Желание бояр исполнилось. Но, удалившись от Софии, Иоанн не удалился от мыслей, внушенных ею; отстранив сына ее от великого княжения, он спешил совершить царское венчание над соперником его, внуком Димитрием, и бояре, не любившие Софию за принесение новых понятий, пользуются, однако, ими и называют Димитрия-внука боговенчанным в укор Василию и сыну его. 4 февраля 1498 года в Успенском соборе, среди церкви, приготовили место большое там, где святителей ставят; на этом месте поставили три стула: великому князю, внуку его, Димитрию, и митрополиту; на налое лежала шапка Мономахова и бармы. Когда великий князь с внуком вошли в церковь, митрополит со всем собором начал служить молебен богородице и Петру-чудотворцу, после чего митрополит и великий князь сели на своих местах, а князь Димитрий стал у мест перед ними, у верхней ступени. Иоанн, обратясь к митрополиту, начал говорить: "Отец митрополит! Божьим изволением, от наших прародителей, великих князей, старина наша оттоле и до сих мест: отцы наши, великие князья, сыновьям своим старшим давали великое княжение; и я было сына своего первого, Ивана, при себе благословил великим княжением; но божьею волею сын мой Иван умер, у него остался сын первый, Димитрий, и я его теперь благословляю при себе и после себя великим княжением Владимирским, Московским и Новгородским; и ты бы его, отец, на великое княжение благословил". После этой речи митрополит велел Димитрию стать на его место и, вставши, благословил его крестом, потом Димитрий преклонил голову, и митрополит, положивши на нее руку, прочел громко молитву, чтоб господь бог дал поставляемому скипетр царства, посадил его на престол правды и проч. Два архимандрита поднесли сперва бармы, потом шапку; митрополит брал их, передавал великому князю, а тот возлагал на внука. За этим обрядом следовали ектенья, молитва богородице и многолетие, после которого духовенство поздравило обоих великих князей; митрополит сказал Иоанну: "Божьею милостию радуйся и здравствуй, преславный царь Иван, великий князь всея Руси, самодержец, и с внуком своим, великим князем Димитрием Ивановичем всея Руси, на многая лета"; Димитрию сказал: "Божьею милостию здравствуй, господин сын мой, князь великий Димитрий Иванович всея Руси, с государем своим, дедом, великим князем Иваном Васильевичем всея Руси, на многая лета". Потом поздравляли обоих великих князей дети Иоанновы, бояре и все люди. Митрополит произнес Димитрию следующее поучение: "Господин сын, князь великий Димитрий Иванович! Божьим изволением дед твой, князь великий, пожаловал тебя, благословил великим княжеством; и ты, господин сын, имей страх божий в сердце, люби правду и милость и суд праведный, будь послушен своему государю и деду, великому князю, и попечение имей от всего сердца о всем православном христианстве, а мы тебя, своего господина и сына, благословляем и бога молим о вашем здоровье". После митрополита Иоанн повторил то же наставление: "Внук князь Димитрий! Пожаловал я тебя и благословил великим княжением; и ты имей страх в сердце, люби правду и милость и суд праведный и попечение имей от всего сердца о всем православном христианстве". Так кончился обряд, великие князья отслушали после литургию, и Димитрий вышел из церкви в шапке и бармах; в дверях осыпал его трижды деньгами золотыми и серебряными дядя Юрий Иванович (Василий содержался под стражею); то же повторено было перед Архангельским и Благовещенским соборами.
