11 марта Шереметев ночевал на Долгом острове, в 10 верстах от Астрахани; сюда приехали из города бурмистры и донесли, что они ушли, а в Астрахани стрельцы волнуются и не хотят пускать фельдмаршала в город. Шереметев придвинулся еще ближе к Астрахани и с Балдинского острова (в 2 верстах от города) послал письмо, чтоб перестали бунтовать. Ответа не было, а пришло несколько дворян с вестию, что астраханцы из слобод перебрались в город, расставили и зарядили пушки, собрали гулящих людей, роздали им ружья и порох и написали между собою письма, что стоять всем вместе. Оставленные жителями слободы стали гореть. Тогда Шереметев послал полк в Ивановский монастырь, чтоб спасти его и хлебные магазины, находившиеся подле монастыря. 12 марта Шереметев сам приехал в монастырь: бунтовщики начали приступать к монастырю и кинули три бомбы, но Шереметев отбил их и послал за остальным войском. Когда оно пришло и начало строиться, то бунтовщики вышли на вылазку за реку Кутумову. Царские войска дали залп; бунтовщики побежали, покинув пушки и знамена, засели в Земляном городе и начали стрелять с вала. Солдаты взяли вал приступом и гнались за бунтовщиками до Каменного города к самым Вознесенским воротам, побрали пушки и мортиры. Так как бунтовщики жестоко отстреливались из Кремля, то Шереметев велел полкам отступить от него и расставил их в Земляном городе по улицам и отсюда велел метать бомбы в Кремль, а между тем послал к осажденным увещание к сдаче. Вечером того же 12 числа вышли из Кремля пятидесятники и десятники с повинною, а на другой день, 13 марта, вышли старшины — Яков Носов и только что перед тем выбранный атаман из донских козаков Елисей Зиновьев с просьбою о прощении. Шереметев велел всем положить оружие, а печать и ключи отдать митрополиту; все это было исполнено; бунтовщики вынесли даже к воротам топор и плаху. Того же 13 марта Шереметев пошел строем в Кремль; когда он шел, то по обеим сторонам улицы астраханцы лежали на земле. У ворот кремлевских встретил победителя митрополит, и пошли все в собор для благодарственного молебствия.
Взятие Астрахани стоило Шереметеву 20 человек убитыми и 53 ранеными. Бунт был сломлен, но заводчики ходили по воле: Шереметев боялся без указа перехватить их и писал Головину: «Здешний народ учинил то все от неволи, и, конечно, надобно, чтоб здесь было людей (воинских) больше старого, а Носов великий вор и раскольник, и ныне при нем все его боятся и в шапке с ним никто говорить не может, и надобно его и других заводчиков и Яхтинский полк вывесть к Москве: то здешние люди успокоятся и об них тужить на будут. Московского полка бунтовали немногие; только есть из них заводчики, а я без указу выслать их не смею, и надобно вскоре указ о том выслать, а как вода разольется, боюсь, чтоб не разбежались, а удержать их нельзя. Я такого многолюдства и сумасбродного люду от роду не видал, и надуты страшною злобою, и весьма нас имеют за отпадших от благочестия. Как надуты и утверждены в такой безделице!»
Участники бунта были перехвачены и отправлены в Москву: здесь их колесовано, казнено и умерло во время продолжительного розыска 365 человек.
Требуя указа насчет зачинщиков бунта, Шереметев в то же время жаловался на сержанта Щепотева, который имел неосторожность отправиться в Астрахань прежде Шереметева, был захвачен бунтовщиками и сидел с ними вместе в Кремле 12 марта. Шереметев писал об нем Головину: «Как Михайла Щепотев сидел у них в городе, и они чаяли, что он-то и пущий будет в промыслу и бомбардир: для того больше и держались. А как я вошел в город и пришел на свой двор, и он, Михайла, говорил во весь народ, что прислан он за мною смотреть, и что станет доносить, чтоб я во всем его слушал. И я не знаю, что делать? А за грехи мои припала мне болезнь ножная: не могу ходить ни в сапогах, ни в башмаках, а лечиться здесь не у кого. Пожалуй, не остави меня здесь». Потом писал: «Если мне здесь прожить, прошу, чтоб Михайла Щепотева от меня взять. Всенародно говорит, что хочет меня государю огласить, не знаю чем, и с Александром Даниловичем ссорить, и говорит: „Я де тебя с ним помирю“, и непрестанно пьян. Боюсь, чтоб надо мною не учинил; ракеты денно и ночно пущает: опасно, чтоб города не выжег». А Щепотев писал царю: «Извествую милости твоей: по указу твоему я господину фельдмаршалу кое о каких нуждах, которые надлежит исправлять, наипаче к опасению твоих государевых сборов, чтобы утраты не было, доносил, и его милость сказал мне: „Я твоих слов слушать не хочу, и впредь с такими доносительными словами ко мне не ходи“. И я ему то доносил, что я стану до вашей милости писать, и он мне велел о том до вашей милости писать и отпускал меня из Астрахани к милости твоей, и я не смею ехать. Да который дьяк обретается у фельдмаршала, приличился во взятках, и я ему, фельдмаршалу, про те взятки доносил, чтоб розыскать, и он, фельдмаршал, про него не розыскивает и приказал в Астрахани ему, дьяку, приход и расход таможенный и кабацкий и раздачу животов, которые граблены были, и, как животы раздают, фельдмаршал меня не призывает».
