Несмотря на неудовлетворительность ответов Феофана относительно «непристойных слов», его не могла постигнуть участь Феодосия: Феодосий не имел блестящих способностей, резко выдававшихся достоинств, и выходки его против благодетеля еще более оправдывали всеобщее нерасположение к нему, тогда как Феофан был знаменит своими дарованиями и ученостию, занимал в этом отношении, бесспорно, первое место в русском духовенстве, был одним из самых блестящих украшений великого царствования, слава которого осеняла и царствование настоящее; Феофан был великолепный памятник петровского времени: разрушить памятник значило наругаться над этим временем; недаром Феофан настаивал на том, что вся его деятельность, против которой теперь вооружаются, освящена одобрением Петра Великого: это имело особенный смысл для Екатерины, которая блистала светом, заимствованным от Петра; притом Феофан не возбуждал против себя такого всеобщего негодования, как Феодосий; напротив, за Феофана были люди, которым дорог был новый порядок вещей, новорожденное русское просвещение, в глазах которых удар Феофану был тяжелым ударом этому просвещению; можно сказать, что в глазах этих людей, для которых новый порядок вещей представлялся светом в сравнении с прежнею тьмою, в глазах этих людей Феофан был наследником Петра, главным носителем идей преобразования в смысле образования; Феофан был вождем этих людей в их борьбе с детьми мрака, Георгием Дашковым с товарищи. Низвержение ученейшего архиепископа новгородского было бы в глазах этих людей и в глазах Европы самым верным знаком покинутия дела Петрова и возвращения к прежнему варварству; но подать этот знак никак не могли согласиться люди, с уст которых не сходило, по крайней мере официально, имя великого преобразователя. Феофан недаром старается выставить свое дело с Маркеллом как борьбу науки, учености с невежеством. Но если бы даже и решились низвергнуть Феофана, то каким способом можно было это сделать, воспользовавшись настоящим случаем, доносом Маркелла? Был один донос без свидетелей; по обычному порядку надобно было пытать доносчика, и если бы он на пытке не сговорил, то надобно было пытать обвиненного, и этот обвиненный был Феофан Прокопович! Разумеется, Екатерина не могла на это согласиться, и потому дан был такой указ: «Архимандрита Маркелла Родышевского за его сумнительные предерзкие слова держать в С.-Петербургской крепости от других колодников особо под крепким караулом до указу. А что он, Родышевский, показал на новгородского архиепископа Феофана о непристойных словах и о церковных противностях, и тому его показанию верить не указала (императрица) потому: оный архиерей в ответах написал под заключением проклятия и анафемы, что он против показания его, архимандричья, непристойных слов и прочих не говаривал и никакой противности к церкви святой не имеет; да и потому: оный архимандрит в Преображенскую канцелярию взят по доношению оного архиерея в его сумнительных к устрастию смертного мятежа словах, о чем оный архимандрит хотя не во всем, однако же показал, что-де был в некоторой боязни от приключившейся ему меланхолии, чего было ему, собою рассуждая, о таковых страхованиях говорить и сумнения иметь, не зная подлинно, не надлежало».
По этому указу Феофан выходил с торжеством из дела: верить доносу было не указано; но Феофану было сделано другое объявление, в котором ему показано, что он не вполне оправдался, что он остается в подозрении не только относительно непристойных слов, но и относительно православия своего образа мыслей и поступков, и чтоб впредь вел себя как прилично православному великороссийскому архиерею, иначе не будет ему такого снисхождения, какое оказано теперь: «Слушав его ответы, в которых некоторые против показания архимандрита Маркелла и неподлинно изъяснены, следовать и тому архимандритскому показанию верить императрица не указала; а впредь ему, архиерею, противностей св. церкви никаких не чинить и иметь чистое безсоблазненное житие, как все великороссийские православные архиереи живут; также чтоб и в служении, и в прочих церковных порядках нимало отмены не чинил пред великороссийскими архиереями; а если он в противности св. церкви по чьему изобличению явится виновен, и в том ему от ее императорского величества милости показано не будет» (8 декабря 1726 года).
