Услыхав об этих вооружениях, новгородцы послали старосту одной из своих улиц в Москву бить челом об опасной грамоте для своих послов; но великий князь велел опасчика задержать в Торжке и, несмотря на осеннее время, спешил двинуть отовсюду многочисленные полки к Новгороду: 30 сентября послал он туда складную грамоту, а 9 октября выехал сам из Москвы, оставя здесь по-прежнему сына. Через десять дней великий князь стоял в Торжке; здесь ждали его два посланца новгородских с челобитьем об опасных грамотах, ждали его и два боярина новгородских, братья Клементьевы, с челобитьем о принятии в службу - верное предвещание для успеха! Пробыв четыре дня в Торжке, Иоанн выступил далее на Вышний Волочек, а отсюда пошел между Мстою и Яжелбицкою дорогою, и в то же время по разным другим дорогам двигались сильные полки московские, тверские, татарские. Прежде, когда Иоанн ходил в Новгород миром, на станциях являлись к нему знатные новгородцы с подарками; теперь они являлись к нему с челобитьем о принятии в службу; так, приехали к нему посадник Тучин, житый человек Савельев. Опасчиков, найденных в Торжке, великий князь велел вести с собою и, только будучи уже во 125 верстах от Новгорода, у Спаса на Еглине, велел им явиться пред себя и дал опасную грамоту. Но если великий князь спешил походом, то новгородцы спешили миром и, не дожидаясь прежних двух опасчиков, выслали третьего; Иоанн объявил ему, что опас уже дан, а сам уже между тем на Полинах, в 120 верстах от Новгорода, урядил полки, как быть в большом полку или в великокняжеском, как в передовом, как в правой и левой руке, и отпустил войска к Новгороду с приказанием занять Городище и монастыри, чтоб новгородцы не сожгли их. Находясь в 50 верстах от Новгорода, у Николы в Тухоле, Иоанн послал приказ псковичам идти на Новгород ратью с пушками, пищалями, самострелами, со всею приправою, с чем к городу приступить, стать на устье Шелони и дожидаться дальнейших приказаний. В 30 верстах от Новгорода, на Сытине, 23 ноября явились к Иоанну владыка Феофил с посадниками и житыми людьми и стали бить челом: "Господин государь князь великий Иван Васильевич всея России! Ты положил гнев свой на отчину свою, на Великий Новгород, меч твой и огонь ходят по Новгородской земле, кровь христианская льется, смилуйся над отчиною своею, меч уйми, огонь утоли, чтобы кровь христианская не лилась: господин государь, пожалуй! Да положил ты опалу на бояр новгородских и на Москву свел их в свой первый приезд: смилуйся, отпусти их в свою отчину, в Новгород Великий". Великий князь не отвечал послам ни слова, но позвал их обедать. На другой день ходили они к брату великокняжескому Андрею Меньшому с подарками, чтоб просил брата за Новгород, и потом пришли к великому князю с просьбою, чтоб пожаловал, велел с боярами поговорить; великий князь выслал к ним троих бояр на говорку. Послы предложили им такие условия, чтоб великий князь ездил в Новгород на четвертый год и брал по 1000 рублей; велел бы суд судить наместнику своему и посаднику в городе, а чего они не управят, тому бы сам князь великий управу чинил, когда приедет на четвертый год, а чтоб позвов на Москву не было; чтоб князь великий не велел своим наместникам владычных судов судить и посадничьих; чтоб великокняжеские подданные в тяжбах своих с новгородцами судились пред наместником и посадником в городе, а не на Городище.
