Родство с Иваном IV способствовало успешной службе Нагих. Брат А. М. Нагого, Федор, сначала стал ловчим, а потом получил чин окольничего. Его сыновья Афанасий и Федор служили воеводами в разных городах, участвовали в Ливонских походах. Вскоре у Афанасия Федоровича обнаружились дипломатические таланты, и он стал главным специалистом по контактам с Крымским ханством и Турцией. Вероятно, именно он сосватал племянницу Марию за стареющего царя в 1580 г. После свадьбы Нагие надеялись занять самые главные места у царского трона, но Иван Грозный дал окольничество только отцу Марии Федору Федоровичу. В 1583 г. тот скончался, не успев помочь многочисленным родственникам получить выгодную службу. В этой ситуации Нагие, несомненно, чувствовали себя обойденными и мечтали о большем.
В Москве о событиях в Угличе 15 мая 1591 г. узнали очень быстро. Городовой приказчик Русин Раков тут же отправил туда гонца. Царь Федор сразу же собрал Боярскую думу и на заседании предложил отправить в Углич следственную комиссию. Во главе ее был поставлен князь В. И. Шуйский, недавно вернувшийся из ссылки. Его назначение говорило о желании царя получить объективные данные о случившемся. Вторым членом комиссии стал окольничий А. П. Клешнин, состоявший в родстве с Нагими — его зятем был младший брат царицы Марии Г. Ф. Нагой. От духовных властей послали крутицкого митрополита Геласия. Составлять протоколы допроса свидетелей должен был дьяк Е. Вылузгин.
Через короткое время следственная комиссия прибыла в Углич и начала опрашивать свидетелей. Первыми были вызваны родственники царицы, ее родной брат Михаил и двоюродные братья Александр и Григорий. Саму Марию Федоровну никто допрашивать не имел права, поскольку она была царицей.
«И того ж дни, майя в 19-й день, в вечеру, приехали на Углеч князь Василей (Шуйский. — Л. М.), и Ондрей (Клешнин. — Л. М.), и Елизарей (Вылузгин. — Л. М.) и расспрашивали Михайла Нагово: которым обычаем царевича Дмитрея не стало, и что его болезнь была, и для чево он велел убити Михайла Битяговского, и Михайлова сына Данила, и Микиту Качалова, и Данила Третьякова, и Осипа Волохова, и посадских людей, и Михайловых людей Битяговского, и Осиповых Волохова, и для чево он велел во вторник збирата ножи и пищали, и палицу железную, и сабли, и класти на убитых юдей; и посадских из сел многих людей для кого збирали, и почему городского приказчика Русина Ракова приводили к целованью, что ему стояти с ними за один, а против было ково им стояти?
И Михайло Нагой сказал: «Деялося нынешнего 99 (1591) — го году, майя в 15-й день, в субботу, в шестом часу дни зазвонили в городе у Спаса в колокол, а он, Михайло, в те поры был у себя на подворье и чаял он того, что горит… бежал он к царевичу на двор, а царевича зарезали Осип Волохов, да Никита Качалов, да Данило Битяговский, и пришли на двор многие посадские люди, а Михайло Битяговский приехал туто ж на двор, и Михайла Битяговского, и сына ево Данила, и тех всех людей, которые побиты, побили чернье, а он, Михайло Нагой, посадским всяким людем побитии их не веливал, а был он все у царицы».
«И Григорий Федоров сын Нагово в розпросе сказал, «что деялось тем обычьем, майя в 15-й день, в субботу, поехали они, Михайло, брат ево, да он, Григорей, к себе на подворье обедать; и только они пришли на подворье, ажно зазвонили в колокола, и они чаели, что загорелося, и прибежали на двор, ажно царевич Дмитрей лежит, набрушился сам ножем в падучей болезни, что и преж того у него болезнь была; а как они пришли, а царевич ещо жив был и при них преставился. А Михайло Битяговский был у собя на подворье и прискакал к царице на двор, и на двор прибежали многие люди посадские и посошные и почали говорить, неведомо хто, что будто зарезали царевича Дмитрей Михайлов сын Битяговского Данило, да Осип Волохов, да Микита Качалов; а Михайло Битяговский учал разговаривать, и посадские люди кинулися за Михайлом Битяговским, и Михайло убежал в Брусеную избу на дворе, а посадские люди выломали двери и Михайла выволокли, и тут ево убили до смерти, а Данила Третьякова тут же с Михайлом убили вместе; а сына Михайлова Данила Битяговского и Микиту Качалова убили в Дьячьей в Розрядной избе; а Осипа Волохова привели к царице вверх, к церкви к Спасу, и тут ево перед царицею убили до смерти; а людей Михайловых Битяговского четырех человек, и Осиповых Волохова дву человек, и посадских людей трех человек, где ково изымали, убили чернью, неведомо где, и тово он не ведает, про что тех людей побили. А людей они посадских забирали для князя Василья Ивановича Шуйского, да для Ондрея Петровича Клешнина, да Елизарья Вылузгина, а блюлися от государя опалы, чтоб хто царевича тела не украл; а в колокол, де, и звонить учал понамарь, Огурцом зовут. А вчерась, де во фторник, майя в 19-й день, брат ево, Михайло Нагой, велел городовому приказчику Русину Ракову збирати ножи, и велел курячью кровью кровавити; да велел палицу железную добыть. И те ножи и палицу велел брат ево Михайло Нагой покласти на те люди, которые побиты: на Осипа Волохова, да на Данила на Михайлова сына Битяговского, да на Микиту на Качалова, да на Данила Третьякова для того, что, де, будто се те люди царевича Дмитрея зарезали».