Но торжество бояр не было продолжительно. Не прошло еще году после царского венчания Димитриева, как в январе 1499 страшная опала постигла два знатнейших боярских семейства - князей Патрикеевых и князей Ряполовских. Мы видели, что при деде и отце Иоанна первое место между служилыми князьями и боярами принадлежало литовским выходцам, князьям Гедиминова рода, Патрикеевым, которые породнились и с великими князьями московскими, ибо князь Юрий Патрикеевич женился на дочери великого князя Василия Дмитриевича. Сын Юрия, Иван, первый боярин при Василии Темном, продолжал первенствовать и при Иоанне III, к нему послы иностранные обращались с важными предложениями, к нему, как мы видели, обратился и брат великокняжеский, Андрей, с просьбою о посредничестве. Князь Иван породнился с другим знаменитым семейством боярским, ведшим свой род от Ивана, сына Всеволода III, и возвысившимся в Москве при Василии Темном чрез важные услуги, оказанные семейству последнего: Патрикеев выдал дочь за князя Семена Ряполовского-Стародубского. И вот, несмотря на важное значение, родство, заслуги отцовские, Иоанн велел схватить князя Ивана Юрьевича с двумя сыновьями, зятя его, князя Семена Ряполовского, испытал подробно все крамолы, нашел измену бояр и приговорил их к смертной казни: 5 февраля Семену Ряполовскому отрубили голову на Москве-реке; просьбы духовенства спасли жизнь Патрикеевым: отец со старшим сыном должны были постричься в монахи - первый у Троицы, другой в Кириллове Белозерском монастыре, младший сын остался под стражей в доме. Неизвестно, отобрано ли было имение у Патрикеевых, из духовной князя Ивана Юрьевича, написанной прежде опалы, знаем, что у него было около пятидесяти вотчин, сел, селец и деревень, поименованных в духовной, кроме таких селец и деревень, которые не названы по имени, а причислены к селам.
Летописцы говорят глухо, не объявляют, в чем состояли крамолы, измена Патрикеевых и Ряполовского, но нет сомнения, что эта измена и крамолы состояли в действиях их против Софии и ее сына, в пользу Елены и Димитрия-внука; это ясно видно из приведенных выше слов Курбского и Берсеня, ясно и из того, что за опалою Патрикеевых и Ряполовского немедленно последовала опала Елены и Димитрия, торжество Софии и Василия. Здесь мы не можем не привести одного любопытного известия, из которого видно, что поведение Патрикеевых и Ряполовского, поступавших еще по старой княжеской и боярской привычке, не нравилось Иоанну, требовавшему новых отношений князей служилых и бояр к великому князю, государю; давая наставление послам, отправлявшимся к польскому королю, Иоанн говорит: "Чтоб во всем между вас было гладко, пили бы бережно, не допьяна, чтобы вашим небреженьем нашему имени бесчестья не было; ведь что сделаете не попригожу, так нам бесчестье и вам тоже; и вы бы во всем себя берегли, а не так бы делали, как князь Семен Ряполовский высокоумничал с князем Васильем, сыном Ивана Юрьевича".
После опалы боярской Иоанн начал нерадеть о внуке, по выражению летописцев, и объявил сына Василия великим князем Новгорода и Пскова. В Новгороде после выводов старых жителей было тихо, оттуда не раздалось никакого возражения, но псковичи еще жили по старине: узнавши об этой новости и не зная, в чем дело, они отправили в Москву троих посадников и по три боярина с конца бить челом великим князьям Иоанну Васильевичу и внуку его, Димитрию Иоанновичу, чтоб держали отчину свою в старине и, который великий князь будет на Москве, тот был бы и во Пскове. Услыхав от послов такую просьбу, великий князь рассердился. "Разве я не волен в своем внуке и в своих детях? - сказал он. - Кому хочу, тому и дам княжество". Один посадник с боярами были отпущены, двое других задержаны и посажены в тюрьму. В это время приехал во Псков из Новгорода владыка Геннадий и хотел соборовать, но посадники и псковичи, подумав, соборовать владыке не дали: "Ты хочешь молить бога за великого князя Василия, а наши посадники затем поехали к великому князю, что мы не верим, будто князь Василий будет великим князем новгородским и псковским, подожди: когда приедут наши посадники и бояре, тогда и служи". Послы приехали, но не все, приехали с опалою, без поклона, с одним ответом: "Разве не волен я, князь великий, в своих детях и в своем княжении?" Псковичи поспешили послать других бояр бить челом великим князьям - Иоанну Васильевичу и Василию Иоанновичу новгородскому и псковскому, "чтоб государи наши держали отчину свою в старине, а посадников бы отпустили". Посадники были отпущены, и вслед за ними приехал боярин из Москвы с объявлением, что великий князь отчину свою держит в старине.