Из Разрядных книг известно, что Б. Ф. Годунов никакого отношения к нему не имел. Его возглавили князья Д. П. Елецкий и И. А. Ноготков. Росписи этого похода составлялись в Разрядном приказе, который возглавлял думный дьяк В. Я. Щелкалов. Куратором этого приказа являлся И. В. Годунов. Борис же в это время не назывался правителем (такого чина вообще не было), а исполнял должность конюшего, т. е. руководил Конюшенным приказом.
Интересно отметить, что Иов не упомянул в «Повести» об участии Б. Ф. Годунова в переговорах с константинопольским патриархом по учреждению в Москве патриархии. В повествовании об этом событии он прославил только себя и царя Федора Ивановича, хотя определенные заслуги были и у Бориса, умело построившего беседы с Иеремией и уговорившего его поставить на московский патриарший престол Иова, а не какого-нибудь грека.
Видимо, поэтому, как бы извиняясь за умаление заслуг Б. Ф. Годунова, Иов дал ему исключительно хвалебную характеристику в «Повести».
«В лето же благочестиваго его царствия, управляя и строя под ним богохранимую державу, шурин его слуга и конюшей боярин Борис Федорович Годунов. Бе же убо той Борис Федорович зело преизрядною мудростию украшен и саном паче всех и благим разумом превосходя, и пречестным его правительством благочестивая царская держава в мире и в тишине велелепней цветуще; и многая тщания показа по благочестии и велик подвиг совершив о исправлении богохранимыя царския державы, яко и самому благочестивому царю и великому князю Федору Ивановичу всеа Руси дивитися превысокой его мудрости и храбрости и мужеству. И не точию во своем царстве Руския державы изыде слух, но и по всем странам неверных язык пройде слава о нем, якоже никтоже ин обретеся в та лета во всем царстве Руския державы подобен ему храбростию и разумом, и верою, яже к Богу… Сей же изрядный правитель Борис Федорович… многие грады камены созда и в них превеликие храмы… и многие обители устрой, и град Москву, яко невесту, преизрядною лепотою украси… Церкви камены созда, великие полаты устрой… стены градные окрест всея Москвы превелики камены созда… полаты купеческие созда». (ПСРЛ. Т. 14. С. 6–7.)
Сравнение характеристик Федора Ивановича, которому якобы посвящена «Повесть», и Б. Ф. Годунова показывает, что на самом деле это произведение всячески прославляло не Федора, а Бориса. Иов умышленно показал царя совершенно недеятельным человеком, чтобы все достижения его правления приписать Годунову. Но даже перечень объектов, которые по данным «Повести» возвел Борис, заставляют усомниться в правдивости этого сочинения. В то время каменное строительство было очень дорогим делом. В широком масштабе его мог вести только царь, имевший хорошие доходы в виде налоговых поступлений со всей страны. Боярин же, даже самый богатый, был способен отстроить только свою резиденцию и возвести в ней храм. У Б. Ф. Годунова такая резиденция была в Больших Вяземах. Кроме того, у него были просторные каменные хоромы в Кремле. О каких-либо других его широкомасштабных постройках данных нет. Правда, строительством активно занимались все его родственники, в частности Д. И. Годунов (в подмосковном Острове, в костромском Ипатьевском монастыре). Но они это делали независимо от Бориса.
Возможно, Иов также понял, что слишком перехвалил Б. Ф. Годунова, поэтому в следующем сюжете о походе царя Федора Ивановича на Ругодив (Иван-город) он даже не упомянул его имя. Хотя из Разрядных книг известно, что Борис принимал в нем участие в составе Дворового полка. Главными героями всего этого события, кроме царя, представлены сам Иов (благословлял воинство перед походом и торжественно встречал его) и новгородский митрополит Александр (напутствовал царя в Новгороде).
Вновь о прославлении Б. Ф. Годунова Иов вспоминает только при описании нашествия крымского хана Казы-Гирея на Москву. По его утверждению, Борис Федорович был «премудростию украшен и к бранному ополчению зело искусен и во всех воинских исправлениих непобедимый воевода явися». Поэтому именно ему царь поручил оборону столицы, и тот возвел Гуляй-город.
На самом деле, по воспоминаниям современников, Б. Ф. Годунов никакими воинскими талантами не обладал и никогда не участвовал в боевых действиях. Он лишь несколько раз исполнял обязанности рынды (нес парадное оружие царя) во время Ливонских походов и сопровождал царя Федора под Ругодив. Кроме того, во время обороны Москвы от Казы-Гирея он был назначен вторым воеводой Большого полка после Ф. И. Мстиславского, поэтому был ниже и Мстиславского, считавшегося главнокомандующим, и воевод основных полков, т. е. князей Н. Р. Трубецкого, Т. Р. Трубецкого и Б. К. Черкасского.