Весною следующего же, 1542 года старший сын Саипов, Имин-Гирей, напал на Северскую область, но был разбит воеводами; в августе того же года крымцы явились в Рязанской области, но, увидав пред собою русские полки под начальством князя Петра Пронского, дрогнули, пошли назад; воеводы из разных украинских городов провожали их до Мечи, причем на Куликовом поло русские сторожа побили татарских. Счастливее был Имин-Гирей в нападении своем на белевские и одоевские места в декабре 1544 года: тут его татары ушли с большим полоном, потому что трое воевод - князья Щенятев, Шкурлятев и Воротынский рассорились за места и не пошли против крымцев. Хан писал великому князю: "Король дает мне по 15000 золотых ежегодно, а ты даешь меньше того; если по нашей мысли дашь, то мы помиримся, а не захочешь дать, захочешь заратиться и то в твоих же руках; до сих пор был ты молод, а теперь уже в разум вошел, можешь рассудить, что тебе прибыльнее и что убыточнее?" Иоанн рассудил, что нет никакой прибыли продолжать сношения с разбойниками, и приговорил: своего посла в Крым не посылать, а на крымских послов опалу положить, потому что крымский царь посланного к нему подьячего Ляпуна опозорил: нос и уши ему зашивали и, обнажа, по базару водили, на гонцах тридевять поминков берут и теперь московских людей 55 человек себе похолопили.
Нечего было надеяться на какой-нибудь успех в переговоpax с Крымом и потому, что с Казанью надобно было покончить во что бы то ни стало. После неудачного похода Саип-Гиреева в Казани хотели мира. Здесь Булат помирился с Сафа-Гиреем и писал к боярам, чтоб просили великого князя о мире; царевна Горшадна писала о том же самому Иоанну. Но эта присылка не имела дальнейших следствий, и мы не встречаем никаких известий о казанских делах до весны 1545 года; внутреннее состояние Московского государства, свержение Бельского, правление Шуйских, колебания нового правительства после казни Андрея Шуйского могут объяснить нам это молчание. Первым важным делом Иоаннова правления с того времени, как бояре начали страх иметь перед молодым великим князем, был поход на Казань, объявленный в апреле 1545 года, неизвестно, по какому поводу. Князь Семен Пунков, Иван Шереметев и князь Давид Палецкий отправились к Казани легким делом на стругах, с Вятки пошел князь Василий Серебряный, из Перми воевода Львов. Идучи Вяткою и Камою, Серебряный побил много неприятелей и сошелся с Пунковым у Казани в один день и час, как будто пошли из одного двора. Сошедшись, воеводы побили много казанцев и пожгли ханские кабаки, посылали детей боярских на Свиягу и там побили много людей. После этих незначительных подвигов они возвратились назад и были щедро награждены: кто из воевод и детей боярских ни бил о чем челом, все получили по челобитью - так обрадовался молодой великий князь, что дело началось удачно, два ополчения возвратились благополучно. Не такова была судьба третьего: Львов с пермичами пришел поздно, не застал под Казанью русского войска, был окружен казанцами, разбит и убит. Но поход, совершенный с таким сомнительным успехом, имел, однако, благоприятные последствия, усилил внутреннее безнарядье в Казани, борьбу сторон: хан начал подозревать князей. "Вы, - говорил он, - приводили воевод московских", - и стал убивать князей. Тогда многие из них поехали в Москву к великому князю, а другие разъехались по иным землям, и 29 июля двое вельмож, Кадыш-князь да Чура Нарыков, прислали в Москву с просьбою, чтоб великий князь послал рать свою к Казани, а они Сафа-Гирея и его крымцев 30 человек выдадут. Иоанн отвечал им, чтоб они царя схватили и держали, а он к ним рать свою пошлет. В декабре великий князь сам отправился во Владимир, вероятно, для того, чтоб получать скорее вести из Казани; действительно, 17 генваря 1546 года дали ему знать, что Сафа-Гирей выгнан из Казани и много крымцев его побито. Казанцы били челом государю, чтоб их пожаловал, гнев свой отложил и дал им в цари Шиг-Алея. В июне боярин князь Дмитрий Бельский посадил Шиг-Алея в Казани. Но изгнание Сафа-Гирея и посажение Шиг-Алея было делом только одной стороны, и едва князь Бельский успел возвратиться из Казани, как оттуда пришла весть, что казанцы привели Сафа-Гирея на Каму, великому князю и царю Шиг-Алею изменили; и Шиг-Алей убежал из Казани, на Волге взял он лошадей у городецких татар и поехал степью, где встретился с русскими людьми, высланными к нему великим князем.
