После подписания присяги депутаты отправились во дворец, в аудиенц-залу, где Екатерина стояла на тронном возвышении, имея по правую сторону стол, покрытый красным бархатом, где лежали наказ комиссии, обряд управления комиссиею и генерал-прокурорский наказ. По левую сторону трона стоял великий князь с правительственными лицами, придворными и министрами иностранными, по правую — знатнейшие дамы; на второй ступени тронного возвышения стоял вице-канцлер князь Александр Мих. Голицын.
Когда генерал-прокурор представил императрице депутатов, депутат от Синода, новгородский митрополит Димитрий (Сеченов), начал речь, в которой искусно вывел законодательное преемство Екатерины от Юстиниана: «Прославлялася иногда Древняя Греция, прославлялся Рим своими законодателями; но к полной их славе недоставало того, что не просвещены были евангельским учением, которое есть всякого нравоучения претвердым основанием; но ты, сим светом путеводима, из источников истины христианския почерпаеши воду животную. Были и в христианских греческих государях, кои славу законодателей получили; по течению вещей, по неизвестным Божиим судьбам пременившуся (вследствие турецкого нашествия), сила законов сама собою перестала. Но в сих судьбах печальных усматриваем мы судьбу для нас благоприятную, ибо, по перенесении с Востока к нам веры, и право законодательства яко наследственно тебе препоручено от того, который и настоящая потребно править и будущая полезно устрояет». Когда митрополит кончил, вице-канцлер от имени императрицы обратился к депутатам с речью, в которой приглашал их приступить к своему великому делу: «Начинайте сие великое дело и помните при каждой строке оного, что вы имеете случай себе, ближнему вашему и вашим потомкам показать, сколь велико было ваше радение о общем добре, о блаженстве рода человеческого, о вселении в сердце людское добронравия и человеколюбия, о тишине, спокойствии, безопасности каждого и блаженстве любезных сограждан ваших. Вы имеете случай прославить себя и ваш век и приобресть себе почтение и благодарность будущих веков. От вас ожидают примера все подсолнечные народы; очи их на вас обращены. Слава ваша в ваших руках, и путь к оной вам открыт; от согласия вашего во всех сих полезных отечеству делах зависеть будет и совершенность оныя».
На другой день, 31 июля, с семи часов утра депутаты начали собираться в Грановитой палате; в 10 часов по приглашению генерал-прокурора сели по местам в числе 428 человек. Приступили к избранию маршала; больше всех голосов получил вяземский дворянский депутат граф Ив. Григор. Орлов (278 избирательных и 150 неизбирательных), за ним брат его копорский депутат граф Григорий Григорьевич (228 и 200), потом волоколамский депутат граф Захар Григор. Чернышев (179 и 249), костромской депутат Александр Ильич Бибиков (165 и 262), орловский депутат граф Федор Григор. Орлов (159 и 269), депутат от Сената князь Мих. Никит. Волконский (147 и 254), московский депутат Петр Ив. Панин (137 и 296). Трех первых кандидатов должно было представить императрице на утверждение; но когда генеральный прокурор объявил собранию, что большинство голосов пало на двоих Орловых — Ивана и Григория, то последний встал и просил собрание уволить его от должности маршала за множеством дел, возложенных на него императрицею. Собрание согласилось; следующий за ним кандидат, граф Чернышев, также просил об увольнении, но собрание не согласилось, и потому представлены были трое: граф Иван Орлов, граф Чернышев и Бибиков. 3 августа, во втором заседании комиссии, объявлено было собственноручное решение Екатерины: «Как граф Орлов нас просил о увольнении, а граф Чернышев обязан многими делами, то быть предводителем костромскому депутату Александру Бибикову». По прочтении этого решения генерал-прокурор передал Бибикову свой жезл, и началось чтение «Наказа», который, по словам дневной записки, был слушан с восхищением, многие плакали, особенно когда читались слова: «Боже сохрани, чтоб после окончания сего законодательства был какой народ больше справедлив и, следовательно, больше процветающ. Намерение законов наших было бы не исполнено: несчастие, до которого я дожить не желаю». В пятом заседании, 9 августа, депутаты стали говорить: «Что сделать для государыни, благодеющей своим подданным и служащей примером всем монархам? Чем изъявить, сколь много ей обязаны все счастливые народы, ею управляемые?» Остановились на мысли поднести Екатерине титул премудрой и великой матери отечества.
