Императрица по докладу Тайной канцелярии приказала потребовать объяснения от Феофана. Феофан представил объяснения. Ему легко было написать, что Маркелл оклеветал его относительно «непристойных слов»; но некоторым, особенно Меншикову, трудно было поверить, что Маркелл все это выдумал. Феофан дал такой смысл своим речам о государыне и Меншикове: «Когда мне сказал страхование свое и слова мятежные Маркелл. тогда, отводя его от оного страха или мечтания, говорил я, что солдат, который будто на него и прочих кричал и угрожал мятежом и сечением, был некто от малконтентов; таковый (молвил я), ярости полный, увидя тебя и дело твое об окладах иконных слышав, яд гнева своего на тебя изблевал. На пример же малконтентов, воспомянув о письме подметном и о выстреленной пуле на экзерциции, и приложил и сие, что, может быть, некии ярятся и на князя светлейшего за превосходство его: все же то сказал я вкратце и не к бесчестию князя светлейшего, и не к поношению ее величества, но просто к его (Маркеллову) утешению, понеже сей лукавец притворял себе великий страх и трепет. Нерядовой же и клеветник, который слово похвальное переделать умеет на ругательное. Он и предики мои похвальные перетолкует на хульные. Воспоминаю, какова известная моя и к ее императорскому величеству, и ко всей ее величества высокой фамилии, и ко всему Российскому государству верность: ибо не токмо никто и никогда ни в деле, ниже в слове моем никакой не мог признать противности, но и многими действиями моими должная моя верность свидетельствована стала. Свидетельствуют о ней многие мои проповеди и не едина книжица изданная, в которых тщательно и многократно поучаю, как верни поддании и послушливы должны быть государям своим; свидетельствуют иные мои сочинения, которыми, как ни есть, по силе моей славе их величества послужил я.. То ж свидетельствуется и от прошлогодского дела о Феодосии. А еще в прошлых 1708 и 1709 годах, когда Мазепина измена была и введенный оною в отечество неприятель, — каков я тогда был к государю и государству, засвидетельствует его сиятельство князь Дмитрий Михайлович Голицын. Но паче всего каковое о моей верности свидетельство блаженные и вечнодостойные памяти государь император неоднократно произносил, их сиятельству высоким министрам известно. А о Маркелле. как к плутовству охотный он, все ведают, кто его изблизка знает: и в прошлом 1718 году, когда он тщался клеветою погубить преосвященного Феофилакта, тверского архиепископа, его величество государь император, яко премудрейший государь, и слушать не похотел».
Ссылкою на свидетельство Петра Великого Феофан начинает защиту свою против обвинений в неправославии: «Известно всем. что я поучений никогда не говорил, разве в присутствии множества честных людей, но и самого императора. Смотри же, благорассудный, как беснуется Маркелл: всех честных людей без всякого изъятия в дураки ставит. Сам Петр Великий, не меньше премудрый, как и сильный монарх, в предиках моих не узнал ереси, а в преблаженной кончине своей и с лобзанием принимал сие мое учение (об оправдании верою), которое Маркелл ересью нарицает. Известно же нам, что тот же монарх две предики Маркелловы в Кронштадте, яко безумные и хульные, обличил, а в моих не усмотрел, что усмотрел Маркелл. Что же надлежит до моих книжиц, первую (о отроческом наставлении) апробовал императорское величество, и как именным указом его сделана, так его ж величества указом везде разослана, и повелено из нее учить детей российских; а книжицу „О блаженствах“ его ж величество в Низовом походе прочел и на письме своем своеручном прислал об оной книге таковое в Синод свидетельство, что в ней показуется прямой путь спасения. Кто ж не видит, коликое Маркеллово дерзновение? Кто бо не видит, что он терзает славу толикого монарха?»
