Шемяка не послушался увещаний духовенства, и в 1448 году великий князь выступил в поход. Тогда Юрьевич, не пугавшийся церковного проклятия, испугался полков Васильевых и послал просить мира к великому князю, который остановился в Костроме. Мир был заключен, как видно, на прежних условиях, и Шемяка дал на себя проклятые грамоты. Иона, посвященный в декабре 1448 года в митрополиты, уведомляя об этом посвящении своем князей, панов, бояр, наместников, воевод и все христоименитое господне людство, пишет: «Знаете, дети, какое зло и запустение земля наша потерпела от князя Дмитрия Юрьевича, сколько крови христианской пролилось; потом князь Дмитрий добил челом старшему брату своему, великому князю, и честный крест целовал, и не однажды, но все изменял; наконец, написал на себя грамоту, что если вооружится опять на великого князя, то не будь на нем милости божией, пречистой богоматери, великого чудотворца Николы, св. чудотворцев Петра и Леонтия, преподобных Сергия и Кирилла, благословения всех владык и всего духовенства ни в сей век, ни в будущий; поэтому, продолжает Иона, пишу к вам, чтобы вы пощадили себя, не только телесно, но особенно духовно, посылали бить челом к своему господарю великому князю о жалованье, как ему бог положит на сердце. Если же не станете бить челом своему господарю и прольется от того кровь христианская, то вся эта кровь взыщется от бога на вас, за ваше окаменение и неразумие; будете чужды милости божией, своего христианства, благословения и молитвы нашего смирения, да и всего великого священства божия благословения не будет на вас; в земле вашей никто не будет больше называться христианином, ни один священник не будет священствовать, но все божнп церкви затворятся от нашего смирения».
В конце 1448 года уведомлял митрополит о мире великого князя с Шемякою, а весною следующего 1449 года Шемяка уже нарушил крестное целование, свои проклятые грамоты и в самое Светлое воскресенье осадил Кострому, бился долго под городом, но взять его не мог, потому что в нем была сильная застава (гарнизон) великокняжеская под начальством князя Ивана Стриги и Федора Басенка. Скоро и сам великий князь выступил с полками против Шемяки, с которым опять заодно действовал Иван можайский, а с великим князем шли вместе также могущественные союзники – митрополит и епископы. На Волге, в селе Рудине, близ Ярославля, встретились неприятели, но битвы не было, потому что Можайский оставил Шемяку и помирился с Василием, который придал ему Бежецкий Верх. Мы видели, что Бежецкий Верх был отдан Ивану гораздо прежде, в 1447 году, но это нисколько не может заставить нас заподозрить приведенное летописное известие, потому что до нас не дошло никаких известий о причинах, которые побуждали Шемяку и Можайского восставать на великого князя; очень может быть, что у Можайского почему-нибудь было отнято пожалование 1447 года; мы знаем, что еще в феврале 1448 года Можайский чрез посредство тестя своего князя Федора Воротынского вошел в сношения с великим князем литовским Казимиром, требуя помощи последнего для овладения столом Московским, за что обязывался писаться всегда Казимиру братом младшим, уступить Литве Ржеву, Медынь, не вступаться в Козельск и помогать во всех войнах, особенно против татар. Под 1450 годом встречаем новое известие о походе великого князя на Шемяку, к Галичу: 27 января великокняжеский воевода князь Василий Иванович Оболенский напал на Шемяку, который стоял под городом со всею своею силою; Шемяка потерпел страшное поражение и едва мог спастись бегством; Галич сдался великому князю, который посадил здесь своих наместников.
Лишенный удела, Шемяка скрылся сначала в Новгороде, но потом, собравшись с силами, захватил Устюг; земли он не воевал, говорит летописец, но привел добрых людей к присяге, кто же из них не хотел изменить великому князю Василию, тех бросал в реку Сухону, навязавши камень на шею; из Устюга ходил воевать к Вологде. Великий князь, занятый делами татарскими, не мог действовать против Шемяки в 1451 году и только в начале 1452 выступил против него к Устюгу; Шемяка испугался и убежал на реку Кокшенгу, где у него были городки; но преследуемый и там великокняжескими полками, убежал опять в Новгород. В 1453 году отправился туда из Москвы дьяк Степан Бородатый; он подговорил боярина Шемякина Ивана Котова, а тот подговорил повара: Юрьевич умер, поевши курицы, напитанной ядом. 23 июня пригнал к великому князю из Новгорода подьячий Василий Беда с вестию о смерти Шемякиной и был пожалован за это в дьяки.