12 августа после обедни — это было воскресенье — императрица приняла депутатов во дворце, и маршал Бибиков говорил ей речь, которая оканчивалась так: «Став делами твоими удивление света, будешь „Наказом“ твоим наставление обладателей и благодетельница рода человеческого. Потому весь человеческий род и долженствовал бы предстать здесь с нами и принести вашему имп. в-ству имя матери народов, яко долг, тебе принадлежащий. Но как во всеобщем благополучии мы первенствуем и первые сим долгом обязуемся, то первая Россия в лице избранных депутатов, предстоя пред престолом твоим, приносяще сердца любовию, верностию и благодарностию исполненныя. Воззри на усердие их как на жертву, единые тебя достойную! Благоволи, великая государыня, да украшаемся мы пред светом сим нам славным титлом, что обладает нами Екатерина Великая, премудрая мать отечества. Соизволи, всемилостивейшая государыня, принять титло как приношение всех верных твоих подданных и, приемля оное, возвеличь наше название. Свет нам последует и наречет тебя матерью народов. Сей есть глас благодарственный торжествующей России! Боже сотвори, да будет сей глас — глас вселенной!» Вице-канцлер отвечал, что императрица «с удовольствием принимает изображенную депутатами чувствительность, тем более что оная благодарность ясно предвещает ту горячность, которую они самим делом намерены показать свету исполнением в „Наказе“ предписанных правил». Относительно принятия предлагаемого титула ответила сама императрица: «О званиях же, кои вы желаете, чтоб я от вас приняла, — на сие ответствую: 1) на великая — о моих делах оставляю времени и потомкам беспристрастно судить; 2) премудрая — никак себя таковою назвать не могу, ибо един Бог премудр, и 3) матери отечества — любить Богом врученных мне подданных я за долг звания моего почитаю, быть любимою от них есть мое желание».
Последующие заседания были посвящены избранию членов в три особые комиссии: дирекционную, экспедиционную и комиссию разбора депутатских наказов. Дирекционная должна была составить прочие частные комиссии для разных отраслей законодательства (юстиции, вотчинных дел, торговли и т.д.) и выбрать в них членов из полного собрания депутатов по баллотировке. Дирекционная комиссия следила за ходом работ в частных комиссиях посредством еженедельных меморий, получаемых ею от каждой комиссии: если из этих меморий усматривалось уклонение от правил, то дирекционная комиссия направляла уклонившуюся комиссию на должный путь. Каждая частная комиссия, окончив свой труд, вносила его в дирекционную комиссию, которая должна была смотреть, согласен ли он с «Наказом» императрицы, нет ли несходства одной части с другой и все ли части клонятся к сохранению целости империи чрез добронравие, народное благополучие и человеколюбивые законы. Экспедиционная комиссия наблюдала, чтоб труды всех других комиссий изложены были по правилам языка и слога. Она отвечала за то, что не нашла и не оставила речей и слов двоякого смысла, темных, неопределенных и невразумительных. Эта комиссия была необходима, ибо мысль русских людей по недавности знакомства с наукою с великими усилиями вращалась в новом мире политических и юридических понятий и отношений, что отражалось в речи, тяжелой, неправильной и темной. Комиссия о разборе депутатских наказов должна была разобрать наказы и проекты по их содержанию и выписки из них представить полному собранию комиссии, которая, со своими замечаниями, отсылала их в дирекционную комиссию.