Редко которая коллегия не чувствовала власти Сената, отменявшего ее решения и налагавшего денежные штрафы за неправильные, по его мнению, приговоры. Прокурор Юстиц-коллегии Жилин донес, что в некоторые дни присутствующие съезжаются в разные часы и, хотя все в собраний бывают, только следственных дел не слушают, а читают сами положенные пред ними журналы по делам о переносе из города в город и о записке духовных, и в этом читании почти все время проходит, пока ударит час выходить всем из коллегии; иные подпишут прочтенные журналы, а другие оставляют без подписания, и затем следственные дела поныне остаются без решения, да и от челобитчиков происходят в нерешении дел беспрестанные докуки. Сенат послал в коллегию принести неподписанные журналы; посланный, возвратясь, объявил, что в коллегии присутствующих никого нет; тогда Сенат послал капитана сенатской роты с приказом, что когда присутствующие в коллегию съедутся, то за поздний приезд держать их под караулом безысходно. Советник Юшков объявил, что опоздал, потому что в его доме потолок провалился. Сенат приказал: по такой законной причине освободить его из-под ареста.
В Духовной коллегии, в Св. Синоде продолжались также несогласия между членами и обер-прокурором. В 1749 году князь Шаховской писал императрице: «Я не премолчевая со оными членами о том, что, когда, усмотря по Божеским и вашего импер. величества законам в неисполнении оставленное ими не по силе тех производимое, спорю; за то часто не токмо на меня сердятся и многими словами персонально оскорбляют и заочно, уповаю, и жалобы на меня произносят. И тако мне против многих спорить, определенному и разными опасностями окруженному, единое только есть спасение и покров правосудие и милость вашего импер. величества. А мне б то была наивысочайшая милость, когда б мои поступки и для соблюдения вашего импер. величества интересов ревностные домогательства и с синодальными членами не заедино их жалованье и доходы, но также за упущение экономических порядков и за раздачу в великовотчинные архиерейские домы и монастыри на строение без надлежащего прежде о доходах и остатках отчета более 40000 рублев из казны вашего импер. величества денег и за несобирание в Синод оставшихся в епархиях и монастырях после духовных персон пожитков (в коем числе одних денег и червонных более 20000 рублев находится) и по прочим таковым же делам споры и против всех приносимых на меня жалоб персонально пред очьми вашего импер. величества при них самыми делами доказать и оправдаться позволено было».
Шаховской мог указывать также на медленность Синода в исправлении и издании Библии, медленность в деле, которое особенно занимало Елисавету как завещанное отцом. Мы видели, что исправление Библии было поручено архимандриту Илариону. Оказалось, что в Феофилактовской (Лопатинского) исправленной Библии во многих главах и стихах текст с текстом старой печатной Библии и ни с какими греческими кодексами не согласен, иные стихи переменены, другие дополнены или убавлены и главы некоторые начинаются не оттуда, откуда по греческим кодексам должны начинаться, а по указу Петра Великого велено именно эти несогласия исправить согласно с греческим переводом 70 толковников. 17 ноября 1746 года определили: перемены речей у Феофилакта выносить на брег (на поля), а старые речи писать в тексте на ряду; что же касается до перемены в разуме, также прибавки или убавки стихов или перемены глав, то смотреть на сделанные выписки из разных греческих кодексов, а если сыщется хотя в одном кодексе так, как в старой печатной, то оставить так и в том разуме, как в старой печатной, а если ни в одном из греческих кодексов не сыщется так, как в старой печатной лежит, то представлять на рассуждение Синода. 9 января 1747 архимандрит Иларион подал доношение, что усмотрел он много в старопечатной Библии таких речей и целых стихов, которые противны новоисправленной Библии, а исправить то по надлежащему невозможно, и притом, объявляя о своем греческого языка незнании и что он глазами, трудясь при чтении той Библии, ослабел, просит от того библейского труда увольнения в Воскресенский монастырь, где ему, будучи настоятелем, и жалованье, ныне на библейский труд даемое, производить. Синод определил Илариона уволить, а из Киева вызвать двоих иеромонахов, знающих греческий язык. В экстракте о библейском деле, поданном императрице, в конце находится замечание, должно быть обер-прокурорское: «И тако Св. Синода члены от порученного им именными ее императорского величества указами библейского исправления сами отбыв, разным персонам оную поверяя, за разными же сумнительствы оное дело бесконечно продолжают, и жалованье вотще употребилось. А когда и означенные киевские монахи одни токмо без искуснейших к тому из синодальных членов исправление Библии учинят, то по примеру вышеозначенных перемен чаятельно, что паки и потом сумнительствы еще какие изобретут».
Иеромонахи начали исправлять Библию; показалось долго, и 1 марта 1750 года Синод получил указ: печатать без всякого отлагательства. 10 июля началось печатание; 8 сентября новое требование, чтоб Синод подал ведомость, в каком положении находится печатание Библии? Синод доложил, что начавшееся 10 июля 1750 года печатание производилось без перерыва; что же касается того, в какое время все пророческие и маккавейские книги могут Синодом быть освидетельствованы и исправлены, того показать точно не можно, ибо хотя Синод о сем и беспрестанное попечение имеет, но понеже многотрудные в них находятся к разобранию места, каковые наипаче состоят в пророчествиях, к тому же в Синоде сверх того библейского исправления завсегда происходит слушание и других многих текущих и неотлагаемого решения требующих дел, не упоминая о епаршеских.
Из дел, слушанием которых занимался Синод, заметим следующие: тверской архиепископ Митрофан жаловался на обиды, причиняемые духовенству светскими людьми: 1) ржевский воевода Венюков избил батогами дьякона Преображенской церкви Барсова; следствие провинциальною Тверскою канцеляриею произведено, но решения нет; 2) майор Свечин священника Тимофеева бил по щекам и проломил голову тростью, о чем провинциальная канцелярия до сих пор следствия не произвела; 3) полицмейстер Тархов пономаря Григорьева велел бить плетьми, сам бил тростью и едва оставил жива, следствия не произведено; 4) ржевский помещик Юрьев бил батогами приходского своего священника, отчего тот и умер; началось следствие, Юрьев бежал и до сих пор не сыскан; 5) Ржевского уезда вотчинник капитан Новокщенов с людьми и крестьянами приехал к священнику, бил его, жену и детей дубьем и кольем, одного сына увез и держал пять дней скована; 6) Кашинского уезда села Фроловского вотчинник гвардии поручик Фамендин священника за невенчание людей его без венечных памятей бил по щекам и дубиною и принудил венчать; 7) Старицкого уезда помещик прапорщик Поликарпов принуждал священника венчать крестьянина с десятилетнею девочкою и за неисполнение пришел с людьми в дом его, грозясь убить; священник спрятался; тогда Поликарпов велел разломать его избу, имение все пограбил, дочь и сноху его травил собаками. В ведении Синода Сенату по поводу этих жалоб было выставлено, что в светских командах по консисторским промемориям следствий не производят, а принуждают обиженных с обидчиками вступать в суды по форме и за теми делами волочиться; а обиженные духовные особы представляют, что они в суды вступать, бумагу гербовую давать и за делами волочиться по скудости и земледельству не в состоянии, особенно же за отлучкою их от церквей в отправлении службы божией и мирских треб последует остановка. Сенат решил: поступить во всех этих делах по силе указов, а требование Синода, чтоб обиженных не привлекать к суду по форме, исполнить невозможно.