Пришли вести, что и самозванец не истреблен окончательно, а усиливается. После поражения при Добрыничах самозванец заперся в Путивле и, видя малочисленность своего войска, хотел было уехать в Польшу, но теперь между русскими было уже много людей, которые тесно соединили свою судьбу с его судьбою и которые не хотели ни бежать в Польшу, ни отдаваться в руки Борису; они удержали Лжедимитрия, грозили, что могут спасти себя, выдав его живым Годунову, утверждали, что, несмотря на поражение, средств у него еще много, что у Бориса много врагов. Враги Бориса, которым нужно было поддержать самозванца, не замедлили предложить последнему свою помощь: 4000 донских козаков явилось в Путивль. Что же делали в это время царские воеводы? Они пошли осаждать Рыльск; но тут поляки распустили слух, что к ним на помощь идет Жолкевский, гетман польный; язык сообщил эту весть царским воеводам, которые испугались, отступили поспешно от Рыльска, стали в Комарницкой волости и начали страшно мстить ее жителям за приверженность к Лжедимитрию: не было пощады ни старикам, ни женщинам, ни детям, что, разумеется, еще более усилило ненависть севрюков к Борису и привязанность к Лжедимитрию. Недеятельность воевод рассердила царя: он послал сказать воеводам, что они ведут дело нерадиво: столько рати побили, а Гришку не поймали. Бояре и все войско оскорбились; в войске, по словам летописца, стало мнение и ужас от царя Бориса, и с той поры многие начали думать, как бы царя Бориса избыть и служить окаянному Гришке. Так при шаткости, при усобице, первая немилость со стороны одного соперника уже производила сильное неудовольствие, заставляла многих думать, как бы избыть немилостивого государя; уже многие начали смотреть на свою службу не как на необходимую обязанность в отношении к царю и царству, но как на милость, которую они оказывали Борису, и при первом неудовольствии начинали думать об отступлении от него: при появлении соперника царю единение царя и царства рушилось и возвращалось безнарядное время многовластия, когда вольно было переходить от одного знамени к другому.
Побуждаемые царем, воеводы пошли осаждать Кромы, где засел приверженец Лжедимитрия Акинфиев да донские козаки с атаманом Корелою. Воеводы, по словам иностранца очевидца Маржерета, при осаде Кром занимались делами, достойными одного смеха, но русский летописец говорит еще о других делах, достойных не одного смеха: когда деревянная стена Кром уже сгорела и нужно было порешить дело, известный нам Михайла Глебович Салтыков велел отвести наряд от крепости, "норовя окоянному Гришке". К шаткости, ослаблению нравственному присоединилось еще бедствие физическое, открылась сильная смертность в стане царском: Борис прислал лекарства ратным людям, а между тем попытался отделаться от самозванца отравою, подослал к нему в Путивль монахов с зельем, но умысел был открыт, и скоро разнеслась весть о смерти самого Бориса: 13 апреля, когда он встал из-за стола, кровь хлынула у него изо рта, ушей и носа, и после двухчасовых страданий он умер, постриженный в монахи под именем Боголепа. Понесся слух, что он погиб от яда, собственною рукою приготовленного.
После Бориса остался сын Федор, который, по отзыву современников, хотя был и молод, но смыслом и разумом превосходил многих стариков седовласых, потому что был научен премудрости и всякому философскому естественнословию. Действительно, как видно, Борис, первый из царей московских расширил для своего сына круг занятий, которым ограничивались при воспитании русских людей: так, известна карта Московского государства, начерченная рукою Федора. Говорят, Борис сильно любил сына; мы видели, что он приобщил его к правлению, имя его постоянно соединялось в грамотах с отцовским; как в царствование Феодора Иоанновича обыкновенно писалось, что просьбы исполняются царем по ходатайству конюшего боярина Годунова, так в царствование Бориса писалось, что просьбы исполняются по ходатайству царевича Федора.