Вместо ответа великий князь велел воеводам своим придвинуться к Новгороду, занять Городище и подгородные монастыри и, получив весть, что приказание его исполнено, велел сказать послам: "Сами вы знаете, что посылали к нам Назара Подвойского и Захара, вечевого дьяка, и назвали нас, великих князей, себе государями; мы, великие князья, по вашей присылке и челобитью послали бояр спросить вас: Какого нашего государства хотите? И вы заперлись, что послов с тем не посылывали, и говорили, что мы вас притесняем. Но кроме того, что вы объявили нас лжецами, много и других ваших к нам неисправлений и нечести. Мы сперва поудержались, ожидая вашего обращения, посылали к вам с увещаниями; но вы не послушались и потому стали нам как чужие. Вы теперь поставили речь о боярах новгородских, на которых я положил опалу, просили, чтоб я их пожаловал, отпустил; но вы хорошо знаете, что на них бил мне челом весь Великий Новгород как на грабителей, проливавших кровь христианскую. Я, обыскавши владыкою, посадниками и всем Новгородом, нашел, что много зла делается от них нашей отчине, и хотел их казнить; но ты же, владыка, и вы, наша отчина, просили меня за них, и я их помиловал, казнить не велел, а теперь вы о тех же виноватых речь вставляете, чего вам делать не годилось, и после того как нам вас жаловать? Князь великий вам говорит: "Захочет Великий Новгород бить нам челом, и он знает, как ему нам, великим князьям, челом бить".
Послы отправились назад, в Новгород, а следом за ними двинулся туда и великий князь Ильменем по льду; 27 ноября стал он под городом; в тот же и следующие дни подошли и все другие полки; 30 ноября Иоанн велел воеводам отпустить половину войска за кормами, с тем чтоб через десять дней все были в сборе под Новгородом, послал торопить и псковскую рать. Новгородцам стало очень тяжко, потому что неприятель расположился в их посадах и монастырях, обхвативши город с обеих сторон. Несмотря на то, они сначала сели все в осаде, устроивши себе по обе стороны Волхова и через самую реку на судах стену деревянную. Иоанн видел, что они укрепились хорошо, что если пойти под стену, то с обеих сторон головы станут падать, и потому не хотел брать города приступом, а решился стоять под ним до тех пор, пока голод и теснота заставят осажденных покориться. Чтоб в собственных полках при этом не было ни в чем недостатка, он приказал псковичам прислать муки пшеничной, рыбы, меду, выслать купцов своих со всяким другим товаром, что и было исполнено. В Новгороде между тем народ стал волноваться: одни хотели биться с великим князем, а другие покориться ему, и последних оказалось больше, чем первых. Вследствие этого 4 декабря явился в московском стане опять владыка Феофил с посадниками и житыми; послы били челом, чтоб государь пожаловал, указал своей отчине, как бог положит ему на сердце свою отчину жаловать. Ответ был прежний: "Захочет наша отчина бить нам челом, и она знает, как бить челом". Послы отправились назад, в город, и на другой день возвратились с повинною, что действительно Новгород посылал в Москву Назара да Захара называть великого князя государем и потом заперся. "Если так, - велел отвечать им Иоанн, - если ты, владыка, и вся наша отчина, Великий Новгород, сказались перед нами виноватыми и спрашиваете, как нашему государству быть в нашей отчине, Новгороде, то объявляем, что хотим такого же государства и в Новгороде, какое в Москве". Послы просили, чтоб великий князь отпустил их в город подумать, и дано им два дня на размышление. 7 декабря послы возвратились с новыми просьбами, с новыми уступками: чтоб великий князь велел своему наместнику судить с посадником; чтоб брал каждый год дань со всех волостей новгородских по полугривне с сохи; чтоб держал пригороды новгородские своими наместниками, а суд был бы по старине; чтоб не было вывода и позвов из Новгородской земли; чтоб государь не вступался в боярские земли; чтоб новгородцам не было службы в Низовую землю, чтоб защищали они только свои рубежи. Великий князь велел отвечать им: "Сказано вам, что хотим государства в Великом Новгороде такого же, какое у пас государство в Низовой земле на Москве; а вы теперь сами мне указываете, как нашему государству у вас быть: какое же после этого будет мое государство?" Послы отвечали: "Мы не указываем и государству великих князей урока не кладем; но пожаловали бы государи свою отчину, объявили Великому Новгороду, как их государству в нем быть, потому что Великий Новгород низовского обычая не знает, не знает, как наши государи великие князья держат свое государство в Низовской земле". "Государство наше таково, - был ответ, - вечевому колоколу в Новгороде не быть; посаднику не быть, а государство все нам держать; волостями, селами нам владеть, как владеем в Низовой земле, чтоб было на чем нам быть в нашей отчине, а которые земли наши за вами, и вы их нам отдайте; вывода не бойтесь, в боярские вотчины не вступаемся, а суду быть по старине, как в земле суд стоит".