К великому непорядку в обоих народах присоединилось козацкое восстание на Украйне. Коронный гетман Яблоновский поставил над козаками польской Украйны наказным гетманом Самуся, который жил в Виннице. Потом, когда заключен был с турками мир, то польское правительство запретило Самусю называться не только гетманом, но и полковником, велено было распустить всех козаков, которым указаны для жительства разные места, а самому Самусю велено жить в Богуславле, где он сделан осадником с правом начальствовать над всеми людьми, которых он перезовет на поселение, осадит . Но когда Самусь осадил значительное число людей в Богуславле, то обозный коронный Яблоновский, сын покойного гетмана, прислал от себя туда на староство поляка и жидов для сбора таможенных и других пошлин, а у Самуся приказал отобрать войсковые клейноты — булаву, бунчук, печать и пять пушек. Самусь перебил присланных старосту-поляка и жидов, после чего пошел с своими людьми в Корсунь, убил тамошнего губернатора, всех польских драгун и жидов, сделал то же самое в Лысянке и, намереваясь идти под Белую Церковь, написал 24 июля следующее письмо наказному полковнику переяславскому: «Благодарим всемилостивого бога, что наши враги не утешились: они не только на самого меня, старца, наветовали, но и весь народ христианский приговаривали под меч и на все Заднепрье хвалились. Знаю, что оскорбится на меня господин гетман, что без указу его я это сделал, однако я по своей обиде принужден разбрататься с ляхами, и не только из Корсуни, но и изо всех городов украинских их выгнал, и сами мещане неверных жидов выбили, послыша от них отягчения, склоняясь под высоковладетельную державу царского величества и будучи готовы за веру христианскую умереть».
Извещая Головина об этих событиях, Мазепа заметил: «Сдается мне, что эта война нам не очень противна, потому что господа поляки, увидавши из поступка Самуся, что народ наш малороссийский не может под их игом жить, перестанут о Киеве и об Украйне напоминать. Рассуждаю и то: не знаю, смел ли бы Самусь приняться за такое дело один, потому что человек он простой, писать не умеет; не подучен ли он королем встать против Яблоновских как неприятелей королевских? Если Самусь обратится ко мне за помощию, что мне делать?»
Мазепа кроме короля искал еще человека, который подучил Самуся. Мазепа послал к Палею с запросом: «Скажи по совести христианской правду: за твоим ли советом и ведомом Самусь на той стороне начал бунты против поляков?» Палей отвечал под присягою, что Самусь начал дело не по его совету, но за его ведомом, потому что не раз писал к нему с жалобами на утеснения от поляков и жидов. Мазепа дал знать в Москву, что, по его мнению, Палей тут советник: и пасынок его находился в Корсуне, когда там начали бить поляков и жидов, и сват его Искра, полковник богуславский, был помощником Самуся во всем.
Огонь, зажженный Самусем, разгорался все более и более, по выражению Мазепы: во всей стране, от низовьев Буга и Днепра по реку Случь, по городкам и селам старосты и жиды были побиты, другие от страху побежали в глубь Польши, крича, что наступила на них другая Хмельнищина. Палей отправил под Белую Церковь на помощь Самусю полторы тысячи своего войска. Мазепа не помогал явно, не брал Самуся под свое регименторство, но посылал ему порох и свинец, «чтоб его вовсе от себя не отогнать». От Белой Церкви Самусь принужден был отступить, но за то взял Немиров и не оставил в них ни одного поляка и жида. Соединясь с Палеем, Самусь 16 октября поразил и поляков под Бердичевом, взяли замок и всех поляков вырубили, после чего возвратились под Белую Церковь и взяли ее в начале ноября.
13 ноября Долгорукий писал к Головину: «Был я в доме у канцлера корунного, который сказывал, что с Украйны приходят к ним неполезные ведомости: козаки великие бунты завели, город Немиров и другие места взяли, шляхту бьют мучительски: и руки секут, и носы режут, у духовных бороды с кожею обдирают и из них бунчуки себе делают, и будто больше 4000 побили всякого чина, почему они, поляки, принуждены нанять крымских татар 25000 себе в помощь. На то ему, канцлеру, от меня отповедано, что такое им разорение делается факциями и злохитрым неприятельским происканием, а его царское величество для дружбы королевского величества, и к тому жалея о том разорении Речи Посполитой, изволил довольный указ дать своему гетману Мазепе, дабы козаки его царского величества к тем бунтам не приставали и всеми мерами от того дурна были удержаны, и по указу его монаршему гетман Мазепа по пограничным местам войска свои расставил и пропускать козаков не велел, и чтоб Речь Посполитая со стороны его царского величества ничего не опасалась».
Действительно, 28 декабря 1702 года от царского имени посланы были к Самусю и Палею грамоты: «О том вам ведомо подлинно, что с нами, великим государем, брат наш, его королевское величество польский, дружбу и любовь имеют. А тебе, конному охотницкому полковнику Семену Палею, и конному охотницкому полковнику Самусю Иванову, если бы и досаждение какое со стороны королевской от кого было, и о том довелось бить челом его королевскому величеству. И мы, великий государь, имея к вам нашу милость, повелели послать сию грамоту, дабы могли вы иметь общее согласие и от начатого своего противного намерения престали б, а иметь воинские промыслы всякими мерами над общими неприятелями нашими, шведами».
