Правительство отстранило донос Логвиненка на гетмана, сослало в Архангельск знатного козака Забелу, старавшегося выставить в подозрительном свете поведение Скоропадского; но доносы продолжались, и в мае 1713 года гетман писал Головкину, что объят размышлением: от начала гетманства своего имеет несносные скорби от злобных и безбожных клеветников, не только мирских, но и духовных. Канцлер по-прежнему уверял его, что царское величество о верности его довольно известен. Скоропадский по характеру своему был мало опасен, но могли быть опасны полковники. Фельдмаршал Шереметев в начале 1713 года писал о необходимости переменить четырех подозрительных полковников — стародубского, лубенского, нежинского и прилуцкого. Головкин отвечал ему: «Ваше сиятельство об них уже давно были сведомы, а в бытность свою здесь прошлого лета царскому величеству не доносили и после не писали, а теперь, при наступлении кампании, в ожидании неприятельского прихода переменить вдруг четырех полковников видится непристойно и небезопасно, к тому же не знаем заочно, кого на их место определить добрых и верных».
Кроме подозрительных полковников беспокоило правительство сильное неудовольствие в низшем слое малороссийского народонаселения. Изменничий гетман Орлик писал крымскому хану, что малороссийский народ, приведенный в отчаяние московским тиранством, ждет его. Орлика, как избавителя. Малороссийский народ действительно терпел много, только не от московского тиранства. Стольник Протасьев, остававшийся при гетмане в качестве министра государева, писал Головкину в 1714 году, что черный народ сильно отягощен своими полковниками и сотниками, крестьяне и козаки беспрестанно на них работают, мельницы строят, сено косят, домы в городах и на хуторах строят, да, кроме того, на ратушские расходы бывают беспрестанно денежные поборы. Протасьев писал также, что полтавскому полковнику Черняку нельзя долее оставаться на своем месте, потому что «кроме всякого своего непостоянства и легкомыслия» он непросыпный пьяница, а Полтавский полк ко всяким шатостям других полков склоннее; полтавская старшина просила гетмана, чтоб быть у них полковником Василию Кочубею; Протасьев с своей стороны писал, что надобно Кочубею дать это место: пусть, смотря на это, и другие служат царскому величеству так же верно, как отец Кочубея. Василий Кочубей хотя и молод, но человек изрядный и умный, а в Полтавском полку такой верный человек нужен. На Черняка донес полтавский житель Данила Кондак, которого полковник посылал в Запорожскую Сечь сказать кошевому Костке Гордеенку и прочим козакам: «Не кланяйтесь царю: еще виселицы московские не наполнились, и если поклонитесь, то, конечно, наполнятся вами». Отпуская Кондака в Сечь, Черняк говорил ему: «Видишь меня теперь паном, а вперед надеюсь быть чем-нибудь и больше».
Вследствие донесений Протасьева в начале 1715 года гетман получил царскую грамоту, в которой говорилось, что полковники выбирают во всякие полковые должности и в сотники по своей воле, не объявляя гетману, выбирают по своим страстям, из взяток, и некоторые из выбранных ими подозрительной верности и люди недостойные; кроме того, полковники и выбранные ими старшины и сотники отягощают козаков и простой народ разными налогами и взятками. Вследствие этого государь приказывал, чтоб вперед, когда опростается в полку место старшины или сотника, то полковник обязан созвать раду из полковой старшины и сотников, по общему приговору выбрать двоих или троих людей заслуженных и неподозрительной верности и прислать их к гетману, который из них выбирает одного, и избранный приводится к присяге на верность царю в присутствии стольника Протасьева; тех, которые были в явной измене и определены в полковую старшину и сотники, сменить; наконец, гетману приказывалось смотреть накрепко, чтоб козакам от полковников и других чиновников никаких обид не было. При посылке этой грамоты Головкин писал Протасьеву: «Разведайте и отпишите, как эта царская воля в Малороссии будет принята; извольте всем вбивать в голову то, „что царское величество делает это, жалея о них“.
Полковникам, разумеется, царское распоряжение не понравилось: на них жаловались, что разоряют простой народ, они жаловались, что разоряют народ москали своими войсковыми поборами, а виноват был гетман, который по своей слабости все позволяет. Вместо слабого Скоропадского назначали в гетманы черниговского полковника Полуботка, говорили: «Нынешний гетман человек смирный, за Украйну стоять не умеет, кто ни нападет, все дерут; если бы дождаться, как будет гетманом черниговский полковник, не так бы он за Украйну стоял и москалям ее разорять не давал; в его полку без его указа москали ничего не берут». В Соснице 27 июня праздновали Полтавскую победу; случился тут слуга Полуботков Федор Стычинский молебну не пошел; когда его один из сосницких жителей спросил, отчего он не был в церкви, Стычинский сказал: «Чему вы праздновали, за что бога благодарили?» «За то, что царь победил шведа и проклятого Иуду Мазепу», — отвечали ему. — «Не Мазепа проклятый Иуда, — сказал Стычинский, — а нынешний гетман проклятый Иуда, потому что не стоит за Украйну и москали ее разоряют; и как будет наш полковник гетманом, не так будет за Украйну стоять, и не будут ее москали разорять. Вся Украйна надеется, что нашему полковнику быть гетманом, и нам, слугам его, больше гетманских почесть отдают». Стычинского били кнутом и сослали в ссылку.
