Итак, с православными велено было поступать как с преступниками, гонение на них было узаконено. Но указ королевский не мог быть приведен в исполнение во всей силе: наказывать за противление унии пришлось бы слишком многих, целый народ, и некоторые из этих многих были очень сильны, а правительство было очень слабо. В то время, как Сигизмунд приказывал преследовать православных и награждал епископов-униатов, князь Острожский уговорил Балабана и Львовское братство прекратить свои тяжбы на год, в продолжение которого обе стороны обещали князю оборонять заодно православную веру.
Но в то самое время, как Западная Россия волновалась униею, в ней обнаружилось явление, которое должно было иметь решительное влияние на исход борьбы. Мы видели, что оба государства Восточной Европы: Московское и Польское единовременно должны были начать неприязненные отношения к усилившимся на украйнах их козакам, которые вели себя одинаково, как на востоке, так и на западе. Величая себя сберегателями государств, они не ограничивались нисколько пограничною стражею, но, по своему хищническому характеру, которого они не скрывали, объявляя, что если им не нападать на соседей, то жить нечем – по этому характеру своему, козаки нападали на соседей и тогда, когда государству это было вредно, нападали морем на турецкие владения и вовлекали оба государства, и особенно Польское, в опасную вражду с Турциею. Понятно, что Польша должна была всеми силами хлопотать о том, чтоб отнять у козаков возможность вредить государству. По заключении мира с Турциею, по которому Польша обязалась удержать козаков от нападений на турецкие владения, на сейме 1590 года было определено, чтоб коронный гетман обозрел и привел в известность края, обитаемые козаками, дал бы им старшего, ротмистров и сотников из польской шляхты, чтоб козаки присягнули в верности республике, не отправлялись за границу ни водой, ни сухим путем без позволения коронного гетмана, не принимали польских беглецов, и чтоб козаков было определенное число, внесенное в гетманский список. Два комиссара отправились с сейма для постоянного пребывания между козаками, для наблюдения за исполнением сеймового решения. Понятно, что козаки не могли спокойно покориться этому решению; в 1592 году, под начальством какого-то Косинского, в числе 5000 человек, напали они на Подолию и опустошали владения князя Острожского и других панов. Князь Константин выслал войско, которое поразило Косинского под городом Пяткою, недалеко от Тарнополя; впоследствии Косинский был окружен и убит на дороге в Черкасы. В 1595 году, или около этого времени, запорожский гетман Григорий Лобода опустошил Украйну; на Волыни князь Константин Острожский успел уладиться с ним: Лобода отправился в дунайские княжества против турок, Острожский двинулся на Полесье; но в это время от войска Лободы отделился Наливайко с толпою в 1000 человек и занял Острополь, имение Острожского; не знаем, как разделался князь Константин с этим гостем; но знаем, что после Наливайко вторгнулся в Белоруссию, овладел Слуцком. 30 ноября 1595 г. Наливайко уже с 2000 козаков вступил в Могилев на Днепре; запылали дома, лавки, острог; девяносто домов превращено было в пепел; козаки грабили, убивали жителей, не разбирая ни пола, ни возраста. Против разбойников двинулся литовский гетман Радзивилл с 14000 литвы и 4000 татар. Наливайко, заслышав о приближении Радзивилла, вышел из Могилева и огородился возами; из этого козацкого укрепления отбивался он целый день от Радзивилла, отбился и ушел к Быхову. Литва гналась за козаками, но ничего им не сделала, только сама грабила. Коронный гетман Жолкевский писал королю в 1596 году: «Страшно вспомнить, до чего дошло это своевольство; какое забвение величия королевского, замыслы о разрушении Кракова, об истреблении шляхетского сословия!» Наконец Жолкевскому удалось поразить и взять в плен Наливайка при Лубнах в урочище Солонице. Наливайко был казнен в Варшаве в 1597 году. Подозревали Острожского в сношениях с Наливайком; говорили, что и Лобода, с ведома князя, опустошал Украйну; по этому случаю Острожский писал зятю своему, Радзивиллу, воеводе виленскому: «Полагаюсь на бога, который спасет не только от подозрения, но и от смерти».