Крымская сторона восторжествовала, и первым делом Сафа-Гирея было убиение предводителей стороны противной: убиты были князья Чура, Кадыш и другие; братья Чуры и еще человек семьдесят московских или Шнг-Алеевых доброжелателей успели спастись бегством в Москву. Чрез несколько месяцев прислала горная черемиса бить челом великому князю, чтоб послал рать на Казань, а они хотят служить государю, пойдут вместе с воеводами. Вследствие этого челобитья отправился князь Александр Борисович Горбатый и воевал до Свияжского устья, привел в Москву сто человек черемисы. В конце 1547 года новый царь московский решился сам выступить в поход против Казани: в декабре он выехал во Владимир, приказавши везти туда за собою пушки; они были отправлены уже в начале генваря 1548 года с большим трудом, потому что зима была теплая, вместо снега шел все дождь. Когда в феврале сам Иоанн выступил из Нижнего и остановился на острове Роботке, то наступила сильная оттепель, лед на Волге покрылся водою, много пушек и пищалей провалилось в реку, много людей потонуло в продушинах, которых не видно было под водою. Три дня стоял царь на острове Роботке, ожидая пути, но пути не было; тогда, отпустивши к Казани князя Дмитрия Федоровича Бельского и приказавши ему соединиться с Шиг-Алеем в устье Цивильском, Иоанн возвратился в Москву в больших слезах, что не сподобил его бог совершить похода. Эти слезы замечательны: они не были следствием только семнадцатилетнего возраста; они были следствием природы Иоанна, раздражительной, страстной, впечатлительной. Бельский соединился с Шиг-Алеем, и вместе подошли к Казани; на Арском поле встретил их Сафа-Гирей, но был втоптан в город передовым полком, находившимся под начальством князя Семена Микулинского. Семь дней после того стояли воеводы подле Казани, опустошая окрестности, и возвратились, потерявши из знатных людей убитым Григория Васильевича Шереметева. Осенью казанцы напали на Галицкую волость под начальством Арака-Богатыря, но костромской наместник Яковлев поразил их наголову и убил Арака. В марте 1549 года пришла весть в Москву о смерти Сафа-Гирея.
Медленность московского правительства в войне с Казанью во время малолетства Иоаннова, медленность, происходившая главным образом от страха перед ханом крымским, дорого стоила пограничным областям, сильно опустошенным казанцами. Не менее, по свидетельству современников, были опустошены и внутренние области государства в боярское правление. Из слов царя, сказанных на Лобном месте, можем заключить вообще о состоянии правосудия в Московском государстве; летописец псковский сообщает нам подробности воеводских насилий в его родном городе. В правление Елены псковичи были обрадованы выводом от них дьяка Колтыря Ракова, установившего многие новые пошлины. Но радость их была непродолжительна: в первое правление Шуйских наместниками в Псков были отправлены известный уже нам князь Андрей Михайлович Шуйский и князь Василий Иванович Репнин-Оболенский; были эти наместники, говорит летописец, свирепы, как львы, а люди их, как звери, дикие до христиан, и начали поклепцы добрых людей клепать, и разбежались добрые люди по иным городам, а игумены честные из монастырей убежали в Новгород, Князь Шуйский был злодей, дела его злы на пригородах, на волостях, поднимал он старые дела, правил на людях по сту рублей и больше, а во Пскове мастеровые люди все делали на него даром, большие же люди давали ему подарки. Любопытно, что игумены, по словам летописца, бежали в Новгород, значит, там было лучше; вспомним, что новгородцы всем городом стояли за Шуйских.
