12 февраля приехал Кисельников с челобитчиками в Москву. Чтение повинной и рассказы челобитчиков произвели такое сильное впечатление на боярина Головина, что он решился просить царя о безусловном помиловании. «Довольно говорил я с ними, — писал Головин Петру, — все кажутся верны и мужики добры. Изволь, государь, хотя себя понудить и показать к ним милость. А послать их к тебе надобно было непременно, понеже гораздо верно уверятся и во всяком страхе и послушании будут, а нам лучшие воры немного верят. Только и в нас не без воров бывало ». Произвела ли повинная и на Петра такое же впечатление, хотел ли он поскорее покончить на востоке, по затруднительности обстоятельств на западе, или, что всего вероятнее, оба побуждения действовали одинаково сильно, — только царь послушался совета Головина и отпустил челобитчиков с грамотою, в которой заключалось всепрощение. Но умные люди в Астрахани распорядились иначе. Мы видели, как они распорядились по получении первой царской грамоты, в которой обещалось помилование народу с условием выдачи заводчиков: об этом условии астраханцы промолчали, присягнули, положили наказывать тех, кто впредь затеет что-нибудь, и под видом повинной послали царю изложение причин восстания. Как принял царь эту повинную — они не знали, а между тем Шереметев приближался с войском, которого не было и трех тысяч, следовательно, можно было надеяться на удачное сопротивление; удача доставить союзников, и, как видно, у заводчиков почему-то не исчезла надежда на возможность похода к Москве.
Шереметев достиг Казани в конце 1705 года; здесь почему-то ему очень не понравилось. «Я в Казани живу, как в крымском полону, — писал он Головину, — не пишу к тебе ни о чем здешнем; желал бы я сам вас видеть; писал я к самому капитану (Петру), чтобы указал мне быть к себе; ныне подай помощи, чтобы меня взять к Москве». Зная хорошо своего фельдмаршала, тяжелость его на подъем и страсть бывать в Москве под каким бы то ни было предлогом, капитан послал к нему сержанта Щепотева с письмом (от 10 января): «Указ посылаю ныне к вам с сержантом господином Щепотевым, которому велено быть при вас на некоторое время, и, что он вам будет доносить, извольте чинить». Щепотеву был дан наказ: объявить фельдмаршалу, чтоб: «1) оставить в Казани Афанасия Дмитриева, да с ним конных 1000 человек из дворян, из иноземцев и из новокрещеных, да мурз 500 человек, поместных добрых, да пеших полк, который придет с Москвы, да Казанский полк 500 человек. 2) Самому с достальными со всеми идти, и конечно сим путем дойти до Саратова и стать в Саратове, расставить в удобных местах войско до весны; также полк послать (кроме низовцев) в Дмитриевской, другой на Царицын. 3) Самому как возможно совсем по весне рано идти до Царицына, чтоб за довольное время предварить воровской замысл. 4) Смотреть, чтоб все по указу исправлено было, и, буде за какими своими прихоти не станут делать, и станут, да медленно, говорить, и, буде не послушают, сказать, что о том писать будешь ко мне».
Головин писал Шереметеву: «Тебе, мой государь, конечно надлежит быть в Саратове, чтобы его величество не раздражать». Шереметев двинулся. Но Петр не ограничился одним этим движением и 1 февраля писал Головину, чтоб послать в Казань морскую команду, выбрать там 5 судов, поставить на них по 12 или по 8 пушек и тотчас по взломании льду сплыть к Царицыну и стать там на якорях выше разделения Ахтубского: суда эти, писал Петр, лучше 10000 войска могут воров вверх не пропустить; царь приказывал также, чтоб половина морских офицеров, посылаемых к Царицыну, умела по-русски; с Саратова жилых половину, пришлых всех выслать в Польшу; половину синбирян, сызранцев, дмитриевцев выслать и поставить на станции по замосковным городам.
Чтобы уничтожить или по крайней мере ослабить главную причину неудовольствия, Петр дал следующий указ доверенному человеку, казанскому вице-губернатору Никите Кудрявцеву: «Во всех низовых городах ведать податьми и сбирать, також и сымать оные или паки наложить ради нынешнего там смятения астраханского, и сие чинить, смотря по времени, месту и людям, и всячески тщиться, чтоб утешать, и ниоткуда для сборов податей указу ничьего не слушать, а что невозможно будет делать, об указе писать ко мне и в том тщиться с таким прилежанием, как богу и здешнему суду добрый ответ дать». Насчет черноярцев писал Головину: «Буде черноярцы с донскими козаками уговорятся в том, чтоб их вину простить, велеть уговаривать». На вопрос Щепотева: «Что доброе сделается на Черном Яру, что с ними делать?» — отвечал: «Кроме прощенья и по-старому быть, иного ничего; также и везде не дерзайте ни точию делом, ни словом жестоким к ним поступать под опасением живота».
