В то время как императрица переписывалась с сибирским губернатором об Алеутских островах, она должна была внимательно следить за явлениями на противоположной, Юго-Западной Украйне, в Киеве, Запорожье и Слободской губернии. Мы видели, что в Малороссии монастыри и архиерейские дома продолжали еще владеть населенными землями, и видели, как Екатерина заботилась о скорейшем уравнении Малой России с Великою в этом отношении. В 1766 году Синод получил предложение от своего обер-прокурора Мелиссино: «Ее и. в-ство избавить соизволила духовный чин от суеты мирской и от того зазрения, в котором он долголетно находился, обращаясь в мирских попечениях. Св. Синод опытом уже самим удостоверился о блаженстве своем под державою православной своей монархини и не соизволит ли за долг звания своего принять и просить ее и. в-ство, дабы она ту же матернюю свою щедроту излияла и на духовный в Малороссии живущий чин. Ему ведомо нестроение, происходящее между духовными в Малой России единственно по причине управляемых ими самими имений духовных: епархии с монастырями, а монастыри с церквами в беспрестанных и долголетних тяжбах судовых находятся, а потому и сами власти во взаимной вражде между собою пребывают, все же духовные недвижимые имения с имениями мирских владельцев нескончаемые процессы ведут, и как власти по временам с места на место переходят, то судовые хлопоты даже до того простираются, что архиерей, произведенный из архимандрита, на себя, бывшего прежде архимандрита, противные и порицательные подает челобитные, чему особливо примеры находятся между кафедрою Киевскою и Печерским монастырем. Архиереи, архимандриты, игумены и игуменьи содержат в своих маетностях монахов городничими, т.е. управителями, которые своим развратным житием беспримерные соблазны мирским людям подают и, производя ссоры с мирскими помещиками, сами в поездах предводительствуют дракам, а иногда и смертоубийству». Синод 15 сентября подал доклад, в желаемом смысле подтверждая известия о беспорядках, например: «И ныне Гамалеевского монастыря архимандрит Давид по одному своему монастырю тяжебных дел до 100 объявляет».
Киев был занят выбором войта. При императрице Анне в 1735 году выборный войт был заменен коронным, войт Войнич был определен именным указом; но при Елисавете в 1753 году позволено было магистрату выбрать войта, и был избран Сычевский из гренадеров лейб-кампании. В описываемое время у этого Сычевского начались распри с магистратом, и 20 февраля 1766 года императрица послала киевскому губернатору Глебову указ, что надобно выбрать в КИЕВСКИЙ магистрат нового войта, а Сычевского по окончании его дела, если оправдается, определить на другое место для спокойствия того же магистрата. «Извольте магистрату приказать, — писала Екатерина, — выбор сделать по их привилегиям четырех кандидатов; а мы вам рекомендуем внушить им от себя, чтоб четвертым кандидатом поставили Киевской губернской канцелярии прокурора Пивоварова». Глебов внушал, но, несмотря на его внушения, Пивоваров избран не был, и киевский обер-комендант Ельчанинов в рапорте Глебову писал, что его уверяли, будто перед выборами призываны были в ратушу старшие и через писаря Давыдовского запрещено им было подавать голоса за Пивоварова и за кого бы то ни было из великороссиян, в противном случае чиновник будет лишен чина, а мещанин выгнан из города. 23 марта Глебов был назначен сенатором, и на его место приехал генерал-аншеф Воейков, который начал тем, что собрал магистрат и все привилегированное мещанство, избирающее войта, и перед ними изорвал их прежний выбор, приказавши собраться для новых выборов. В назначенный день, 3 августа, генерал-губернатор поехал сам на выборы. После обыкновенных переговоров между избирателями встал один магистратский член и объявил имена новых четырех кандидатов для общего всего собрания рассуждения; но едва только он успел назвать имена, как со всех сторон послышались голоса, что выбором довольны. Эти кандидаты были: Пивоваров, секретарь графа Григория Орлова Григорий Козицкий, находящийся при великом князе-наследнике камердинером Андриевский и Киевского магистрата медовый шафар Дмитрович.
