Печальные известия о беспорядках в областях, особенно отдаленных, привели императрицу к мысли сосредоточить власть в руках губернаторов, ибо по немногочисленности тогдашних губерний она могла надеяться на достаточное число людей, достойных ее доверенности. До нас дошла любопытная записка Екатерины к Елагину: «Слушай, Перфильевич! Если в конце сей недели не принесешь ко мне наставлений или установлений губернаторской должности, манифест против кожедирателей да дело Бекетьева совсем отделанные, то скажу, что тебе подобного ленивца на свете нет да никто столько ему порученных дел не волочит, как ты». Наконец Перфильич принес «Наставление губернаторам», которое было обнародовано 21 апреля. Наставление начинается указанием неоспоримой истины, что «все целое не может быть отнюдь совершенно, если части его в непорядке и неустройстве пребудут; главные же части, составляющие целое отечество наше, суть губернии, и они самые те, которые более всего поправления требуют». Императрица обещает со временем произвести это поправление, а теперь пока самым нужным делом считает дать новые правила для губернаторов. Губернатор называется поверенною от государя особою, главою и хозяином всей губернии. Относительно взяточников в наставлении говорится: «Хотя о душевредном лихоимстве и гнусных взятках многими строжайшими указами обнародовано, и мы особливо ныне надеемся, что все наши верноподданные, чувствуя материнское наше определением достаточного им жалованья милосердие, не прикоснутся к толь мерзкому лакомству, прелестному только для одних подлых и ненасытным сребролюбием помраченных душ. Однако если б в которой губернии против чаяния нашего таковой враг отечества и явился, то по прямом изобличении в малом ли или великом лихоимстве может его губернатор не только немедленно лишить места, но и при своем доношении отослать к должному осуждению в юстицию». В чрезвычайных случаях, как-то: при пожаре, голоде, наводнении, моровой язве, сильных разбойничьих движениях, при народном возмущении, губернатор принимает главное начальство над всеми служащими и неслужащими в его губернии находящимися людьми до тех пор, пока такое приключение прекратится. Относительно сосредоточения власти в руках губернатора говорится: «Как в рассуждении великого империи нашей пространства, не бывав во всех губерниях и провинциях, лежащих в разных климатах и разными выгодами довольствующихся, заочно невозможно ни всех польз провидеть, ни всех неустройств отвратить, ниже достаточною снабдить предосторожностию, то для того все земские правительства, находящиеся в губерниях, кроме Москвы и Петербурга, которые губернским канцеляриям не подчинены, как, например, таможни, магистраты, пограничные комиссии, полиции и ямские правления – словом, все, какого б звания ни были, гражданские места отныне должны состоять в ведомстве губернатора как истинного опекуна врученной от нас ему губернии, дабы он, получая от них рапорты и подробные о должностях и порядках их известия, точные обо всем сведения иметь и утесненных людей, не могущих за отдаленностию идти с жалобами своими к вышним тех мест правительствам, защищать и оборонять мог. Сверх того, губернатор, имея о всех до губернии его касающихся делах и обстоятельствах прямые от всех известия, а из того собирая понятия и познания и чрез них предусматривая согласно с выгодами, торгами и промыслами ее обитателей разные пользы, как к приращению нашего интереса, так и к общему добру служащие, Сенату нашему и нам самим о том представлять, а вкрадшиеся непорядки или и самое упущение и недостаток в узаконениях подобными же представлениями исправлять и отвращать может, ибо он во всем том пред нами яко хозяин своей губернии отчет и ответ дать долженствует и незнанием или непроницательством отговариваться не может». Губернатор должен объезжать свою губернию каждые три года, наблюдая, все ли, как должно, исполняют свои обязанности. Губернатор должен заботиться о земледелии «как источнике всех сокровищ и богатств государственных и о размножении свойственных каждой губернии и провинции продуктов, отпускаемых за моря». Губернатор заботится об исправности дорог, об истреблении воров и разбойников. О количестве последних можно заключить из слов самого наставления: «Материнским соболезнуя духом, мы повелеваем каждому губернатору прилагать паче всего всевозможнейшие меры и попечения к истреблению таковых отечеству и всему роду человеческому злодеев, выведывая и искореняя их пристани». Относительно воевод отменен был указ 1672 года, по которому нельзя было назначать воевод в те местности, где у них были деревни. В конце года валуйский воевода Клементьев за взятки был лишен всех чинов. Подполковник Свечин, посланный в Казанскую губернию для осмотра дубовых лесов, доносил определенные к новокрещеным защитники и их подчиненные вместо защиты разоряют новокрещен взятками и поборами, именно: надворные советники Зеленый, Сокольников, майоры Ларионов, Воропонов, Лазарев, титулярный советник Мякишев, поручик Алексеев, прапорщики Яшков, Шипилов, регистраторы Гаврилов, Чеадаев. Сенат приказал: исследовать казанскому губернатору, а защита отрешена и новокрещенская контора уже уничтожена.
