Но Георгий после падения Меншикова начал борьбу, думая, что обстоятельства теперь благоприятны; его, как многих других, манила надежда на Москву, куда собирался двор для коронации, манила надежда на влияние царицы-бабки. Средство действовать против Феофана было указано — обвинение в неправославии; орудие также готовое — старый обвинитель, Маркелл Родышевский. Маркелл в конце 1727 года подает в Верховный тайный совет донос, что с 1722 года появились в России разные книжки неизвестно чьего сочинения и неизвестно кто осмелился одобрить эти книжки указом императора Петра Великого и тем опорочить его преславное имя, потому что в них содержится кальвинская и лютеранская ересь. Но прежде чем донос был подан, Феофан, узнал о нем, достал его и представил в Синод вместе с своими опровержениями. «В этом злоречьи, — пишет Феофан, — заключается не одна ложь, но плевелы и клеветы мятежные: Синод обвиняется в ереси и достойной смерти дерзости, ибо выходит, что Синод дерзнул опорочить славное имя Петра Великого, потому что книжки напечатаны по приказанию Синода». В заключение Феофан внушает Синоду, что «хотя мятежеслов Маркелл дерзок и шаток, бесстыден и бессовестен, однако отнюдь не отважился бы так поступать сам собою; но есть один или несколько людей, которые для интересов своих, им душепагубных, церкви же и государству зловредительных. сего элодея употребляют к такому возмущению и его в продерзостях беспечальна творят и великими обещаниями дурака обнадеживают». В доказательство этого Феофан скоро представил в Синод расспросные речи двух своих слуг, которые разговаривали с Маркеллом в Невском монастыре: по их показанию, Маркелл говорил: «Я желаю покориться его преосвященству (Феофану), пошел бы я на коленях в дом его архиерепства из Невского монастыря, только б меня во всей моей вине простил, да не велит мне вышняя моя власть, преосвященный ростовский, который вскоре будет патриархом, да превысокие мои господа и милостивцы, на которых и надеюсь».
С таким напутствием от обеих борющихся сторон отправился Синод в Москву. 8 января выехал двор из Петербурга. 13-го убежал из Невского монастыря Маркелл прямо в Москву, оставив на имя архимандрита любопытное письмо: «Понеже получил я именной его величества словесный указ — ехать мне но моей челобитной в Москву, того ради и поеду прямо, и гнать за мною не для чего, понеже в лицо, а не от лица еду и не ухожу, только от бед избавляюся. К тому несобственный никакой имею интерес явитися ее величеству, всепресветлейшей государыне императрице Евдокии Феодоровне ». Когда в Синоде началось дело Маркелла, то Феофан отстранил Дашкова, как причастного к делу. Тогда Маркелл, видя беду, сделал то же, что часто делывали люди в его положении: перевел дело в Преображенскую канцелярию, объявив за собою государево слово. Здесь он донес, что в службе на праздник по случаю мира с Швециею заключается поношение чести царевича Алексея Петровича: в «Правде воли монаршей» написано против прав царствующего государя и т.д. Доносить об этом было не нужно, потому что все это было всем известно, и в марте 1729 года по указу Верховного тайного совета Родышевский был отослан в Симонов монастырь, чтоб быть ему там неисходно. Феофан остался нетронут, и надежды Дашкова на патриаршество не осуществились: не осуществились надежды на покровительство «государыни императрицы Евдокии Феодоровны».
Как только по смерти Петра Великого обнаружилось враждебное движение против главных деятелей церковного преобразования, когда Феодосий был сослан и Феофан подвергся нападкам за неправославное, именно протестантское, направление, так, естественно, должны были вспомнить о покойном Стефане Яворском, который обвинял Прокоповича в том же направлении. Мы видели, что еще при Екатерине подняли вопрос об издании книги Яворского «Камень веры», написанной против протестантов. При Петре II Верховный тайный совет окончил это дело: в заседании 25 октября 1727 года велено книгу «Камень веры», которую свидетельствовал тверской архиерей (Феофилакт Лопатинский), к нему послать, чтоб он на ней подписал своеручно, что он ее свидельствовал, а как подпишет, послать в Синод при указе, чтоб, напечатав ее, пустить в продажу. На другой день посланный к Феофилакту донес, что архирей книгу своеручно не засвидетельствовал, а обьявил, что ему ее еще надобно посвидетельствовать и поправить и чтоб на то время дано было ему до 28 числа. С такими предосторожностями была издана наконец книга, которой суждено было иметь такую громкую известность.