Петр не выдал Щепотева Шереметеву и не умалил значения шереметевского дела вследствие донесений Щепотева. В ответ на извещение о взятии Астрахани он писал фельдмаршалу: «Письма ваши принял и за неизреченную божию милость господа бога благодарили с изрядным триумфом, которою викториею над сими проклятыми воры вам, яко виновным оной виктории, поздравляем; за который ваш труд господь бог вам заплатит, и мы не оставим». Это неоставление заключалось в денежном окладе и пожаловании более 2400 дворов; сын Шереметева был назначен из комнатных стольников в полковники. Когда Меншиков объявил Шереметеву царскую милость, то фельдмаршал был очень весел и обещался больше на болеть. Но и Щепотев получил от государя также письмо: «Благодарствуем вам за ваши труды и прочее. По получении сего письма вы поезжайте к нам наперед тогда, как фельдмаршал с полками из Астрахани к Смоленску пойдет». По отъезде Шереметева управлять успокоенною Астраханью назначен был князь Петр Ив. Хованский.
Астраханский бунт, ограниченный одною местностию, нетрудно было затушить, когда донские козаки не дали ему разгореться. Мы видели причину этому; видели, как Петр был приятно изумлен невмешательством козаков, тем более что вести о волнениях на Дону не переставали приходить в Москву. Летом 1700 года дано было знать с персидской границы, что козаки, которые, учиня воровство, побежали с Дону к персидским границам человек с 500, осаждены от тамошних разных владельцев близ Каспийского моря, а которые из них вышли было на море для воровства над торговыми судами, разобраны ратными людьми, высланными из Астрахани. В том же году стольник и воевода князь Петр Дашков дал знать с Камышенки, что, собравшись, воровские козаки пришли под табуны и отогнали у ратных людей много лошадей. Воевода послал за ворами отряд войска, который отбил лошадей и захватил четырех воров; в расспросе и с пыток воры сказали: пошли они в прошлых годах из дворцовых сел, а в нынешнем 1700 году зимою с Медведицы городка Чернагая козак Нестерко Зиновьев прибрал к себе воров из разных козачьих городков и стал с ними станом на реке Медведице в луке, откуда посылал отгонять лошадей из полку князя Дашкова; на этих лошадях хотел атаман Нестерко ехать по городкам, по Медведице и Дону, звать вольницу и ехать на Аграхань через степь к козаку Костке Иванову, который прежде был в Паншине атаманом: присылал Костка товарища своего Губана с Аграхани на Дон для подговору в разные козачьи городки; в совете были и хотели идти на Аграхань поп Максимка Григорьев, Филка Архипов, прозвище Кисельная Борода, и множество других козаков из разных мест; умышляли — пришед на Аграхань, выходить на море и на Волгу-реку под Царицын для воровства и разоренья всяких людей и стругов. Прежний вор и раскольщик Митька Татаркин, который жил на Медведице в раскольничьем городке и ушел оттуда во время приходу государевых людей, теперь живет на Медведице же, в Черкасове, в юртовских гулебных станах, с товарищами, человек с 20, с женами и детьми, и к нему писали с Дону из Черкаского о совете два козака, чтоб им, соединясь, идти на Аграхань для воровства; Митька всем им велел готовиться, и к воровскому походу теперь готовы и хотят идти многолюдством, а как он, Митька, пойдет, и от него во всех верховых козачьих городках немногие люди останутся, потому что к его воровству все пристанут и слушают его во всем.