Однако путешествие русских послов затянулось. Только через год удалось уговорить грузинского царевича Теймураза стать женихом Ксении. Но пока он собирался в Москву, там произошли большие перемены: царь Борис умер, его сын свергнут и убит, а Ксения превратилась в пленницу Лжедмитрия I. Для Федора вообще никого найти не удалось, поскольку правители кавказских княжеств были бедны и находились в состоянии войны друг с другом. Родниться с ними не было никакого смысла.
Так, по воле судьбы не сбылись честолюбивые планы царя Бориса. Ему не удалось породниться с «природными государями» и этим укрепить свой престол.
Постепенно Годунов начал лишаться и помощи, и поддержки многих авторитетных родственников. Сначала в конце 1598 г. умер бывший дядька царя Федора Ивановича Григорий Васильевич Годунов. Долгие годы он был исключительно опытным и умелым царским дворецким. Каждый год он наполнял царскую казну большим количеством денег — до 1 миллиона руб. Это давало возможность царю Федору совершать успешные военные акции, укреплять границы и вести строительство по всей стране.
Царю Борису пришлось заменить Г. В. Годунова его братом Степаном Васильевичем, но у того не было большого хозяйственного опыта, и замена не оказалась равноценной.
В 1602 г. царь лишился и опытного полководца и военного деятеля Ивана Васильевича. Тот скончался от тяжелой болезни, оставив после себя сына Ивана Ивановича. Он подавал большие надежды, но был еще молод и не имел воинского опыта. Большой утратой стала смерть еще одного талантливого полководца — боярина Б. Ю. Сабурова, начинавшего службу в полках Ивана Грозного. За ним скончались верные окольничии А. П. Клешнин и С. Ф. Сабуров, затем постельничий И. О. Безобразов.
Но наибольшим ударом для Бориса стала смерть сестры царицы-инокини Ирины-Александры, случившаяся 26 сентября 1603 г. Вдова царя Федора Ивановича неизменно пользовалась всеобщим уважением и любовью. Она занималась широкой благотворительностью и во время голода организовывала обеды для остро нуждающихся людей. В описи имущества, составленной после ее смерти, значилось большое число котлов, сковородок, мисок, ложек и прочей посуды, которая для нее самой, конечно, была не нужна. Их использовали для того, чтобы накормить голодающих.
Зная, что сестра обладает очень большим авторитетом в русском обществе, Б. Ф. Годунов ездил навещать ее чуть ли не каждый день. С ее смертью он лишился мудрой советчицы и опоры для своего трона.
Кроме того, Годунов умудрился поссориться даже со своим верным союзником и помощником патриархом Иовом. Он вскоре забыл, какую неоценимую услугу оказал ему иерарх в период избрания на престол. Поэтому перестал слушать его критику за покровительство иностранцам, за желание выдать дочь замуж за иноверца, за разрешение на постройку лютеранского храма. Более того, царь сам ополчился на патриарха за нежелание помогать голодающим и отказ выделять деньги на строительство храма «Святая Святых» из церковной казны. Он приказал устроить ревизию в патриаршей казне, поскольку та тратится не по назначению — на роскошные одеяния Иова. Испуганный патриарх тут же написал покаянную грамоту и собрался оставить свой престол. Но Борис не намеривался заходить так далеко и уговорил его остаться.
В начале правления царь Борис пытался «быть любезен» буквально всем. Он щедро раздавал чины, награды, земли. Но потом он стал больше думать о своих родственниках и отдалять других представителей знати. Неизменно при дворе был только Ф. И. Мстиславский, который уже давно официально заявил, что не стремится к власти и равнодушен к чинам. Другие видные представители титулованной знати в Москве бывали редко. Князь В. И. Шуйский все время находился на почетном воеводстве в Новгороде Великом, князь В. В. Голицын — в Смоленске, его родственник И. И. Голицын — в Казани. Еще один их родственник А. И. Голицын сначала воеводствовал в Пскове, потом в 1603 г. вдруг постригся в Кирилло-Белозерский монастырь.
Боярские чины стали получать только родственники царя и особо приближенные к нему лица. Например, в 1600 г. боярином стал князь A. A. Телятевский, который до этого исполнял лишь должность рынды вместе с другими молодыми князьями: Ю. Н. Трубецким, И. С. Куракиным и Б. М. Лыковым. Резкое возвышение Телятевского объяснялось просто — он женился на дочери С. Н. Годунова, главного наушника Бориса. Естественно, что остальные рынды почувствовали себя обойденными.