Но беда этим не кончилась. Чрез несколько месяцев Екатерина умирает; на престол восходит Петр II, против прав которого было направлено знаменитое сочинение Феофана «Правда воли монаршей»; Меншиков, озлобленный на Феофана по делу Родышевского, теперь всемогущий правитель. Новгородскому архиепископу нельзя было ожидать ничего доброго для себя. Первый удар состоял в том, что «Правду воли монаршей» велено было отбирать; второй удар получен по поводу старого дела Родышевского. Мы видели, что указом Екатерины велено было держать Маркелла в крепости до указу , следовательно, должны были снова поднять и пересмотреть это дело, чтоб положить окончательное решение. Меншиков не мог низвергнуть Феофана и теперь по тем же побуждениям, по каким он не мог этого сделать при Екатерине, тем более что теперь нужно было еще уничтожить решение покойной императрицы; но сочли нужным повторить для Феофана унижение, уже испытанное им в прошлое царствование. 20 июня в Верховном тайном совете рассуждение имели по делу новгородского архиерея с архимандритом Маркеллом, и положено архимандрита послать в Невский монастырь и жить ему там в братстве; архиерея призвать в Верховный тайный совет и объявить ему: «Понеже по тому делу является немалая важность, а он в ответах своих многого не изъяснил, о чем надлежало было в подлинник исследовать, однако ж то оставляется, но чтоб он знал, что ему то оставление учинено из его императорского величества милости».
В то время как представитель малороссийских духовных, вызванных Петром для распространения просвещения между духовенством великороссийским, подвергался унижению, что, естественно, поднимало людей, враждебных ляшенкам, архиереев из великороссиян и главного из них, Георгия Дашкова, который уже начинал мечтать о патриаршестве, — в это время на родине Феофана происходила перемена в угоду малороссийскому народу, как говорили в Петербурге, но вопреки мысли Петра Великого решено было уничтожить Малороссийскую коллегию и восстановить гетманское достоинство. Побуждениями к тому могли быть: 1) общее движение, высказывавшееся по смерти Петра, к восстановлению прежней простейшей формы одноличного управления, требующей менее денег и людей; 2) постоянное опасение турецкой войны, в которой Малороссия по своему положению должна играть важную роль, и потому хотели, чтоб малороссияне были довольны и привязаны к России и движения казацкого войска имели более единства: еще при Екатерине, в начале 1726 года, в Верховном тайном совете было положено: прежде войны с турками приласкать малороссиян, позволив им выбрать из своей среды гетмана; подати, с них собираемые, отменить, а в рассуждении сборов на жалованье и содержание войск поступать, как бывало прежде при гетманах; суд и расправу производить им самим, и одни апелляционные дела отправлять в Малороссийскую коллегию; наконец, 3) к восстановлению прежнего порядка могли побудить жалобы на членов Малороссийской коллегии и ее президента Вельяминова. Меншиков мог иметь личные побуждения: приобрести благодарность и расположение влиятельнейших жителей Малороссии и верного слугу в гетмане, которым назначал своего старого клиента Апостола. Новый император в первое заседание свое в Верховном тайном совете определил: «В Малой России ко удовольствию тамошняго народа постановить гетмана и прочую генеральную старшину во всем по содержанию пунктов, на которых сей народ в подданство Российской империи вступил». Еще 12 мая объявлен был именной указ: «Пожаловали мы, милосердуя о своих подданных малороссийского народа, указали: доходы с них денежные и хлебные собирать те, которые надлежат по пунктам гетмана Богдана Хмельницкого и которые сбираны при бытности бывших потом гетманов, а которые всякие доходы положены с определения коллегии по доношениям генерал-майора Вельяминова вновь, те оставить вовсе и впредь с них не собирать и о том в Малую Россию к тамошней старшине и во все полки послать наши указы из Сената и притом их обнадежить, что к ним в Малую Россию гетман и старшина будут определены впредь вскоре, как прежде было, по договору гетмана Богдана Хмельницкого; а Малороссийской коллегии президенту Вельяминову с приходными и расходными книгами быть в С.-Петербург немедленно». Того же числа в Верховном тайном совете отвергнуто было предложение Сената о позволении великороссиянам покупать земли в Малороссии, «чтоб от того малороссиянам не было учинено озлобления». До Петра Великого дела малороссийские и козацкие были ведомы в Посольском приказе; Петр Великий дела козацкие, как дела известной части войска, отдал в ведение Военной коллегии, а дела малороссийские передал из Иностранной коллегии в Сенат, чем уничтожалось значение этих областей как отдельных от империи, ибо только в этом смысле сношения с ними могли производиться чрез Иностранную коллегию. Теперь же, когда задумано было восстановление гетманства, 16 июня, в присутствии Меншикова в Верховном тайном совете было положено — малороссийским делам быть в Иностранной коллегии по-прежнему.