Черноярцы покорились, хотя не искренно. Шереметев обошелся с ними сурово и велел отобрать оружие. «У черноярцев, — писал Петр, — вы ружье отбирали напрасно, и удивляюсь, что просите указу, что делать с (черноярцами) зачинателями и с астраханцами, ежели покорятся? К вам многократно от меня и от г. адмирала (Головина) писано: конечно всех милостию и прощением вин обнадеживать, и, взяв Астрахань, отнюдь над ними и над заводчиками ничего не чинить, и черноярцам ныне объявить, что ружье у них отобрано только до тех мест, пока и астраханцы покорятся и вину принесут, и тогда по-прежнему то ружье им отдано будет, и привесть их ко кресту в верности, а и зачинщиков причинных ничем не озлоблять и только их перепоручить и дать им жить на свободе, и всяко тщитися, чтоб ласкою их привлечь и чтоб они о своем состоянии писали и к астраханцам, и под Астраханью без самой крайней нужды никакого жестокого и неприятельского поступка не восприимать, и то ежели разве они по приезде своих челобитчиков и по получении нашей грамоты и по многим твоим добродетельным присылкам весьма упорны явятся и не покорятся, чего мы, по отпискам их к тебе, быти не чаем».
Случилось последнее, чего не чаял Петр. Головин дал ему знать, что у астраханцев «не без шалости: только, государь, с помощию вышнего, в сем не изволь сумневаться; лучшее разве то воры себе учинят, что разбегутся (хоть к черту истинно и в Аграхани в два лета все исчезнут), а если им возмущать и бежать на Дон, ей, никогда не пристанут, и милостию твоею козаки довольны и верны». Астраханцы не побежали на Дон, но не побежали и на Аграхань. 9 марта выехали из Астрахани навстречу к Шереметеву, к урочищу Кичибурскому Яру, Спасского монастыря архимандрит Антоний и с ним четыре человека астраханцев; они подали фельдмаршалу письма от митрополита Самсона и от Георгия Дашкова. Этот Георгий Дашков был строитель астраханского Троицкого монастыря, присланный туда из большого Троицкого Сергиева монастыря, от которого астраханский зависел. Дашков в последнее время отличался своею ревностию в увещании бунтовщиков и играл главную роль между духовными лицами, потому что митрополит от старости был очень слаб. Дашков также постоянно переписывался с Шереметевым и теперь с Антонием писал, что в Астрахани началось снова смятение и несогласие, одни остаются верны, другие опять склонны к возмущению, и от того между ними распря; Дашков просил, чтоб Шереметев скорее шел в Астрахань.
Против урочища Коровьи Луки на Волге, в 30 верстах от Астрахани, встретили Шереметева Воскресенского монастыря архимандрит Рувим, Георгий Дашков, стрелецкие пятидесятники и десятники, армяне, индейцы, бухарцы, юртовские татары, человек с сорок, и объявили, что весь народ астраханский готов его встретить. Шереметев отвечал, что государь их простил и чтоб они вины свои заслужили. Но, как видно, с удалением людей, противных бунту, Яков Носов с товарищами осилили. Когда приехал в Астрахань посланный Шереметевым с письмом к старшине сызранец посадский человек Данила Бородулин, то в кругу Яков Носов, по многих разговорах, сидя перед кругом за столом, говорил посланному: «Здесь стали за правду и за христианскую веру, коли-нибудь нам всем умереть будет, да не вовсе бы и не всякой так, как ныне нареченный царь, который называется царем, а христианскую веру порушил: он уже умер. душою и телом, не всякому бы так умереть». В это время в кругу читали присланное из Черного Яра письмо, чтоб на Черный Яр прислать силы на помощь, ибо идет с войском князь Петр Хованский. Во время чтения Носов, опершись локтем на коробью и наклонясь, говорил Бородулину тихонько: «Ведь мы не просто зачали! Это дело великое: есть у нас в Астрахани со многих городов люди, и не одно черноярское письмо, есть у нас письмо из Московского государства от столпа от сущих христиан, которые стоят за веру ж христианскую». Бородулин побоялся спросить его, кто писал? потому что тут обступили их со всех сторон и расспрашивали с криком. Потом принесли в круг хлеба, вина, пива; Носов поднес Бородулину ковш вина, тот принял и сказал: «Дай боже благочестивому государю многолетно и благо получно здравствовать!» На это отозвался старшина, московский стрелец Иван Луковников: «Какой он государь благочестивый! Он неочесливый, полатынил всю нашу христианскую веру!» Бородулин заметил Носову, зачем старшина такие нечестивые слова говорит? Носов, рассмеявшись, отвечал: «Не все перенять, что по Волге плывет: мужик он простой, что видит, то и бредит». В то же время в кругу раздавались крики: поносили государя всякими бранными словами: «Не сила божия ему помогает, ересями он силен, христианскую веру обругал и облатынил, обменный он царь. Идти ли нам, нет ли до самой столицы, до родни его до Немецкой слободы и корень бы весь вывести; все те ереси от еретика, от Александра Меншикова». На третий или на четвертый день Носов с старшинами пришли к Бородулину на постоялый двор и потчевали его вином; Бородулин, взявши ковш, говорил: «Дай, господи, великому государю на много лет здравствовать» и, выпив, стал подносить Носову, но тот отвечал: «Я про его здоровье пить не стану: как нам пить про такого православных христиан ругателя? Что вы не образумитесь? Ведь вы и все пропали, обольстили вас начальные люди милостию, пропали вы душою и телом». На отпуске Носов говорил Бородулину: «Бог тебе в помочь, поезжай! Вот тебе подводы; управляйтесь с князьями и боярами, а в городах с воеводами, на весну и мы к вам будем».