Слабый Скоропадский, боясь всех и желая угодить всем, разумеется, не угождал никому: в Малороссии жаловались на него, что он позволяет все москалям, а в Москве знали, что гетман позволяет все малороссиянам в ущерб государственным интересам. Несмотря на то, правительство не желало перемены гетмана и избегало случаев оскорблять его. Были поданы доносы о злоупотреблениях гадяцкого полковника Черныша, зятя гетманского. Доносы оказались справедливыми, Черныша нельзя было долее оставлять в Гадяче, но не хотели обидеть гетмана, и Головкин в январе 1715 года писал Протасьеву: «Надлежит вам гетману объявить, что когда он будет по указу царского величества выбирать и назначать в генеральные старшины, то между другими написал бы и зятя своего, гадяцкого полковника Черныша, потому что, по доношениям на него и жалобам в обидах, царское величество не изволит ему больше быть полковником в Гадяче; по сие время мы терпим для гетмана, потому что отнятие поковничества у зятя его не может ему, гетману, быть без зазору. Надеюсь, что г. гетман примет это объявление за знак моей к нему приязни, ибо лучше зятю его быть в чине генеральной старшины, нежели просто». Прошло несколько месяцев, гетман не сделал ничего относительно Черныша и в июле получил царскую грамоту: «В Малороссии для управления войсковых генеральных судов было прежде всегда по два человека, а теперь один Туранский, и тот уже стар, и ему одному управлять не без трудности; о выборе в генеральную старшину на праздные места писано было к тебе, подданному нашему, однако по сие время никто не выбран, а ты о том к нам не писал. Поэтому мы, милосердуя о народе малороссийском, дабы в судах войсковых не было каких затруднений, указали быть другим судьею генеральным полковнику гадяцкому Ивану Чернышу». Вместо Черныша полковником гадяцким был назначен уже известный нам сербский выходец Милорадович.
До нас дошла длинная перечень злоупотреблений, какие позволяли себе полковники и сильные люди в Малороссии: 1) Много сел роздано людям, замешанным в измену Мазепину; много сел роздано изменничьим сродникам, попам и челядникам, которые служат в дворах. 2) Гетман должен запретить полковникам разорять простой народ и отягощать работами, тогда как слух пущен в народ, будто он отягощен вследствие сбора провианта на царскую армию и будто малороссийские жители от этого отягощения врознь расходятся. 3) Гетман жалуется, что во всех полках козаки обезконели, давая подводы проезжим великороссийским людям, и поэтому козаков теперь мало; а по доношениям малороссийских обывателей оказывается, что число козаков уменьшается от работ на полковников и от того, что полковники многих старинных козаков в подданство себе завели. Нежинский полковник в одной Верклеевской сотне поневолил больше 50 человек; полтавский полковник Черняк почти целую сотню Нехворощенскую поневолил, а другими козаками поменялся на мужиков с чернецами Нехворощенского монастыря; Переяславского полка Березинской сотни баба Алексеиха Забеловна Дмитрящиха больше 70 человек козаков поневолила. 4) Полковники без воли гетманской в полках своих села, деревни и мельницы раздают не только родне своей и другим посторонним, но и челяди своей. 5) Многие, которые оказались в явной измене, живут свободно, а иным уряды и маетности даны, генеральная старшина и полковники к таким особливый респект имеют: писарь генеральный Григорий Шарогородский был в явной измене, но когда пришел из Бендер от Орлика, то поставлен в местечке Городище урядником. 6) Гетман жалуется, что генералы и офицеры, стоящие на квартирах, на кухни свои с ратушей требуют всяких запасов, и оттого в иных городах ратуши стали пусты; но здесь малороссияне сами доносят, что, хотя такие запросы и бывали, и с народу для того на ратуши многие поборы идут, однако тем корыстуются полковники, сотники, атаманы и войты. В 1709 году положено было на дачу компанейским и сердюцким полкам брать со всякой продажной куфы горелки по два рубля; полковники, приезжая к гетману, показывают, сколько из этих покуфовных денег издержано бывает на ратушные расходы: зачем же еще сбирать на ратушу? 7) Полковники козаков, соседей своих по маетностям, принуждают за дешевую цену продавать свои грунты, мельницы, леса и покосы. 8) Многие из малороссиян покупают земли, мельницы, леса и покосы в великороссийских городах, в Путивльском, Рыльском и Севском уездах, а малороссиянам продавать свои земли великороссийским людям запрещено.