16 декабря 1700 года состоялся именной указ: Патриаршему приказу разряду не быть, а дела по челобитьям мирских людей на духовных и духовных на мирских отослать по приказам, где кто ведом; дела же о расколе и ересях ведать преосвященному Стефану, митрополиту рязанскому и муромскому. Митрополит Стефан (Яворский) назывался с тех пор «екзархом святейшего патриаршеского престола, блюстителем и администратором». Причина назначения малороссиянина Яворского предпочтительно пред Афанасием холмогорским, очевидно, заключалась в учености Яворского. Последний приехал в Москву в начале 1700 года в сане игумна Никольского пустынного монастыря; киевский митрополит Варлаам Ясинский прислал его вместе с игумном Златоверхого Михайловского монастыря Захарием Корниловичем к патриарху Адриану, прося посвятить одного из них на вновь учрежденную епархию Переяславскую (Переяславля южного). Но Петр нашел в Стефане человека, какой ему был нужен в Великой России, и потому он велел патриарху поставить его в архиереи на одну из ближайших к Москве епархий. В марте же очистилось место митрополита рязанского, и Адриан объявил Яворскому, чтоб готовился к посвящению. Тот стал просить, чтоб прежде позволили побывать ему в Киеве; патриарх не согласился и назначил 16 марта для посвящения. Утром в назначенный день архиереи и другие духовные лица собрались, по обычаю, в Крестовую палату к патриарху; послали на Малороссийское подворье за Стефаном: посланник возвратился с ответом, что игумна нет на подворье, уехал в Донской монастырь. Послали туда, Яворский не едет, а между тем уже часа с два в Кремле шел благовест; в другой раз послали в Донской монастырь взять упрямого игумна: Стефан отрекся решительно, что не поедет, не хочет быть архиереем. Патриарх рассердился, не велел пускать Стефана из монастыря и дал знать царю. Тот велел спросить у Стефана, что за причина такого поступка? Стефан написал: «Вины, для которых я ушел от посвящения: 1) писал ко мне преосвященный митрополит киевский, чтоб я возвращался в Киев и его во время старости не оставлял при его немощах и недугах; 2) епархия Рязанская, на которую меня хотели посвятить, имеет еще в живых своего архиерея, а правила св. отец не повелевают живу сущу архиерею, иному касатися епархии — духовное прелюбодеяние! 3) изощренный завистию язык многие досады и поклепы на меня говорил: иные рекли, будто я купил себе архиерейство за 3000 червонных золотых; иные именовали меня еретиком, ляшенком, обливаником; 4) не дано мне сроку, чтоб я мог приготовиться на такую высокую архиерейства степень очищением совести своея чтением книг богодухновенных». Это любопытное объяснение показывает, как смотрели в Москве на ученых малороссийских монахов, поставляемых на великороссийские епархии: некоторые (вероятно, те, которые сами хотели быть архиереями) не щадили для них названий еретика, ляшенка (полячишка). Но Петр, которого самого называли еретиком и антихристом, не обращал внимания на то, что говорили изощренные завистию языки: Стефан был поставлен митрополитом на Рязань и в том же году, как мы видели, был переведен в Москву.
За назначением Яворского блюстителем патриаршего престола немедленно последовали преобразования. В январе 1701 года указано ведать дом св. патриарха, домы архиерейские и монастырские дела боярину Ив. Алекс. Мусину-Пушкину; сидеть на патриарше дворе в палатах, где был Патриарший разряд, и писать Монастырским приказом . Все челобитные на духовных лиц, монастырских стряпчих, слуг и крестьян должны подаваться в Монастырский приказ, а челобитные духовных лиц, монастырских приказчиков, слуг и крестьян на разных чинов людей подаются в приказах, где кто судим. Монастырский приказ должен был переписать все монастыри, мужские и женские; сколько монахов и монахинь переписчики застанут в каких монастырях, тем и оставаться в своих монастырях неисходно, в другие монастыри их не принимать; разве по какой-нибудь важной законной причине монах может перейти в другой монастырь, и то с отпускным письмом от начальника прежнего монастыря. Мирские люди в монастырях жить не должны, чтецы и певцы должны быть монахи, дьячков-немонахов переписчики должны выгнать вон. Монахи в кельях наедине не должны ничего писать, чернил и бумаги не держать, писать должны в трапезе, в определенном месте, с позволения начальника, по преданию древних отец. В 1703 году для женских монастырей было подтверждено: из монастыря монахиням быть неисходными; если будет великая нужда выйти, то отпускать на малое время, часа на два и на три, с письмом и за печатью, писать, именно для какой нужды и на сколько времени отпущена, и за письмо и за печать отнюдь взяток не брать; монахини могут писать только в трапезе; постригать белиц должно не раньше 40 лет; ворота в монастыре должны быть всегда заперты, подле ворот должны стоять караульные; миряне входят только во время церковной службы, а в другое время могут входить не иначе, как с позволения игуменьи. Ни в мужских, ни в женских монастырях нельзя было никого постричь вновь без царского указа. Эти распоряжения объяснялись целым рядом жалоб предшествовавшего времени на ослабление нравственности в монастырях, на кочевую жизнь монахов и монахинь, производящих соблазн своим поведением; оправдывались и делами нового Монастырского приказа. В 1701 году у монаха были взяты воровские письма (приворотные к женскому полу): по Уложенью, его сожгли в срубе; в 1702 году пьяный монах убил другого до смерти: оказалось, что убийца был беглый крестьянин, постриженный без справки.