Наказания, обрушившиеся на Романовых и их родственников, были очень жестокими. Из следственного дела известно, что Федор Никитич после пострига стал монахом Филаретом. Его поместили в маленькую келью Антониево-Сийского монастыря без права ее покидать и общаться с кем-либо. Его жена Ксения стала монахиней Марфой. На почве переживаний у нее начались нервные припадки, которые потом мучили ее до самой смерти. Их маленьких детей, Татьяну — 7–8 лет и Михаила — 4 лет, отправили с родственниками в Белозерскую тюрьму. Там их дядя Б. К. Черкасский тяжело заболел и скончался. В плохом состоянии была и их тетка Марфа Никитична. Вторая тетка Анастасия была еще подростком.
Получалось, что жестоким репрессиям по надуманному поводу были подвергнуты не только взрослые мужчины, но и женщины с детьми. Опасность же для царя Бориса представлял только Федор Никитич Романов, двоюродный брат царя Федора Ивановича и старший среди братьев. У него как у кровного родственника умершего царя было больше прав на престол, чем у Б. Ф. Годунова.
Федор Никитич Романов
Ф. Н. Романов был старшим сыном видного боярина Н. Р. Юрьева, приходившегося братом первой жене царя Ивана Грозного Анастасии. Он родился в его первом браке с В. И. Ховриной в 1554/55 гг. На правах царского родственника Федор Никитич все время служил при дворе, но боярство получил только в 1586 г. после смерти отца.
Федор Романов достаточно долго считался одним из наиболее завидных женихов Москвы. Он любил гарцевать на коне и одевался по последней моде. Голландский купец И. Масса так описал его: «Красивый мужчина, очень ласковый ко всем, так хорошо сложенный, что московские портные откровенно говорили, когда платье сидело на ком-нибудь хорошо: «Вы — второй Федор Никитич». Считается, что Федор Никитич женился довольно поздно, около 1590 г., когда ему было уже больше 30 лет. Его супругой стала Ксения Ивановна Шестова, принадлежащая к седьмому колену боярского рода Морозовых. В качестве приданого она получила костромское село Домнино с 57 деревнями и починками и село Клементьево с 14 деревнями около Углича. Первые дети в семье, близнецы Борис и Никита, умерли вскоре после рождения в 1592 г. Затем появилась на свет дочь Татьяна, в 1593 г. За ней в 1596 г. родился сын Михаил, будущий царь, и, наконец, вновь два сына: Лев и Иван, которые умерли в младенчестве.
При царе Федоре Ивановиче карьера Федора Никитича складывалась удачно. В Боярской думе он занимал почетное место, во время военных походов входил в состав Дворового полка. Его приглашали на все дворцовые праздненства, в том числе и на семейные. При царе Борисе сначала его положение оставалось прежним. Но потом выборный государь стал видеть в нем соперника и обрушил на него опалу вместе со всеми членами семьи и родственниками.