В благодарность за успешную службу Федор Иванович наградил всех золотыми монетами — орденами того времени.
Одновременно царь начал реформу налоговой системы. Были отменены тарханы — привилегии церкви и монастырей и завершена перепись всех земель в центральных и северных районах. Она нашла отражение в Писцовых книгах, которые Федор Иванович лично изучал для решения вопроса о налогообложении. Кроме того, был создан особый Холопий приказ для регистрации документов о кабальном холопстве.
Для более четкого управления государством царь стал собирать каждую пятницу особый собор в Столовой палате. На его заседание приглашались митрополит, бояре, возглавлявшие приказы, и видные дьяки. Обычно присутствующие обсуждали какой-либо конкретный вопрос. Каждый высказывал свое мнение, которое записывали. Потом Федор просматривал записи и принимал окончательное решение.
Хотя ведущие места в правительстве заняли Годуновы, определенное повышение получили многие представители знати. Боярами стали: князья Н. Р. Трубецкой и его брат Т. Р. Трубецкой, князья В. И. Шуйский и его братья А. И. Шуйский, Д. И. Шуйский и И. И. Шуйский, Ф. Н. Романов (двоюродный брат царя по линии матери, сын Н. Р. Юрьева), князь Ф. Д. Шестунов (муж племянницы Н. Р. Юрьева), князь И. В. Сицкий (муж дочери Н. Р. Юрьева), князь Б. К. Черкасский (муж дочери Н. Р. Юрьева), князь Ф. М. Троекуров (внук Н. Р. Юрьева), Ф. В. Шереметев (принадлежал к одному роду с Н. Р. Юрьевым), князья Д. И. Хворостинин и его брат Ф. И. Хворостинин, князь И. М. Глинский (муж дочери Малюты Скуратова и свояк Б. Ф. Годунова), князь А. П. Куракин, князья И. И. Голицын и A. A. Голицын, князь В. А. Гагин.
Окольничество получили следующие лица: И. И. Сабуров, С. Ф. Сабуров, Я. М. Годунов, Д. И. Вельяминов, князь П. С. Лобанов-Ростовский, князь Д. П. Елецкий, А. П. Клешнин, М. Г. Салтыков, князь А. И. Хворостинин, князь И. В. Гагин, Н. И. Плещеев, Б. П. Засекин, И. М. Бутурлин и И. С. Туренин. Кравчим был назначен А. Н. Романов (брат Ф. Н. Романова и двоюродный брат царя).
В итоге можно так реконструировать состав Боярской думы при царе Федоре Ивановиче.
Боярами являлись: князь Ф. И. Мстиславский, князья B. И. Шуйский, Д. И. Шуйский, Анд. И. Шуйский и И. И. Шуйский, князья Н. Р. и Т. Р. Трубецкие, Д. И. Годунов, Б. Ф. Годунов (конюший), Г. В. Годунов (дворецкий), C. В. Годунов, И. В. Годунов (глава Стрелецкого приказа), Ф. Н. Романов, князь Ф. Д. Шестунов, князь Ф. М. Троекуров, князь И. В. Сицкий, Ф. В. Шереметев, князь Г. А. Куракин, князь А. П. Куракин, князья И. М. Голицын, И. И. Голицын и А. И. Голицын, князь Б. К. Черкасский, князь Ф. И. Хворосинин, князь Д. И. Хворостинин, князь И. М. Воротынский, князь В. А. Гагин.
Окольничими были следующие лица: Я. М. Годунов, С. Ф. Сабуров, Д. И. Вельяминов, М. Г. Салтыков, Н. И. Очин-Плещеев, Б. П. Засекин, И. М. Бутурлин, И. С. Туренин.
В Боярскую думу входили и думные дворяне: P. M. Пивов (глава Ямского приказа), И. П. Татищев, Е. Л. Ржевский, князь Т. И. Буйносов, казначей Д. И. Черемисинов, казначей И. В. Траханиотов, печатник Р. В. Алферьев, думный дьяк А. Я. Щелкалов (глава Посольского приказа), его брат В. Я. Щелкалов (глава Разрядного приказа), дьяк Е. Вылузгин (глава Поместного приказа).
Перечень вошедших в Боярскую думу представителей знати показывает, что Федор Иванович стремился к определенному равновесию между ними и не выделял какую-либо одну фамилию. Это позволяло сохранять устойчивость в обществе.
Хотя некоторые польские современники царя Федора пытались представить его в своих сочинениях слабоумным и недееспособным человеком (Л. Сапега), в 1587 г. на сейме активно обсуждался вопрос об избрании русского государя на польский трон. Препятствием для этого стали только различия в вероисповедании и нежелание Федора Ивановича считаться в первую очередь польским королем, а потом уж русским царем.
Большим достижением царя Федора следует считать учреждение в Москве патриаршества. В официальных документах прямо писалось, что инициатором этого важного дела был сам государь.
«Изволением человеколюбца Бога и пречистые Богородицы… приде к нам, к великому государю благочестивому царю и великому князю Федору Ивановичу… в царствующий град Москву Еремей, архиепископ Костянтинополя… и святейший вселенский патриарх, а с ним манавасийский митрополит Ерофей, да архиепископ Еласонский Арсений, и архимандриты, и игумены, и священноиноки, и честныя мнихи.
И мы, велиий государь царь и великий князь Федор Иванович… помыслив о сем превеликом деле с нашею з благоверною и христолюбивою царицею великою княгинею Ириною, чтоб з Божиею помощею… в царствующем нашем граде Москве устроити превеликий престол патриарш… и мысль свою царьскую пресветейшему Еремею… объявили…