Но в то время, когда печатали книгу против протестантов, генерал-майор Алексей Потемкин донес из Смоленска, что здесь между шляхтою распространяется католицизм и некоторые из принявших латинство смольнян находятся в Москве. Один из них, Ларион Лярский, уехал за польский рубеж и постригся в ксендзы. Верховный тайный совет велел смоленского епископа выслать в Москву, а на его место назначить другого, вызвать в Москву и всех смольнян, принявших латинство, в Смоленске завести школу. Смоленский епископ Гедеон составил пункты о мерах к удержанию смоленской шляхты от принятия латинства; пункты были утверждены Верховным тайным советом и состояли в следующем: находящимся на границе караульным офицерам и драгунам подтвердить с жестоким прещением, чтоб из Польши и Литвы не допускали выезжать в Россию римских ксендзов, а смоленскую шляхту выезжать за границу без указа и паспортов. Если какой-нибудь ксендз придет по своим делам, о таком объявлять губернатору, а губернатор дает знать архиерею; ксендзу назначается время, в какое он должен исправить все свои дела, и берется с него письменное обязательство, чтоб он русских людей по римской вере не исповедовал и не причащал, никакими вымыслами к своей вере не склонял, в домы их для того ни тайно, ни явно не ходил и не носил другого платья, кроме того, какое носят ксендзы. У всех смоленских шляхтичей взять сказки под жестоким истязанием, чтоб они нигде с римскими ксендзами ни тайно, ни явно сообщения не имели, в домы к себе их не пускали, для исповеди к ним не ходили и никаких наговоров от них не слушали. Ослушников ксендзов и шляхтичей брать и, сковав, присылать в Сенат немедленно; Сенат расспрашивает их и доносит немедленно же в Верховный тайный совет и послабления в том никому никакого не делает. Смоленской шляхте детей своих для науки за границу в Литву и никуда отнюдь не отдавать, отдавать в смоленские, московские и киевские школы Если кто по обучении в русских школах захочет ехать в другие государства, тех отпускать под присягою и брать поруки, что отъезжающий за границею не останется, веры греческого исповедания не переменит и против Российской империи в службу нигде ни к кому не вступит. Смоленской шляхте в домах своих для обучения детей и родственников отнюдь не держать римских учителей или инспекторов, а иметь инспекторов из русских подданных и веры греческого исповедания; если же таких сыскать не могут, то по нужде могут брать из-за границы, только православной веры греческого исповедания и со свидетельством архиерейским; а когда русских инспекторов будет довольно, тогда из-за границы не брать никого, чтоб под видом православных не было римской веры ксендзов. Если из-за польского рубежа римской веры девицы и вдовы захотят выйти замуж за смоленских шляхтичей, то им это позволять, когда они примут православную веру греческого исповедания, а смоленской шляхте дочерей и родственниц за границу замуж не выдавать за католиков и униатов. Из смоленской шляхты желающих постригать в монахи в указные лета, а возвратившихся из-за границы шляхтичей, которые стали там ксендзами и захотят быть в греческой вере монахами или бельцами, принимать и писать о том в Синод. Школы в Смоленске завести и быть им в городе при монастыре; учителей брать из киевских монастырей и из московских школ по указам из Синода: учить латинскому, французскому и немецкому языкам, и, которые захотят быть в священниках, тех учить и греческому языку. Смольнян, принявших католицизм, сначала велено было отправить в ссылку и деревни отобрать в казну, но в сентябре 1728 года Остерман объявил в Верховном тайном совете императорский указ, чтоб их не ссылать, оставить на житье в Москве и деревни не конфисковать.