Государство, по-видимому, восторжествовало над козаками; но это государство носило в себе глубокие раны, которые растравлялись все более и более; то была слабость правительства, которое не имело возможности удерживать людей сильных от насилия, удерживать войско, которое, не получая жалованья, страшно грабило: так, во время войны с Наливайком, чего не взяли козаки, то побрали солдаты; то была религиозная борьба вследствие унии, гонение, которому подверглись православные; то было тяжкое состояние, в котором находилось низшее земледельческое сословие; сельские веча, или копы, не очень сильные, как мы видели, и во второй половине XVI века, все более и более теряют свое значение в XVII, мужи сходатаи уступают власть свою помещикам. Помещик или помещица, с несколькими приятелями, иногда в присутствии священника, производят суд и расправу. Крестьяне, присланные околичными селениями, присутствуют безмолвно, соглашаясь с распоряжениями помещика и его приятелей. Некоторые помещики вовсе запретили своим крестьянам ходить в народные сельские собрания и принимать участие в копных судах. Помещики и управляющие их еще в 1557 году получили право казнить своих слуг и крестьян смертию; мало того: отдавая имения свои в аренду жидам, давали им право брать себе все доходы, судить крестьян без апелляции, наказывать виновных и непослушных, по мере вины, даже смертию. И вот крестьяне, или хлопы, как их называли на юго-западе, бегут в козаки, и Жолкевский жалуется на замыслы об истреблении шляхетского сословия. В Московском государстве козаки воспользовались смутою и, чтоб удобнее бороться с государством, выставили знамена мнимых сыновей и внуков Иоанна IV; но здесь с окончанием смуты кончилось и царство козацкое. Иначе было в государстве Польском: здесь козаки, ратуя за свои интересы с государством, могли благодаря унии связать свое дело с делом священным, народным, выставить религиозное знамя.
1597 год начался возмутительным процессом экзарха патриаршего Никифора, которого, как уже мы видели, король в своей грамоте называл шпионом. В имении гетмана Замойского схвачен был слуга князя Острожского, который ехал в Валахию покупать лошадей для князя, и нашли у него письма, которые дал ему греческий монах Пафнутий, ехавший в Москву. В этих письмах найдены были жесткие выражения против поляков, и вот ими воспользовались для обвинения Никифора, на которого сердились за Брестский собор; объявили, что письма писаны им, а не Пафнутием. Несмотря на то, что сам Никифор и прокуратор его, или адвокат, блистательно доказали всю нелепость обвинений, Никифора не хотели освободить от суда. Старик князь Острожский, оскорбленный этим делом, в котором хотели задеть столько же и его, сколько Никифора, говорил длинную речь королю, припоминал заслуги предков и свои собственные, припомнил, что, несмотря на вражду свою с Замойским, он был с ним заодно на стороне Сигизмунда при избрании королевском, за что король оказал ему большую милость, посадивши одного его сына по правую свою сторону в сенате, а другого по левую, и таким образом утешил его старость. Но теперь неприятель его, Замойский, гонит слуг его; людей добрых, невинных на вольных дорогах хватает, деньги отбирает, мучит, желая нанести на него какое-нибудь бесчестье; на духовных его нападает, изменниками их выставляет. «А ваша королевская милость, видя насилие над нами и нарушение прав наших, не обращаешь внимания на присягу свою, которою обязался не ломать прав наших, но умножать и расширять. Не хочешь нас в православной вере нашей держать при правах наших, на место отступников-епископов других дать, позволяешь этим отступникам насилия делать и проливать кровь тех, которые не хотят идти за ними в отступничество, грабить их, из имений выгонять. За веру православную наступаешь на права наши, ломаешь вольности наши и, наконец, на совесть нашу налегаешь: этим присягу свою ломаешь, и если прежде что-нибудь для меня сделал, то последнею немилостию своею все ни во что обращаешь. Не только сам я, сенатор, терплю кривду, но вижу, что дело идет к конечной гибели всей Короны Польской, потому что теперь никто уже не обеспечен в своем праве и вольности, и в короткое время настанет великая смута. Предки наши, сохраняя государю верность, послушание и подданство, взаимно от него милость, справедливость и защиту получали. На старости лет затронули у меня самые дорогие сокровища: совесть и веру православную. Видя смерть перед глазами, напоминаю вашей королевской милости: остерегитесь; поручаю вам отца Никифора, а крови его на страшном суде божием искать буду; прошу бога, чтоб уже больше не видать мне такого ломанья прав». Кончивши свою речь, Острожский встал и, опираясь на руку одного приятеля, пошел из королевской комнаты; приятель напоминал ему, что надобно подождать ответа королевского. «Не хочу!» – отвечал старик и продолжал путь; тогда король послал за ним зятя его, виленского воеводу Радзивилла, с просьбою вернуться. «Уверяю вас, – говорил Радзивилл, – что король принимает участие в вашей печали и Никифор будет освобожден». Но раздраженный старик отвечал: «Пусть себе и Никифора съест!» – и вышел из дворца. Упрямство гордого магната, действительно, погубило Никифора; он умер в заточении в Мариенбурге, которому скоро суждено было увидеть в стенах своих других, более знаменитых узников. Говорят, будто недостаток в пище ускорил смерть Никифора.