Но борьбу русских с поляками трудно было прекратить. Палей писал Мазепе: «Присылаешь к нам монаршеские указы и свои предложения, чтоб мы с поляками войну совершенно отставили и к миру с ними пришли, а они, поляки, такие нам неприятели, что не только старых людей и жен, но и малых детей не пощадили, всех в пень вырубили».
1703 год Долгорукий начал обычными жалобами на польское безнарядье и на козацкие бунты: «По сие время, слава богу, явно при неприятеле ни одного воеводства коронного и литовского еще не обретается; однако совершенно надеяться на поляков невозможно: многие, которые от короля милость и великие уряды приняли, против него факции непрестанно делают; зело народ дивный, никакого добра сыскать в них невозможно, только всякого зла и бездушества исполнены, от чего пропадают и чаю, до конца скоро погинут; однако, как возможно, буду от стороны неприятельской удерживать. С Руси пишут, что бунты козацкие еще не перестали; для бога, извольте приложить труды к успокоению тех непотребных бунтов, которые поляков против неприятеля гораздо удерживают; паче всего можете тем усмирением склонить к союзу Речь Посполитую».
В феврале Долгорукому было объявлено от имени королевского, что перехвачены письма Паткуля, из которых обнаруживаются сношения его с кардиналом Радзеевским: Паткуль просил кардинала исходатайствовать ему прощение у Карла XII, и кардинал отвечал, что Карл все прощает. Долгорукий отвечал, что донесет об этом своему государю, только пусть король, по дружбе к царскому величеству и для явного обличения, отошлет перехваченные письма к царю, который примет их с благодарностию и отплатит услугою за услугу. На это отвечали, что письма будут доставлены, но прежде надобно Паткуля спросить, писал ли он их, и если запрется, то уличить письмами. Долгорукий замечает при этом: «Всему веры дать невозможно, больше, чаю, многое говорено от великой злобы».
Злоба эта происходила оттого, что Паткуль, видя положение дел короля Августа, видя, как тот домогается мира с Карлом, не считал более для себя полезным и безопасным оставаться на службе Августа и прямо объявил об этом Долгорукому в Варшаве. Тот донес царю и получил указ пригласить Паткуля в русскую службу. Весною 1702 года приехал Паткуль в Москву и принят в русскую службу в чине тайного советника. Понятно, что Петр мог сильно желать иметь в своей службе человека, знаменитого своими способностями, знаниями, энергиею, опытностию в делах европейских. Но Паткуль был ниже своей репутации и далеко не оправдал надежд, возложенных на него царем. Прежде всего Паткуль вступил в русскую службу на время, как наемник, для достижения своих частных целей, вовсе не думая усыновляться России, отдать всего себя служению ей. Он оставался вполне иностранцем для России, для русских, и потому его внушения и советы шли наперекор намерениям Петра. Петр смотрел на военную и дипломатическую деятельность как на школу для русских людей; ошибки, необходимые вначале, нисколько не смущали его; иностранцы были призываемы помогать делу учения, а не заменять русских, не отнимать у них возможности упражнения, т.е. учения, не вытеснять их из школы. Но Паткуль, оставаясь вполне иностранцем в отношении к России, разумеется, смотрел иначе: он внушал, что русские не приготовлены к дипломатическому поприщу, делают ошибки и потому нужно заменить их везде искусными иностранцами. Петр хотел выучить мало-помалу русские полки военному искусству, считая лучшею школою войну; Паткуль советовал пригласить не известное количество иностранных офицеров, но целые немецкие полки. Петр хотел образовать искусных генералов из своих, русских; Паткуль советовал набрать все иностранных генералов, знаменитых своим воинским искусством, и предоставить им полную свободу наполнять свои полки офицерами, т.е. иностранцами. Петр с первого же раза должен был понять Паткуля. Хотели воспользоваться его способностями за границею, пока его интересы были тесно связаны с русскими интересами, брали в службу людей, им предлагаемых; внимательно прислушивались к его советам, учтиво отвечали на них, но не исполняли. Паткуль, презиравший русских дипломатов, упрекавший их в непростительных ошибках, Паткуль сам не мог быть полезен России на дипломатическом поприще; у него недоставало широкого взгляда, которым бы он обнимал все интересы известной страны, ясно понимал ее положение и верно выводил возможность для нее к тому или другому действию. Оторванный от родной страны, и то не имевшей самостоятельности, блуждающая звезда на политическом горизонте, Паткуль не знал стран и народов, их истории и созданных ею интересов; он знал только отдельные лица, хотел иметь дело только с отдельными личными побуждениями, их заставлял играть, но эти мелкие средства одни не помогали. Паткуль считал, например, мастерским делом устроить так, чтоб иностранный министр был пойман на словах, но из этого, кроме раздражения, не выходило ничего. Если читать донесения Паткуля, то выходит, что он работает неутомимо и отлично, а результатов никаких. Прибавим к тому нестерпимый характер, неуменье себя сдерживать, жесткость, резкость, чрез меру высокое мнение о самом себе, низкое о других, и мы поймем, почему Паткуль не оправдал тех надежд, которые на него возлагались.