Сын Шемяки Иван ушел в Литву, где, как прежде враги отца его, нашел себе почетный прием и кормление. Но кроме Шемяки в Московском княжестве оставались еще другие удельные князья, от которых Василию надобно было избавиться; он начал, как и следовало ожидать, с Ивана можайского: в 1454 году великий князь пошел к Можайску на князя Ивана Андреевича за его неисправление, говорит летописец. Князь Иван не сопротивлялся; он выбрался из города с женою, детьми, со всеми своими и побежал в Литву; Можайск был присоединен к Москве. Какое было неисправление Ивана можайского, узнаем из письма митрополита Ионы к смоленскому епископу. «Вы знаете, – пишет митрополит, – что и прежде этот князь Иван Андреевич сделал с нашим сыном, а своим братом старшим, но не скажу: с братом, с своим господарем, великим князем». Здесь глава русского духовенства ясно говорит, что родовых отношений между князьями более не существует, что князья удельные не суть братья великому, но подданные! Вина Ивана можайского, по словам Ионы, состояла в том, что во время двукратного нашествия татар митрополит посылал к нему с просьбою о помощи великому князю; но Иван но явился. Цель письма – чрез посредство смоленского владыки внушить литовскому правительству, чтоб оно, приняв беглеца, удовольствовалось этим и не позволяло ему враждовать против Москвы, ибо это необходимо должно вызвать неприязненное движение и со стороны Василия Васильевича.
Из остальных удельных князей всех беспокойнее мог быть Василий Ярославич серпуховской, именно потому, что оказал большие услуги великому князю и, следовательно, имел большие притязания на благодарность и уступчивость последнего. Мы видели, что в благодарность за услугу великий князь уступил серпуховскому князю Дмитров; но после, неизвестно в какое именно время, Василий Ярославич должен был отказаться от этого пожалования, и только когда Иван можайский был изгнан из своего удела, великий князь уступил Василию Ярославичу Бежецкий Верх и Звенигород. Но в 1456 году серпуховской князь был схвачен в Москве и заточен в Углич, откуда после перевезен в Вологду, где и умер; той же участи подверглись и меньшие его дети, а старший, Иван, вместе с матерью убежал в Литву. Летописцы не объявляют вины серпуховского князя, одна только Степенная книга глухо говорит: «за некую крамолу». Иван Васильевич серпуховской встретился в Литве с Иваном Андреевичем можайским; общее бедствие соединило их, и они уговорились действовать заодно; Иван серпуховской говорит в договорной грамоте князю можайскому: «Так как великий князь Василий Васильевич отнял у тебя твою отчину и дедину на крестном целовании, выгнал тебя из твоей отчины и дедины; также и моего отца, князя Василия Ярославича, великий князь схватил на крестном целовании безвинно и меня выгнал из моей отчины и дедины; то идти тебе, князь Иван Андреевич, доставать вместе и отца моего, князя Василия Ярославича, и нашей отчины и дедины, а мне идти с тобою заодно. Если великий князь станет звать тебя на твою отчину, станет отдавать тебе твою отчину или придавать к ней, а моего отца не пожалует, не выпустит и отчины ему по старине не отдаст или станет жаловать отца моего, как мне нелюбо, то тебе с великим князем без моей воли не мириться, стоять со мною заодно, доставать отца моего; и если отец мой погибнет в неволе или умрет своею смертию, то тебе с великим князем также не мириться без моей воли, но мстить за обиду отца моего. Наоборот, если великий князь захочет помириться с отцом моим, а с тобою не захочет, то мне от тебя не отставать. Если великий князь не смилуется, ни тебе отчины не отдаст, ни отца моего не выпустит, и, даст бог, князя великого побьем или сгоним, и ты достанешь великое княжение и отца моего освободишь, то тебе принять отца моего в любовь и докончанье и в его отчину тебе не вступаться; а меня тебе принять в братья младшие и дать мне отчину особую, Дмитров и Суздаль; а если кто станет тебе на меня наговаривать, то тебе меня вдруг не захватывать, но обослать сперва своими боярами и спросить по крестному целованию, и мне тебе сказать всю правду, а тебе мне верить». Это условие любопытно; оно может указывать, что князь Василий Ярославич серпуховской был схвачен по наговору, и сын его требует от своего союзника, чтобы вперед не было подобного. В изгнании, лишенные почти всякой надежды, князья – можайский и серпуховской – мечтали: один – о великом княжении, другой – о Дмитрове и Суздале. Замыслы изгнанников не осуществились; попытка некоторых верных слуг освободить старого серпуховского князя также не удалась: они были схвачены и казнены в Москве в 1462 году. Таким образом, из всех уделов Московского княжества остался только один – Верейский, ибо князь его, Михаил Андреевич, как видно, вел себя так, что на него не могло быть никакого наговора. До нас дошел договор великого князя Василия с суздальским князем Иваном Васильевичем Горбатым, правнуком Димитрия Константиновича чрез второго сына Семена; князь Иван отказался от Суздаля и Нижнего, возвращал московскому князю все ярлыки, прежде на эти княжества взятые, и сам брал от Василия в виде пожалования Городец да несколько сел в Суздальской области с условием, что если он отступит от великого князя или сыновей его, то эта отчина отходит к Москве, а он, Иван, подвергается церковному проклятию. Какая была судьба князей – Василия и Федора Юрьевичей, – неизвестно; известно только то, что великий князь московский завещал Суздаль старшему сыну своему.