А в Петербурге в Военной коллегии граф Захар Чернышев должен был вести спор с запорожцами, которые жаловались, что у них отняли землю. «Ваше сиятельство, — писали запорожцы, — при заседании прошлого года августа месяца объявлять изволили, что Новосербии отданные земли войску паки возвратятся, а на поселение оных и прочих на другой стороне Днепра от Орели по границу 1714 года, с турками учиненную, возьмется, но ныне слышно, яко не только по ту границу, но по самую речку Самарь взять в войско земли вознамерились, что следует с немалым войску утиском, разорением и крайним недовольством, потому если будет по Самаре с одной стороны Новороссийской губернии поселение и крепости, а с другой — запорожцы, то, сверх того, что поселенцы новороссийские воровством и насильным отнятием леса и прочего запорожских козаков разорять и обижать, в крепостях стоящие великороссийские команды воровства, разбои, смертные убийства чинить будут, а унять их от того никакими мерами будет невозможно, отчего не только беспрерывные командам затруднения, но под случай и междоусобство следовать может. Войско Запорожское будет иметь недовольство, ибо Самарь с землями дана ему королями польскими и утверждена государями российскими и из запорожских рук никогда не отходила. Много там козачьих жилищ, бросить их — нестерпимое разорение. Ненадежно, чтоб хан допустил заводить крепости на своих глазах. Не лучше ли сделать так: строить крепости, начав снизу речки Орели, отсюда по рекам Торцам к Луганчику: здесь от турок и крымцев никаких помех не будет, при тех крепостях слободы и деревни заводить легко, ибо Орель и прочие впадающие в нее речки лесом и водою довольны; и потому быть между запорожцами и Новороссийскою губерниею межою от Днепра до Азовского моря границе 1714 года, а с другой стороны — Днепру; а всего бы лучше и Орель с землею оставить при Запорожье, не отбирать у войска земель, ибо оно с ними под Российскую державу пришло добровольно и, только на оных довольствуясь, служит всероссийскому престолу на всем своем коште; оставить без нарушения их старинных привилегий, требуя от оных одной только верности, сбережения границ и всякой службы к защищению российского отечества, к чему они всегда состоятельны были и могут быть, видя монаршую к себе в том милость». Ответ последовал такой: вместо земли между Орла и Самары возвращена будет Войску Запорожскому вся бывшая Новая Сербия, кроме положенной от оной на барьер от Днепра на 20 верст. По сю сторону Самары в крепостях учреждены гарнизоны, а между ними в редутах и около оных поселены будут регулярные гусарские и козацкие полки, коих от воровства строгою военною дисциплиною удержать можно. Чтоб состоящие в крепостях команды чинили воровство, разбои и смертоубийство, показано напрасно и напротив доказать можно, что от самих запорожцев подобные нахальства часто происходили. Если дойдет до междоусобия, то виноваты будут командиры и будут за то наказаны. Чтоб Самара с землями от королей польских запорожцам дана, заподлинно утверждать нельзя, и кажется вероятнее, что оное от российских государей отдано взамен отшедших к Польше козацких жилищ, и то не одному Запорожскому, а всему с Хмельницким вышедшему войску; но в 708 году, когда запорожцы, взбунтовавшись, перешли на татарские границы, до 714 счислялась сия река в российских границах, а после уступлена туркам, и, хотя запорожцы под российское владение возвратились и сперва на речке Каменке, а потом в Сече поселились, только уступленная туркам земля более завоевана российским оружием и возвращена по мирному трактату 730 года. После этого турецкого мира на устье Самары учреждена была сотня Полтавского полка, которая в 745 году по сенатскому указу уничтожена, а жители Богородицкой слободы оставлены под ведомством самарского ретраншемента, запорожцы же, усиливаясь на Самаре, насильно отнимали у жителей леса и угодья, делали беспрестанно всякие нахальства и принудили их наконец перейти в запорожское новоселье, однако ж и поныне от Китайгородской и Орлянской сотни выборные козаки с подпомочниками между речек Самары и Орели домами живут, да и во время войны Самара защищаема была регулярным войском, а запорожцев для закрытия оной ни одного не было. Запорожских жилищ там едва ли десятая доля против малороссийских, да и тем вольно оставаться при своих землях под новороссийским правом, как и прочим там живущим. Река Орел лесом по большей части скудна и по сю сторону уже почти заселена, а на Орльчике по сю же сторону земля отдана Петром Великим Кочубеям, так что по переселении Елисаветградской провинции жителей земли с угодьями не будет достаточно. А в Бахмутской провинции земля по большей части бесплодная. Напротив чего, у запорожцев по малолюдству их большая часть хлебородной земли и сенокосов без употребления и есть такие зимовники, что верст от 15 до 20 землею владеют. Новосербия от Буга, не доходя до Днепра за 20 верст, яко земля, оставленная на барьер для всяких случаев, отдается Запорожскому войску во владение с тем, чтоб на оной селить по своим правам только неженатых; а если позволить им селить женатых, то не без сомнения, что они столь много земли требуют для того, чтоб, приманивая к себе малороссийский народ, тем как Малороссию, так и Слободскую и Новороссийскую губернию опустошать. А во время войны сих людей, рассеянных по степям, и всею армиею защитить возможности не будет. Под Российскую державу Войско Запорожское отдалось не одно само собою, но по тогдашним обстоятельствам с Хмельницким обще со всею Малороссиею и только от поляков российским войском обороняемо было. Службу оное войско исправляет не совсем на своем коште, да и то только не в большом числе.