Смена Шуйских Бельским и митрополитом Иоасафом повлекла за собою перемену в Пскове и, вероятно, в других городах, терпевших при прежнем правлении. Смена верховного правителя необходимо вела за собою смену его родственников и приятелей в областях: жалобам на них давалась вера. Мы видели, как могущественна была сторона Шуйских, сколько знатных родов входило в нее, как живуча была она, даже лишенная глав своих; но мы не можем сказать этого о стороне Бельских, и потому естественно было князю Ивану и митрополиту Иоасафу стараться приобрести народное расположение переменами к лучшему, опираться на это расположение в борьбе с могущественными соперниками; притом если мы из предыдущих поступков Бельского не можем вывести выгодного заключения о его благонамеренности, то не должно забывать, что рядом с ним в челе управления стоял митрополит Иоасаф, которого и видим печальником за опальных. Как бы то ни было, в правление Бельского и Иоасафа начали давать грамоты всем городам большим, пригородам и волостям; по этим грамотам жители получали право сами обыскивать лихих людей по крестному целованию и казнить их смертною казнию, не водя к наместникам и к их тиунам. Псковичи взяли такую грамоту, и начали псковские целовальники и соцкие судить лихих людей на княжом дворе, в судьнице над Великою рекою, и смертною казнию их казнить. Князь Андрей Шуйский сведен был в Москву, остался один князь Репнин-Оболенский, и была ему, говорит летописец, нелюбка большая на псковичей, что у них, как зерцало, государева грамота. И была христианам радость и льгота большая от лихих людей, от поклепцов, от наместников, от их недельщиков и ездоков, которые по волостям ездят, и начали псковичи за государя бога молить. Злые люди разбежались, стала тишина, но ненадолго: опять наместники взяли силу. Значит, с падением Бельского и митрополита Иоасафа приверженцы Шуйских повторили прежнее поведение в областях. Есть известие, что князь Андрей Шуйский разорял землевладельцев, заставляя их силою за малую цену продавать ему свои отчины; крестьян разорял требованием большого числа подвод для своих людей, ездящих к нему из его деревень и обратно; каждый его слуга, каждый крестьянин под защитою имени своего господина позволял себе всякого рода насилия. Насилия наместников во Пскове питались и усиливались враждою между большими и меньшими людьми. Мы видели, как сильна была эта вражда и в Новгороде во время его прежнего быта, но во Пскове в описываемое время вражда эта имела еще другое основание: старые лучшие люди, псковичи, были выведены при великом князе Василии и заменены москвичами; следовательно, к вражде сословной присоединялась теперь вражда туземцев, меньших граждан, к пришельцам незваным. Под 1544 годом летописец говорит: вражда была большая во Пскове большим людям с меньшими, поездки частые в Москву и трата денег большая. В конце 1546 года, в одну из любимых поездок своих по монастырям, Иоанн заехал на короткое время во Псков: Печерскому монастырю дал много деревень, но свою отчину Псков не управил ни в чем, говорит летописец, только все гонял на ямских и христианам много убытка причинил. Летом 1547 года 70 человек псковичей поехали в Москву жаловаться на наместника; поступок с ними молодого царя показывает привычку Иоанна давать волю своему сердцу: жалобщики нашли Иоанна в селе Островке; неизвестно, чем они рассердили его, только on начал обливать их горячим вином, палил бороды, зажигал волосы свечою и велел покласть их нагих на землю; дело могло кончиться для них очень дурно, как вдруг пришла весть, что в Москве упал большой колокол; царь поехал тотчас в Москву, и жалобщики остались целы.