть на католиков как на некрещеных, перестала требовать перекрещивания их при переходе в православие; при Петре с разрешения константинопольского патриарха перестали требовать перекрещивания от протестантов. После этого сделан был третий шаг: Синод издал послание к православным, в котором доказывал, что браки с иноверцами позволительны. Это послание вызвано донесением капитана Василия Татищева, отправленного в Сибирь для горного дела; он писал, что шведские пленники охотно приняли бы русское подданство, если бы им позволено было жениться на русских девицах без перемены веры; но так как многие из них поженились, но потом за разностию веры жен у них отняли и выдали за других, то они не хотят вступать в русскую службу, потому что своей веры женщин достать не могут, а русских за них не выдают. Для увеличения церковных доходов, которые могли бы быть употреблены для бедных, постановлено, чтоб продажа свечей производилась от церквей; на деньги, от этой продажи выручаемые, построить везде при церквах богадельни для больных нищих; для заведования церковными доходами учреждены были церковные старосты, избираемые прихожанами.
Надобно было приступить к учреждению в Петербурге специального духовного училища; Феофан Прокопович подал об этом свое мнение: «Мой совет — не принимать мальчиков свыше десяти лет, потому что в таком возрасте дети еще не очень обучились злонравию, и если обучились, то не окрепли обычаем, и таких не трудно отучить, также бунтовать и бежать прочь не могут еще. Академии великой и свободной делать еще не советую; когда бог благословит отроческий дом сей, тогда от числа наученных в нем явятся изрядные учители, которые возмогут и великую академию учить и управлять. Не каких-нибудь, но изрядных и свидетельствованных учителей надобно, которых призвать бы из академий иноземных со свидетельством знатных школьных и гражданских властей. Не надобно опасаться, что они детей наших совратят к своей богословии, потому что можно им артикулами определить, чему они должны учить, и надсматривать, не преподают ли чего, нашему исповеданию противного. Пусть преподают они только учения внешние, языки, философию, юриспруденцию, историю и проч., а не богословские догматы, которым ученики будут учиться у единоверных учителей. Если не опасаются господа русские посылать детей своих в академии иностранные, где учителя свободно свои мнения предлагают, то для чего бы опасаться у нас, где они артикулами и надсмотром связаны будут. Но к начатию учений можно будет приискать и между нашими людьми. Желаем и его величества милостивого соизволения просим, да прозван будет дом сей Сад Петров , или иноземским наречием Петер-Гартен ».
В то время, когда в Великой России повсюду шли коренные преобразования, Малая Россия разложением своего старого быта торопила дело приравнения своего к Великой России.
Несмотря на постоянное присутствие при гетмане министра государева, доносы продолжали зреть на малороссийской почве, взрытой шатостию и недавними изменам. Не поладит гетман с каким-нибудь сотником, и сотник несет донос на гетмана киевскому губернатору князю Дм. Мих. Голицыну, о котором было известно, что живет несогласно с гетманом и смотрит на него подозрительно. Еще в 1710 году коропский сотник Логвиненко донес Голицыну, что запорожские колодники говорили провожавшему их есаулу Шепелю, будто гетман Скоропадский писал Орлику, чтоб тот с своими запорожцами держался как можно долее при противной стороне; Логвиненко приводил свидетелей рассказам Шепеля об этом; тот же Логвиненко доносил, что бывший дворецкий Орлика, бурмистр Гроевский, сказал в коропской ратуше: «Мы с сотником Безносым пили за здоровье Орлика, и Безносый говорил: Орлик в Бендерах гетманом, и надобно думать, что будет скоро опять у нас паном». Голицын дал знать об этом в Москву. Правительство, обеспеченное пребыванием в Глухове при гетмане министров государевых, не ждало или не боялось измены Скоропадского и при наступавшей войне с Турциею не хотело возбуждать неудовольствия гетмана и волнения на Украйне. Головкин ответил Голицыну, чтоб выслал в Москву Логвиненка со всеми людьми, прикосновенными к делу Гроевского и Безносого, но свидетелей рассказа Шепеля не высылал, потому что запорожцы, говорившие о переписке Скоропадского с Орликом, казнены, и потому производить следствие нельзя. Гетмана Головкин старался успокоить насчет нерасположения Голицына, писал: «Я писал к князю Голицыну, чтоб он ни из каких городов и мест регименту вашего никого не велел брать, не списавшись с вами и без согласия вашей вельможности, и ежели случится какое дело государственное, то делал бы согласно с вами; указов ему к вашей ясновельможности писать не велено. Как мы видим, что у вашей вельможности с воеводою киевским несогласно: однако ж царское величество на вашу верность есть благонадежен, и безосновательным никаким доносам поверено не будет, в чем изволите, вельможность ваша, быть надежен».
В Москве бурмистр Гроевский рассказал, как было у него дело с Безносым: «В прошлом 1710 году пришел ко мне в корчму бывший короповский сотник Кондрат Безнос, спросил меду, и мы пили мед вместе, только не были гораздо пьяны; и говорил мне Безнос, чтоб я был к нему ласков; я отвечал: теперь, когда ты, Безнос, уже не сотником, то желаешь моей ласки, а когда был сотником, то ходил надувшись и на меня не смотрел. Безнос мне сказал: когда и ты был у Орлика дворецким, то также был надут и мало на меня смотрел. Я ему сказал: если б Орлик не изменял, то добрый был пан, сколько я ему ни служил, лихого слова от него не слыхал. И Безнос мне сказал, что большое приятство от Орлика имел и сотничество чрез него получил. Говоря это, мы оба пили за Орликово здоровье и, выпивши, разошлись». Гроевский и Безнос были наказаны за свои непристойные слова и отпущены домой на Украйну.