Маркелл обвинял Феофана в мнении, что одно св. писание полезно нам к спасению, а св. отец писание имеет в себе многие неправости, потому не надобно его в великой чести иметь и на него полагаться. Феофан отвечает: «Все мы учим и исповедуем, что едино св. писание есть учение основательное о главнейших догматах богословских; приемлем и предания, оному непротивная; а св. отец книги хотя и во втором по св. писании месте полагаем, однако же многополезные нарицаем. О моем к отеческим книгам почитании не едино свидетельствует дело мое: привожу в предиках из книг отеческих свидетельства, то ж делаю в книжице „О блаженствах“, и в книжице „Правда воли монаршей“, и в книжице „О крещении“ и проч.; и в библиотеке моей есть особливая от иних прочиих часть всех церковных учителей, авторов числом больше 600 содержащая, на которые издержал я больше тысящы рублев. И давно уже по силе обучаюсь и навыкаю ведать, о чем который отец св. пишет, дабы в случающихся церковных нуждах скоро можно было выписывать свидетельства. А Маркелл, подлинно ведаю, ни единой никогда книги отеческой и в руках не держал, разве у меня в шкафе стоящие и неотверзтые видел». В другом месте он пишет о Маркелле: «И не ложно могу сказать, что если бы так часто хлеб ел он, как книги читает, то в три-четыре дни не стало бы его».
Маркелл обвинял Феофана: «Св. икон в чести достодолжной не содержит, а содержит так, как содержат люторы». Феофан отвечает: «Протолковал бы Маркелл, кая честь иконам св. достодолжная, и тогда бы то или другое говорил на меня. А мое о чести, иконам св. подобающей, толкование напечатано в наставлении отроческом, и не мое самого, но всего собора седьмого». Маркелл доносил: «Мнит Феофан и прочим сказывает, что водоосвящение в церкви суеверие есть и ни к чему оное не полезно». Феофан отвечает: «А для чего ж в домовой моей церкви водоосвящение бывает и в мою и в прочии келии приходит священник с водокроплением?» Между прочими обвинениями Маркелл написал: «Чудотворца Николая многажды бранил Феофан и называл русским богом». Феофан отвечает: «Да не сподобит мене бог достигнуть оного блаженства, которое и Николай св., и прочии угодницы божии получили, если не лжет Маркелл! А то правда, что плотникам и другим простакам по случаю говорил, дабы св. Николая не боготворили, с полезным рассуждением для того, что память св. Николая выше господских праздников ставят». Маркелл написал: «Говорит, что учения никакого доброго в церкви св. нет, а в лютеранской церкви все учение изрядное». Феофан отвечает: «Говорил часто со вздыханием не о лютеранах одних, но и о папистах, кальвиниках, арминианах и о самых злейших и магометанскому злочестию близких социнианах, что у них школ и академий и людей ученых много, а у нас мало. И ино есть учение, ино же — ученый человек. Учение церковное в св. писании, тако ж в соборах правильных и книгах отеческих. А ученый человек, который умеет языки, знает многие истории, искусен в философских и богословских прениях, хотя доброго, хотя злого он исповедания. Моя же речь есть о ученых людях, а не о церковном учении, в книгах заключенном. Известно всем ученым, какового учения Маркелл, что не токмо не чел и не читает ни св. писания, ни отеческих, ни соборных и никаких книг, но и разуметь не может, и из латинского языка перевесть не умеет: и когда некую книжицу переводить тщался, то между бесчисленными смешными погрешении и сей толк положил, который и доселе для забавы воспоминается. Написано было: „эра троянская“, а он перевел — „мать троянская“. И не дивно: еще бо и в школах тупость его ведома была. Из которого его невежества произошло, что и в сих пунктах своих некие главные церкви св. догматы ересью нарекл. Как же таковой невежа может сие учение рассуждать и судить? Дадим же ему и умение, и силу искусства богословского (которой не бывало), и если в 47 артикулах мои ереси содержатся, как то он описует, то я не рядовый, по мнению его, еретик. Для чего же Маркелл доселе молчал? Для чего не охранял церкви от толь вредного развратника? Еще же и вящше, для чего мене не отвращался, но благословения у меня требовал, и отцем и пастырем нарицал мене, и имя мое, яко пастырское, в церкви при священнослужениях возносил? Была бы его вина, если б он толь многие ереси за мною ведал, не скоро, где надлежит, донесл, хотя бы и свободен доносил, а то тогда уже доносит, когда в важном деле за арест уже посажен. А по шестому правилу св. собора второго вселенского не важно на архиерея доношение того, который сам донесен, покамест сам не оправдится». Феофан заключил свою защиту так: «Если я не от всего сердца желаю сынам российским спасенного пути и вечного блаженства и если Маркелл прямо и по совести сия на мене написал, то да буду анафема от Христа Иисуса, господа моего! А на него клятва сия и на его (аще кии суть) сообщников и пособников падет, аще не покаются».