Синод обвинял и Главный магистрат в потачке раскольникам. В 1749 году Синод сообщил Сенату, что в городе Ржеве-Володимерове раскольники выбрали бургомистром в магистрат купца Чупятова, который хотя в явный раскол и не был записан, но жил с отцом своим, записным раскольником, в одном доме и тайно держался раскола, ибо в церковь никогда не ходил. Главный магистрат утвердил Чупятова, который своих родственников и прочих злых раскольников всячески защищает и живущих у них пришлых учителей прикрывает. Сенат велел послать в Главный магистрат указ об отрешении Чупятова. Но в следующем году по тому же поводу Синод жаловался опять на Главный магистрат, Тверской магистрат, Тверскую и Ржевскую провинциальные канцелярии: во Ржеве при ревизии записались вновь в раскольники 187 человек и крестили многих православных; детей своих, крещенных православными священниками, учат своим ересям, в домах своих имеют потаенные мольбища и держат у себя учителей — раскольнических старцев, стариц и бельцов с Ветки и из других мест; хотя в 1746 году, в бытность в Ржеве архиепископа Митрофана, некоторые по его увещанию и показались склонными к обращению, но предводителем своим Андреем Свешниковым от того были удержаны; хотя этот Свешников вместе с купцом Кудряевым и другими и были присоединены к православию, однако опять возвратились в раскол и, ходя по другим городам и уездам, рассевают лжеучения и развращают простой народ. К защите своей они отыскали средство в Главном магистрате, который подтвердил указом Тверскому магистрату не отыскивать их и не отдавать к следствию в консисторию, вследствие чего подьячие и канцеляристы Ржевской воеводской канцелярии держатся раскола, несмотря на то что таким по указам у дел быть не велено. В 1747 году было послано из консистории отыскать раскольничьих учителей в деревнях Старицкого уезда Чурилове и Васильевской, но бургомистр, записной раскольник Константинов, имеющий у себя раскольничью пристань, вместе с крестьянами смертно прибил и ограбил этих посланных и отбил взятую ими женщину с раскольническими лжетайнами, а Тверская провинциальная канцелярия ничего за это не сделала.
Другие вести о расколе приходили с севера; в Устюжском уезде из Белослуцкого стана из разных деревень сбежали тайно ночью крестьяне, записавшиеся по последней ревизии в раскол и не записавшиеся, всего 53 человека мужчин и женщин. За ними погнался прапорщик с солдатами, крестьянами и присланными из консистории священниками; он нашел беглецов в одном скиту, в котором с прежними беглецами набралось более 70 человек. Беглецы из окна переговаривали с священниками и на все увещания их отвечали: «Зачем приехали, то и творите, а у нас намерение положено одно, какое — сами знаем». Прапорщику прислан был указ: не брать беглецов приступом, чтобы не сожглись; но беглецы и без приступа зажгли скит и сгорели в нем все.
Предметом синодских занятий была также цензура книг. За неимением новых книг разбирали старые, и в 1749 году велено было отбирать книгу «Феатрон, или Позор исторический», переведенную с латинского Гавриилом Бужинским и изданную в 1724 году. В следующем году по именному указу взяты были из таможни объявленные в ней купцом Бузанкетом фарфоровые вещи в томпаковой оправе наподобие гусиных яиц, 14 штук, с изображением на них страстей Христа-Спасителя, Богоматери и св. угодников, которые к употреблению в них никаких мирских вещей неприличны; императрица приказала отдать их Бузанкету обратно с таким подтверждением, чтоб он не продавал их ни в Петербурге, ни в других местах Российского государства под тяжким штрафом, отправил бы их за границу и впредь с такими изображениями никаких вещей, сосудов и прочих, которые кладутся в карманы, на столы, употребляются для стенных уборов, он и другие купцы отнюдь не выписывали и не вывозили.
Члены Синода по-прежнему были из малороссиян; духовник императрицы протоиерей Дубянский был малороссиянин; фаворит Разумовской был также малороссиянин. Мы уже говорили, что главным достоинством Елисаветы, несмотря на вспыльчивость ее в отдельных случаях жизни, было беспристрастное и спокойное отношение к людям, она знала все их столкновения вражды, интриги и не обращала на них никакого внимания, лишь бы это не вредило интересам службы; она одинаково охраняла людей, полезных для службы, твердо держала равновесие между ними, не давала им губить друг друга. Этому спокойному, беспристрастному отношению императрицы к людям кн. Шаховской обязан был возможностью сохранять свое трудное место, несмотря на сильную набожность императрицы, несмотря на то что иностранцы уже кричали о чрезвычайном влиянии, данном Елисаветою духовенству, несмотря на то что малороссияне должны были находить себе заступника в фаворите-малороссиянине. Но понятно, что там, где интерес малороссиян и Малороссии не сталкивался ни с какими и ни с чьими другими интересами, Елисавета охотно должна была выслушивать представления фаворита и охотно делать все то, что могло содействовать благосостоянию страны, откуда он был родом.
Мы оставили Малороссию пред восшествием на престол Елисаветы, когда главным правителем страны был генерал Кейт. Мы видели, что Кейт намекал Остерману, что надобно воспользоваться нерасположением малороссиян к великороссиянам и в число великороссийских членов управления ввести немца. Но план не был приведен в исполнение: Кейт скоро понадобился в Петербурге, и Остерман назначил главным правителем Малороссии своего приверженца из русских известного Ив. Ив. Неплюева. Но и Неплюев недолго пробыл в Малороссии. В конце октября 1741 года приехал он в Глухов, а 3 декабря приехал туда генерал Бутурлин с манифестом 25 ноября о восшествии на престол Елисаветы; Бутурлину было велено сменить Неплюева, отправить его в Петербург, а самому остаться правителем Малороссии впредь до нового распоряжения. Старшина и полковники поднесли за это известие Бутурлину 2000 рублей и выбрали троих депутатов — Апостола, Марковича и Горленко — для отправления в Петербург ходатайствовать по малороссийским делам пред новою императрицею. В январе 1742 года депутаты отправились и наняли себе в Петербурге квартиру — пять каменных палат в верхнем этаже за 14 рублей в месяц; извощик с парою лошадей стоил 40 алтын в день, сани и упряжь свои. Первые визиты были к генералу Ушакову, продолжавшему заведовать Тайною канцеляриею, и к канцлеру князю Черкасскому. Затем следовали другие вельможи, из которых только князь Александр Бор. Куракин, любивший сильно попировать, угостил депутатов, «напоил и накормил с особливою своею похвальною склонностию». Только на четвертый день депутаты были по службе у Алексея Григорьевича Разумовского, камергера, нашего малороссиянина. На шестой день после обеда были во дворце и имели аудиенцию у ее импер. величества. Государыня изволила стоять в присутствии дам и господ. Привет говорил пан полковник лубенский Апостол; на привет ответствовал тайный советник барон Миних, обнадеживая милостию монаршею весь народ и партикулярно депутатов. После того допущены были к ручке ее величества.