На место Димитрия митрополитом сибирским назначен был также малороссиянин Филофей Лещинский, эконом Киево-Печерского монастыря. Приехавши в Тобольск, Филофей рассмотрел в церквах божиих великое нестроение и обратился к Петру за средствами помочь беде. Филофей писал о необходимости завести в Тобольске школы и учить грамматике славянской и латинской, в ученики понудить от всякого чина детей, завести типографию великого государя казною, печатать буквари, часословы малые и псалтыри. Виниус доложил об этом государю и, с его слов, отвечал Филофею: «Преосвященному митрополиту паче простираться в учении славяно-российской грамматики, и чтоб вся, яже попу или диакону надобно знать, изучились и православной веры катехизис достаточно знали, и по согласию содержащей в ней артикул умели, и людей мирских учили; типографии в Тобольску не быть, а какие книги понадобятся, покупать в Москве». Филофей требовал, чтоб в Сибири каждый год все духовенство съезжалось на собор, один год — в Тобольск, а другой — в Енисейск, и когда архиерей или его посланные поедут в Енисейск или для обозрения епархии, то должны получать казенные подводы. Виниус отвечал: соборам, за дальностию и скудостию попов, быть не для чего и трудно, а паче ж из дальних городов и слобод. А чтоб православная вера без всякого препятия и споны управлялась благочинно, то выбирать ему (митрополиту) по городам и слободам надзирателей и старост добрых и искусных людей, которые б были жития беспорочного и св. писания божественного сведущих, и имя на себе носили трезвое и без всякого порока, и в подводах иметь рассуждение к иноземцам, затем что им, кроме того, великие от подвод тягости, разгоны б не учинить и разорения. Филофей просил: «Буде иноземцы похотят креститься в православную христианскую веру своею волею, и чтоб тем иноземцам ко крещению приходить свободно, без ясачных убытков, а никому не возбраняти». Виниус отвечал: которые иноземцы хотят волею своею креститься в православную христианскую веру, и их крестить, а неволею никаких иноземцев не крестить и ясак с них не складывать, только их спрашивать, какой ради причины приходят ко св. крещению, велеть им учинить исповедь. Которые татары или иные иноземцы пойманы в смертных винах и похотят креститься на том, чтоб быть им живым, и таких, буде с верою совершенно приступают, окрестя и дав им время довольное на покаяние, потом учинить по Уложению и по градским законам, да всякие беззакония истребятся, и которые языка, ниже веры сведомы, и тех скоро не крестить, да не будет вере православной от них поругания, делать в том со многим опасьством и рассмотрением, испытуя вины, чего ради который иноземец крещения пожелает, внимали б словесы спасителевы, реченные: сице кто верует и крестится, спасен будет. Филофей просил: церковных раскольщиков, отступивших от св. церкви и в упрямстве необратно стоявших, истребляти, а прочих, где явятся, всякими наставленьями приводить до соединения св. церкви, а непокоряющихся — домы их разграбляти на великого государя, а их смерти предавати. Ответ: учинить непокаянным расколыцикам по прежним указам, только того смотреть, чтоб, ложными покаяниями избыв смерти, не начали тайно простых и неутвержденных людей в свои прелести привлекать или, ушед в пустынные места, собираясь по-прежнему, людей льстить и зажигать, а которые раскольщики, собрав людей, сожигали, а сами уходили, и таким ворам, по истинному свидетельству, хотя и покаются, самих без всякой пощады во страх иным, таким же ворам, сжечь.
Говоря о достоинстве архиереев, которых Петр назначил из ученых малороссийских монахов для распространения просвещения между великороссийским духовенством, не забудем преданий о деятельности лучшего из великороссийских архиереев, знаменитого не школьною ученостью, но святостию жизни и сходившегося с Петром в усердном радении о благе родной земли. В то время, когда другие духовные лица очень косо смотрели на нововведения, разорявшие, по их мнению, монастыри и архиерейские дома, воронежский епископ Митрофан прославлял намерения государя относительно заведения флота и убеждал народ всеми силами помогать царю в великом деле, но одними словами епископ не ограничивался: он привез царю последние оставшиеся у него 6000 рублей на войну против неверных и постоянно потом отсылал накоплявшиеся у него деньги к государю или в адмиралтейское казначейство с надписью: «На ратных». Легко понять, как Петр должен был смотреть на такого архиерея: не любя жертвовать ни для кого и ни для чего ничем из вновь вводимого, Петр в угоду воронежскому епископу велел снять статуи языческих божеств, украшавшие домик его в Воронеже, и горько оплакивал кончину святого старца.
Но было много людей, которые не разделяли взгляда воронежского епископа на тягости эпохи преобразования. Мы уже видели, как начались и как выражались неудовольствия на Петра за его нововведения; нововведения продолжались, началась война, потребовавшая больших пожертвований людьми и деньгами, рекрутская повинность впервые предстала народу со всею своею печальною обстановкою, и ропот усиливался. Крестьянин роптал: «Как его бог на царство послал, так и светлых дней не видали, тягота на мир, рубли да полтины, да подводы, отдыху нашей братьи крестьянству нет». Сын боярский говорил: «Какой-де он государь? Нашу братью всех выволок в службу, а людей наших и крестьян побрал в даточные, нигде от него не уйдешь, все распропали на плотах, и сам он ходит на службу, нигде его не убьют; как бы убили, так бы и служба минулась и черни бы легче было». Крестьянки, солдатские жены, кричали: «Какой он царь? Он крестьян разорил с домами, мужей наших побрал в солдаты, а нас с детьми осиротил и заставил плакать век». Холоп говорил: «Если он (Петр) станет долго жить, он и всех нас переведет; я удивляюсь тому, что его по ся мест не уходят: ездит рано и поздно по ночам малолюдством и один, и немцам ныне времени не стало, потому что у него тесть Лефорт умер; какой он царь? враг оморок мирской; сколько ему по Москве ни скакать, быть ему без головы». Монах говорил: «Навешал государь стрельцов, что полтей, а уже ныне станет их солить». Другой монах сказал на это: «Эти полти даром не пройдут, быть обороту от последних стрельцов». Нищий говорил: «Немцы его обошли: час добрый найдет — все хорошо, а иной найдет — так рвет да мечет, да вот уж и на бога наступил: от церквей колокола снимает». Слышались слова: «Мироед! Весь мир переел; на него, кутилку, переводу нет, только переводит добрые головы!»
И при царе Алексее Михайловиче были сильные жалобы на отягощение народное, жалобы, оканчивавшиеся бунтами, и при царе Алексее Михайловиче Никон, Иосиф коломенский жаловались, что монастыри разорены. Но при этих жалобах если не архиереи вроде Никона или Иосифа коломенского, то народ обыкновенно щадил особу царя, складывал всю вину на бояр. Сын царя Алексея не пользовался этим преимуществом, потому что сблизился с немцами, ездил в их землю, обрился, оделся по-немецки, других заставлял делать то же, царицу сослал в монастырь, вместо нее взял немку Монсову. Сделана была попытка поднять православных против брадобрития: в мае месяце 1700 года в семи верстах от Троицкого монастыря, на большой московской дороге, у креста прибили лист против брадобрития. В Суздале подкинут был точно такой же лист у городских ворот во время проезда через них келейника архиерейского казначея; в Юрьеве Польском тот же лист явился прибитым у ворот Архангельского монастыря. Попытка не удалась; высказывались опасения, что дело не ограничится одними бородами; монах говорил: «Государь ездил за море, возлюбил веру немецкую: будет то, что станут по середам и пятницам бельцы и старцы есть молоко».