Правительство постоянно указывало на новые штаты как на средство против взяточничества, но последовательность требовала отнять у чиновника побуждение копить денежку на черный день, на старость и болезнь, копить на счет просителей и подчиненных, последовательность требовала назначения пенсий, и пенсия была назначена статским чинам за 35 лет службы или менее в случае болезни.
В 1764 году окончила свое дело комиссия о церковных имениях, или Духовная комиссия. Указом Сенату 26 февраля императрица объявляла об утверждении доклада комиссии. Монастырских крестьян было исчислено до 911000, исключая Малороссии и губерний: Харьковской, Екатеринославской, Курской и Воронежской, где исчисление было произведено позднее; каждый крестьянин обложен был оброком по рублю 50 копеек в год, что доставляло сумму в 1366299 рублей. Так как архиерейские домы имели крестьян и должны были получать за них вознаграждение в постоянном окладе, то все епархии разделены были на три класса: в первый зачислены были только три епархии – Новгородская, Московская и Петербургская; во второй – 8 и в третий – 15; на все архиерейские домы отчислено было в год по 149586 рублей. Всех монастырей было 947, из них мужских – 728, женских – 219, но из них большая часть не имела населенных земель, а из имевших некоторые имели очень много крестьян, а другие очень мало. Имевшие крестьян монастыри и, следовательно, имевшие право получить за них вознаграждение в постоянном денежном окладе вошли в число штатных и разделены были на три класса: в первом мужских считалось 15 монастырей, во втором – 41, в третьем – 100; на все эти штатные монастыри положено было выдавать в год 174750 рублей; женские монастыри были также разделены на три класса, и на них назначено было в год 33000 рублей. Монастыри, не имевшие крестьян, оставлены были на прежних своих средствах существования, и из них остался только 161 монастырь, а прочие были упразднены или обращены в приходские церкви. Каждый архиерейский дом должен был иметь богадельню с определенным по классам епархий количеством призреваемых; всех богаделенных обоего пола полагалось 765 человек, каждому шло по 5 рублей в год, следовательно, вся назначенная для них из коллегии Экономии сумма простиралась до 3825 рублей. Содержание отставных военных при архиерейских домах и в монастырях признано неудобным, «ибо духовным властям таковых отставных, яко воинских людей, в надлежащем порядке содержать, а тем военным людям в спокойствии под правлением и смотрением духовных быть весьма несходственно. К тому же отставные, имеющие у себя жен и детей, с трудом могут себя положенным окладом продовольствовать, и для того дети их принуждены скитаться по миру или кормиться работою у посторонних людей, а другие к вотчинникам в подушный оклад записывались». Поэтому решено было отставных военных отправлять не в монастыри, а в назначенные города числом 31 город, где им на первый раз отводились квартиры у обывателей, и давать жалованья: гвардии обер-офицерам – по 100 рублей, унтер-офицерам – по 20, капралам и рядовым – по 15; армейских полков подполковникам – по 120 рублей, майорам – по 100, капитанам – по 65, поручикам – по 40, подпоручикам и прапорщикам – по 33, унтер-офицерам – по 15, рядовым – по 10 рублей. Число таких отставных военных было определено именно 4353 человека, а сумма, на них отпускаемая, должна была простираться до 80600 рублей. Право на такое « вечное пропитание» из субалтерн-офицеров имели те, у которых было меньше 25 душ крестьян, из капитанов – меньше 30, а из штаб-офицеров – меньше 40 душ, включая в то число недвижимые имения, принадлежащие женам их. Вдова, оставшаяся после военного, если имеет не более сорока лет, а недвижимое имение ее не больше вышеозначенного, получает один раз годовое жалованье мужа; если же старше 40 лет и замуж идти не захочет, то получает по смерть осьмую долю мужнего жалованья; дети мужского пола до 12, а женского до 20 лет получают двенадцатую долю отцовского жалованья; с 12 лет мальчики поступают в школы, девицы выдаются замуж с приданым, равняющимся целому годовому жалованью отца их; если же по болезни или какому-нибудь увечью замуж идти не могут, то получают по смерть двенадцатую долю отцовского жалованья. Сумма, определенная на содержание вдов и сирот, простиралась до 34400 рублей. Устройством семинарий комиссия не имела еще возможности заняться, и потому это дело отложено было на будущее время.