Именно в это время, думается, Иван Тимофеев и начал писать «Временник». Он начал его с правления Ивана Грозного, которому дал полностью отрицательную характеристику. По его мнению, разделив страну надвое, царь, как секирой, ее рассек и очень этим ослабил: «Всяко царство, раздельшаяся на ся, не может стояти». Своей яростью он вызвал у людей смятение умов. Одних вельмож он «изби», других «в чужие земли изгнал», а вместо них пригрел иностранцев. Разгром же Новгорода и его святынь привел к тому, что Бог обрушил на русских людей свой гнев.
Для Тимофеева Новгород — Новый Рим, самый святой город, стоящий на р. Иордан, так он называл Волхов. За его разорение Иваном Грозным в 1570 г., по утверждению дьяка, Бог наказал москвичей сожжением и разорением их столицы, видимо, во время мартовского восстания в 1611 г. Поэтому для Тимофеева «Конец же велицей России всей сей Федор Иванович», т. е. царь Федор, умерший в 1598 г. Будущее Руси он видит только за Новгородской землей.
И. Тимофеев пробыл в Новгороде до его освобождения от шведской оккупации в 1617 г. После этого он вернулся в Москву и в 1618 г. был отправлен на службу в Астрахань. В 1622–1628 гг. он служил в Ярославле и Нижнем Новгороде. Вернувшись в Москву, был отправлен в Печатный приказ. Умер он в начале 1631 г. Можно предположить, что дьяк несколько раз пытался исправить содержание своего «Временника», чтобы сгладить его антимосковскую направленность, но так до конца это и не сделал. Поэтому его текст дошел в единственном многократно исправленном экземпляре (Временник Ивана Тимофеева. М.; Л. 1951).
Таким образом, можно сделать вывод о том, что Иван Тимофеев умышленно отнес начало Смуты ко времени правления Ивана Грозного, поскольку стремился обосновать законность отделения Новгорода от Русского государства. По его мнению, именно царь Иван своей жестокостью навлек Божий гнев на всех русских людей. В наказание за разорение им Новгорода в 1570 г. была сожжена и разорена Москва в 1611 г., и все государство стало приближаться к краху. Новгород же для своего спасения должен отделиться и, таким образом, превратиться в Новый Рим.
Тенденциозность такой трактовки начала Смуты совершенно очевидна. Поэтому следует обратиться к тем сочинениям, а их подавляющее большинство, которые начинают свое повествование с воцарения в 1584 г. Федора Ивановича. Правда, ни в одном из них не утверждалось, что именно тогда начались Смутные времена. Но все они указывали на то, что при царе Федоре появились причины, которые их вызвали. Поэтому начать исследование истории Смуты следует, очевидно, с 1584 г. При этом главное внимание необходимо уделить документальным источникам, как наиболее объективным.