Но в то время как принимались такие строгие меры, чтоб ксендзы не пробрались в Смоленск и под видом учителей и инспекторов не водворялись в шляхетских домах, ксендз под этим именно видом пробрался в Москву и совещался здесь с русскими духовными о соединении церквей. Этот ксендз был аббат Жюбэ, приехавший в 1728 году в Россию под видом наставника детей княгини Ирины Петровны Долгорукой, урожденной Голицыной, которая приняла католицизм, будучи с мужем своим князем Сергеем в Голландии. Пользуясь покровительством двух самых сильных фамилий, Долгоруких и Голицыных, и посланника испанского герцога Лирии, Жюбэ в подмосковной Голицына толковал о соединении церквей с тверским архиереем Феофилактом Лопатинским и другими знатными духовными лицами.
Неизвестно, по каким побуждениям приняты были меры и против протестантской пропаганды. В ноябре 1728 года препозитом лютеранских церквей объявлен был синодский указ, чтоб пасторы не дерзали русских православных христиан учить своим догматам и привлекать в лютеранскую или другие веры. Приходящих на исповедь детей духовных пасторы должны спрашивать не были ли они в вере греческого исповедания, и если окажется что были, то таких не принимать, но немедленно объявлять о них в канцелярии Синода. При браках спрашивать, оба ли сопрягающиеся лица лютеранской веры, одно из них не греческого ли исповедания и невеста не оставила ли живого мужа за несогласием относительно веры.
Касательно дел на украйнах, на Дону шел старый и жизненный для козачества вопрос о выдаче беглых. Летом 1728 года oтправился в Черкаск полковник Тараканов, чтоб высланы были все беглые, поселившиеся на Дону с 1695 года. Козаки собрали круг, прочли императорскую грамоту, посоветовались и пришли к Тараканову с объявлением, что во всем будут исполнять государев указ и вышлют беглых, поселившихся у них с 1712 года; о пришедших же с 1695 по 1712 год посылают в Москву старших бить челом его императорскому величеству: выслать этих беглых нельзя, потому что из них у нас старшины и все лучшие люди и его императорского величества слуги; если их выслать, то все городки опустошить, службы служить, границы и черты охранять будет некому. Вместе с этими вестями пришли вести более тревожные: полковник Роговский, командированный с полком в транжемент на перемену, приехал в урочище Распопинский Юрт; наказной атаман Яким Расторгуев выехал к нему навстречу, привез проводников, но при этом начал говорить: «Дай тебе бог дойти до транжемента в добром здоровьи, потому что у нас по Дону и по другим запольным речкам не смирно: козаки волнуются, потому что хотят высылать беглых с 1695 года, опасно, чтоб, собравшись, не ушли на Кубань: по степным местам к Кубани дорога им безвозбранная». Фельдмаршал князь Михаил Михайлович Голицын, донося об этом в Верховный тайный совет, писал: «Я дал указ Чекину, что, если из расспросов Расторгуева будет достоверно козацкое возмущение, дал бы мне знать как можно скорее, а сам бы с полками был готов; смотря по ходу дела, я сам пойду для усмирения козаков или пошлю генерала Вейсбаха. Только доношу: Чекин репортовал мне, что в его полках больных более 600 человек и число их беспрестанно увеличивается, на день занемогает человек по 20 и по 30, штаб— и обер-офицеры едва не все больны, и если козацкое возмущение действительно вспыхнет, то тамошним царицынским корпусом утушить его нельзя; в Малороссии и слободских полках находится только 10 полков, но и то за раскомандированием очень малолюдны, едва по 300 человек в полку; притом здешние места оставить небезопасно, и на ландмилицию за ее новостию, что люди огня не видали, слабая надежда».
Когда в Верховном тайном совете выслушано было донесение Голицына и отписки Донского войска с просьбою не выдавать беглых раньше 1712 года, то решили беглых вывозить с 1710 года; атамана Расторгуева подвергнуть розыску; князь Голицын должен послать в команду свое предписание, чтоб прежде времени с донскими козаками не поступали жестоко. Расторгуев с пытки не повинился; но так как полковник Роговский подтвердил свое показание присягою, то атамана сослали в Сибирь. При всяком слухе о какой-нибудь смуте, о самозванце козаки были тут; так, разглашали, что у Евдокии Лопухиной есть сын, которого она хочет воцарить, и что он живет на Дону у козаков, и что подметные письма, явившиеся в Петербурге, подкинуты козаками. Смут, впрочем, никаких не было при Петре II; даже раскольники в своих пророчествах говорили: «Антихристовы страсти — исповедные всенародные тричастные книги умершим, новорожденным (метрические книги), и нашим Российским государством овладеют еретики, и что ныне Синод, то антихристов престол, и будет князь великий императором вторым, и при нем сыщется истинная вера пред богом и будет людям жить добро, да недолго».