Жители Москвы спокойно присягнули Федору, целовали крест: "Государыне своей царице и великой княгине Марье Григорьевне всея Руси, и ее детям, государю царю Федору Борисовичу и государыне царевне Ксении Борисовне". Форма присяги та же самая, что и Борису; повторено обязательство не хотеть на Московское государство Симеона Бекбулатовича, но прибавлено: "И к вору, который называется князем Димитрием Углицким, не приставать, с ним и его советниками не ссылаться ни на какое лихо, не изменять, не отъезжать, лиха никакого не сделать, государства не подыскивать, не по своей мере ничего не искать, и того вора, что называется царевичем Димитрием Углицким, на Московском государстве видеть не хотеть". Здесь самозванец не назван Отрепьевым не потому, что само правительство переменило мнение о его происхождении, но чтоб отнять у изменников всякую оговорку в нарушении присяги, чтоб они не могли сказать: мы не нарушили клятвы и не присягаем Отрепьеву, потому что царевич не есть Отрепьев, - так по крайней мере объясняли это самозванцу сами изменники: "Форма присяги, - говорили они, иначе была нам выдана, не так, как мы разумели, имя Гришки в ней не упомянуто, чтобы мы против тебя, природного государя нашего, действовали и тебя в государи себе не избрали". Прибавлена была особая присяга для дьяков: "Мы, будучи у ее государынина и государева дела, всякие дела делать вправду, тайных и всяких государевых дел и вестей никаких никому не сказывать, государыниной и государевой казны всякой и денег не красть, дел не волочить, посулов и поминков ни у кого не брать, никому ни в чем по дружбе не норовить и не покрывать, по недружбе ни на кого ничего не затевать, из книг писцовых, отдельных и из дач выписывать подлинно прямо". В присяге Федору Борисовичу может остановить то обстоятельство, что имя царицы Марьи Григорьевны поставлено впереди: из этого вовсе не следует, чтобы Федор вступил на престол под опекою матери; в противном случае надобно бы предположить, что и царевна Ксения была соправительницею брату. И присяга при вступлении на престол отца Федорова также дана была целой семье: царю Борису, жене его, царевичу Федору, царевне Ксении и тем детям, которых им вперед бог даст. Любопытно, что в грамотах владыкам о молебствии за нового царя вступление на престол Федора рассказывается точно так же, как рассказывалось о вступлении на престол отца его: "По преставлении великого государя нашего, святейший Иов и весь освященный собор и весь царский синклит, гости и торговые люди и всенародное множество Российского государства великую государыню царицу Марью Григорьевну молили со слезами и милости просили, чтобы государыня пожаловала, положила на милость, не оставила нас, сирых, до конца погибнуть, была на царстве по-прежнему, а благородного сына своего благословила быть царем и самодержцем; также и государю царевичу били челом, чтобы пожаловал, по благословению и приказу отца своего, был на Российском государстве царем и самодержцем. И великая государыня слез и молений не презрела, сына своего благословила, да и государь царевич, по благословению и по приказу отца своего, по повелению матери своей нас пожаловал, на Московском государстве сел". Вероятно, хотели показать, что, кроме благословения отцовского, Федор принял престол вследствие единодушного желания и слезного моления народного. В Москве все присягнули без сопротивления, но состояние умов в жителях областей было подозрительно, и потому в грамотах, разосланных к воеводам с приказанием приводить жителей к присяге, было прибавлено: "Берегли бы накрепко, чтоб у вас всякие люди нам крест целовали и не было бы ни одного человека, который бы нам креста не целовал". Доносили, что в отдаленных северных областях разносятся слухи о грамотах Лжедимитрия, в которых он обещается быть в Москве, "как на дереве станет лист разметываться". Недеятельность бояр Мстиславского и Шуйского, воевод огромной рати, неуменье или нежелание их истребить самозванца, вождя дружины малочисленной, сбродной, заставили новое правительство отозвать обоих князей в Москву и на их место послать уже показавшего свою верность и мужество Басманова; но Басманова нельзя было назначить главным воеводою, ибо вследствие местничества надобно было бы сменить других воевод, которым с Басмановым быть не приводилось, и потому первым воеводою послали князя Катырева-Ростовского, а Басманова назначили вторым воеводою большого полка. Вместе с боярами, князем Ростовским и Басмановым, отправлен был новгородский митрополит Исидор для приведения войска к присяге царю Федору. Ратные люди дали присягу, но недолго соблюдали ее. Басманов видел, что с войском, в котором господствовала шаткость умов и нравственная слабость, ничего сделать нельзя, что дело Годуновых проиграно окончательно смертию Бориса, в которой многие видели указание свыше на решение борьбы, притом же за Федора при всех личных достоинствах его, известных, впрочем, не всем, не было старины, как за отца его, а это в то время очень много значило; Басманов видел, что воеводы сколько-нибудь деятельные, способные сообщать деятельность, одушевление войску, не хотят Годуновых, видел, что противиться общему расположению умов - значит идти на явную и бесполезную, в его глазах, гибель, и, не желая пасть жертвою присяги, решился покончить дело. Он соединился с князьями Голицыными - Василием и Иваном Васильевичами, с Михайлою Глебовичем Салтыковым и 7 мая объявил войску, что истинный царь есть Димитрий. Полки без сопротивления провозгласили последнего государем; только немногие не захотели нарушить присягу Федору и с двумя воеводами, князьями Ростовским и Телятевским, побежали в Москву.