С донскими козаками не велели поступать жестоко потому, что приходили известия о калмыцких и башкирских движениях. В конце 1727 года получены были из Казани известия, что калмыки находятся не в прежнем состоянии: к Дундуку-Омбо приехали башкирские посланцы, 12 человек, и объявили, что у них пронесся слух, что будто калмыки намерены воевать против России, и если это правда, то приняли бы они и башкирцев к себе в союз; эти посланцы остались у Дундука-Омбо, дожидаются, на что решатся калмыки, переправившись с Луговой стороны на Горную. Вследствие этого русским правительством отправлены были по всем дорогам увещательные грамоты, чтоб башкирцы жили спокойно и, если от кого есть им обиды, чтобы жаловались и получат удовлетворение без волокиты, могут ехать с жалобами в Петербург или Москву; асессор Уфимской провинции Лихачев, обвиняемый башкирцами в обидах и взятках, был вызван к ответу.
В распоряжениях относительно Малороссии, состоявшихся при Меншикове, не было сделано никакой перемены. В тайной инструкции Наумова говорилось: хотя в грамоте его императорского величества, с ним посланной к малороссийскому народу, и в данной ему инструкции написано, что его императорское величество указал в Малой России гетмана выбрать по-прежнему обыкновенно, однако сие избрание написано для лица, а в самом деле его императорского величества соизволение быть гетманом миргородскому полковнику Данилу Апостолу, зачаемо, что от народу не иной кто, но он, Апостол, по старшинству и по заслугам и ради имеющегося его у них кредиту избран будет. Прибыв в Глухов смотреть и разведывать, его ли, Данила Апостола, в гетманы народ будет избирать, и ежели б некоторые из того народа о ком ином намерение имели в гетманы обирать, в таком случае того предостерегать и путь к тому предуготовить, чтоб, конечно, Данилу Апостола, а не иного кого в гетманы народ избрал. А как приедет в Глухов Данила Апостол, и ему объявить секретно, что его императорское величество указал его, а не иного кого в гетманы обрать и чтоб он служил верно и непоколебимо. Ежели, паче чаяния, старшина и народ малороссийский Данилу Апостола в гетманы обирать не станут, а будут выбирать иного кого по своей воле, и ему, Наумову, того учинить не допустить и то обрание под каким пристойным претекстом остановить и писать в Коллегию иностранных дел. Наумов, приехав в Глухов 18 сентября, объявил, что государь указал быть у них, в Малороссии, гетману по-прежнему, кого они выберут из малороссийского народа вольными голосами по прежнему обыкновению. Потом Наумов спрашивал партикулярно и обще , кого хотят выбрать в гетманы, и получил единогласный ответ, что миргородского полковника Данилу Павловича Апостола. 1 октября созвана была рада из духовных и светских людей. Министр спрашивал всех вслух, кого себе избирают в гетманы? И все единогласно сказали, что желают миргородского полковника. И долгое время все его просили, до последнего человека, а он отговаривался, что стар и такого великого правления понести не может. Тогда тайный советник и министр объявили, что по избранию малороссийского народа его императорское величество жалует Апостола в гетманы. Тут полковники, подхватя его под руки, поставили на стол, все поздравляли его и шапками на него махали. Новоизбранный бил челом за милость его императорского величества, а народ кланялся. Из чиновников упраздненной Малороссийской коллегии Наумов должен был некоторых удержать в Глухове, потому что явилась странность: он привез с собою копию с приходных ведомостей, получавшихся в Сенате от президента коллегии Вельяминова, но когда Наумов сравнил эти ведомости с поданною ему в Глухове за секретарскою рукою, то нашел большую разницу, а именно: в 1722 году в сенатской ведомости показано было в приходе 45527 рублей, а в коллежской — 22672; в 1723 году в первой — 85854, а во второй — 47734; в 1724 году в первой — 141342, во второй — 108054. Наумову велено было под рукою проведать о коллежских членах, и услыхал он о великих обидах от них народу.